| 摘要 | 第5-6页 |
| ABSTRACT | 第6-7页 |
| 第一章 绪论 | 第11-22页 |
| 1.1 引言 | 第11页 |
| 1.2 顺式调控元件分类 | 第11-12页 |
| 1.2.1 启动子 | 第11-12页 |
| 1.2.2 增强子和沉默子 | 第12页 |
| 1.2.3 绝缘子 | 第12页 |
| 1.3 顺式调控元件的鉴定方法 | 第12-18页 |
| 1.3.1 基于实验的方法主要可以分为以下几类 | 第13-16页 |
| 1.3.2 生物信息学方法鉴定顺式作用元件 | 第16-18页 |
| 1.4 植物中顺式作用元件数据库 | 第18页 |
| 1.5 DNase I 超敏感位点 | 第18-19页 |
| 1.6 适应性进化研究及生态模型 | 第19-20页 |
| 1.6.1 适应性进化 | 第19页 |
| 1.6.2 以色列微进化峡谷模型 | 第19-20页 |
| 1.7 本论文的主要内容 | 第20-21页 |
| 1.8 论文结构安排 | 第21-22页 |
| 第二章 拟南芥 DNase I 超敏感位点的鉴定 | 第22-45页 |
| 2.1 引言 | 第22页 |
| 2.2 实验材料及方法 | 第22-27页 |
| 2.2.1 实验材料 | 第22页 |
| 2.2.2 实验试剂 | 第22-23页 |
| 2.2.3 DNase I 超敏感位点测序文库构建 | 第23-26页 |
| 2.2.4 mRNA 提取 | 第26页 |
| 2.2.5 送样测序 | 第26页 |
| 2.2.6 基因组、注释信息及关联性分析数据 | 第26-27页 |
| 2.3 数据分析平台构建 | 第27-28页 |
| 2.3.1 硬件平台 | 第27页 |
| 2.3.2 数据分析平台 | 第27-28页 |
| 2.4 实验结果 | 第28-38页 |
| 2.4.1 数据分析基本流程 | 第28-29页 |
| 2.4.2 DHs 读段定位结果 | 第29-32页 |
| 2.4.3 DNase I 敏感程度与甲基化的关系 | 第32-34页 |
| 2.4.4 DHs 的鉴定及分布 | 第34-36页 |
| 2.4.5 DHs 与核小体的关系 | 第36-38页 |
| 2.4.6 DHs 与基因表达的关系 | 第38页 |
| 2.5 结果讨论 | 第38-43页 |
| 2.5.1 DHS 的高效准确鉴定 | 第38-39页 |
| 2.5.2 去甲基化导致异染色质区中转座子表达及新 DHs 的产生 | 第39-42页 |
| 2.5.3 基因表达与 DHs 的关系 | 第42页 |
| 2.5.4 组织特异性 DHs 相关基因分析 | 第42页 |
| 2.5.5 真核基因组中 DHs 的分布 | 第42-43页 |
| 2.6 小结 | 第43-45页 |
| 第三章 拟南芥 DNase I 超敏感位点与顺式作用元件的关系 | 第45-61页 |
| 3.1 引言 | 第45页 |
| 3.2 实验材料及方法 | 第45-46页 |
| 3.2.1 实验数据 | 第45页 |
| 3.2.2 数据分析硬件平台 | 第45页 |
| 3.2.3 数据分析平台 | 第45-46页 |
| 3.3 实验结果与讨论 | 第46-52页 |
| 3.3.1 Pol II 与 DHs 的关系 | 第46-47页 |
| 3.3.2 AP1 及 SEP3 结合位点与 DHs 的关系 | 第47-48页 |
| 3.3.3 SEP3 结合位点的大规模足迹法分析 | 第48-52页 |
| 3.3.4 植物已知顺式作用元件的大规模足迹法分析 | 第52页 |
| 3.4 本章小结 | 第52-61页 |
| 3.4.1 大规模 DNase I 足迹法在基因组研究中的应用 | 第52-58页 |
| 3.4.2 组织差异的大规模 DNase I 足迹法分析 | 第58-59页 |
| 3.4.3 研究趋势 | 第59-61页 |
| 第四章 野生大麦 Dhn1、Dhn6 和 Hsp17 基因适应性进化研究 | 第61-77页 |
| 4.1 引言 | 第61页 |
| 4.2 实验材料及方法 | 第61-64页 |
| 4.2.1 实验材料 | 第61-62页 |
| 4.2.2 实验方法 | 第62-64页 |
| 4.3 结果分析与讨论 | 第64-74页 |
| 4.3.1 Dhn1 基因启动子适应性进化的研究 | 第64-67页 |
| 4.3.2 Dhn6 基因的适应性进化研究 | 第67-69页 |
| 4.3.3 Hsp17 基因适应性进化的研究 | 第69-73页 |
| 4.3.4 结果讨论 | 第73-74页 |
| 4.4 本章小结 | 第74-77页 |
| 4.4.1 研究小结 | 第74页 |
| 4.4.2 研究展望 | 第74-77页 |
| 第五章 结论 | 第77-80页 |
| 5.1 总结 | 第77-78页 |
| 5.2 展望 | 第78-80页 |
| 附件 程序及参数说明 | 第80-103页 |
| 致谢 | 第103-104页 |
| 参考文献 | 第104-115页 |
| 攻读博士学位期间研究成果 | 第115-117页 |
