| 摘要 | 第5-7页 |
| Abstract | 第7-8页 |
| 第1篇 转录因子Spt4：Spt5复合物结合DNA的结构与功能研究 | 第12-81页 |
| 第1章 综述：Spt4：Spt5复合物与DNA转录调控 | 第12-27页 |
| 1.1.1 概述：DNA转录和RNA聚合酶 | 第12-14页 |
| 1.1.2 转录调控和转录因子 | 第14-15页 |
| 1.1.3 古核生物的转录以及调节 | 第15页 |
| 1.1.4 Spt4：Spt5复合物的构成 | 第15-16页 |
| 1.1.5 转录因子Spt5/NusG的生物学功能 | 第16-19页 |
| 1.1.6 Spt4：Spt5生物学功能的结构基础 | 第19-22页 |
| 1.1.7 Spt4：Spt5与其它转录因子 | 第22-27页 |
| 第2章 实验结果与讨论 | 第27-65页 |
| 1.2.1 詹氏甲烷球菌Spt4：Spt5复合物,及相关结构域的表达和纯化 | 第27-28页 |
| 1.2.2 MjSpt4：Spt5复合物结合DNA能力的检测 | 第28-33页 |
| 1.2.2.1 凝胶迁移实验(Electrophoretic Mobility Shift Assay,EMSA) | 第28-29页 |
| 1.2.2.2 核磁共振(Nuclear Magnetic Resonance,NMR)化学位移扰动(chemical shiftperturbation,CSP)实验 | 第29-31页 |
| 1 .2.2.3荧光偏振实验(Fluorescence Polarization Assay,FP assay) | 第31-33页 |
| 1.2.3 MjSpt4：Spt5晶体生长,以及数据收集、处理 | 第33-35页 |
| 1.2.4 MjSpt4：Spt5复合物晶体结构的解析和模型优化 | 第35-38页 |
| 1.2.5 晶体结构的模型质量 | 第38-42页 |
| 1.2.5.1 MjSpt4：Spt5复合物模型与电子密度的吻合情况 | 第38-39页 |
| 1.2.5.2 MjSpt4：Spt5结构模型温度因子分布情况 | 第39-40页 |
| 1.2.5.3 MjSpt4：Spt5结构模型的立体化学相关参数分析 | 第40-41页 |
| 1.2.5.4 MjSpt4：Spt5结构模型原子间范德华接触 | 第41-42页 |
| 1.2.6 MjSpt4：Spt5的整体结构 | 第42-43页 |
| 1.2.7 MjSpt4：Spt5展示了两种不同的KOW结构域的构象 | 第43-45页 |
| 1.2.8 基于结构信息对MjSpt4：Spt5结合DNA能力的分析与讨论 | 第45-58页 |
| 1.2.8.1 根据MjSpt4：Spt5表面电荷分布分析推测可能的DNA结合面 | 第45-48页 |
| 1.2.8.2 DNA在Spt4：Spt5上结合方向的初步研究 | 第48-49页 |
| 1.2.8.3 Spt4：NGN表面的碱性区域在进化上的保守性 | 第49-51页 |
| 1.2.8.4 Spt4：NGN碱性表面上各碱性残基在结合DNA中的贡献 | 第51-53页 |
| 1.2.8.5 MjSpt4：NGN结合黏性末端DNA的能力 | 第53-55页 |
| 1.2.8.6 MjSpt4：NGN结合单链DNA的能力 | 第55-58页 |
| 1.2.9 MjSpt4：Spt5的DNA结合模型 | 第58-62页 |
| 1.2.10 RNA聚合酶的DNA出口位置模型 | 第62-63页 |
| 1.2.11 展望 | 第63页 |
| 1.2.12 本篇小结 | 第63-65页 |
| 第3章 实验材料、设备及实验方法 | 第65-72页 |
| 1.3.1 实验材料及设备 | 第65-66页 |
| 1.3.1.1 菌株、质粒及培养基 | 第65页 |
| 1.3.1.2 酶与试剂 | 第65-66页 |
| 1.3.1.3 仪器与设备 | 第66页 |
| 1.3.2 实验方法 | 第66-72页 |
| 1.3.2.1 基因克隆与质粒构建 | 第66-68页 |
| 1.3.2.2 重组MjSpt4：Spt5蛋白质及其同位素标记蛋白质的表达 | 第68页 |
| 1.3.2.3 通过退火合成双链及粘性末端DNA | 第68-69页 |
| 1.3.2.4 凝胶阻滞迁移实验 | 第69页 |
| 1.3.2.5 荧光偏振实验 | 第69-70页 |
| 1.3.2.6 核磁共振化学位移扰动实验 | 第70页 |
| 1.3.2.7 晶体衍射数据的处理和模型修正 | 第70页 |
| 1.3.2.8 圆二色性光谱 | 第70-72页 |
| 参考文献 | 第72-81页 |
| 第2篇 人源化抗体E9与抗原ErbB2相互作用的结构基础 | 第81-115页 |
| 第1章 综述：抗癌治疗靶点ErbB2及其研究进展 | 第81-93页 |
| 2.1.1 ErbB2是EGFR家族成员 | 第81页 |
| 2.1.2 ErbB2的生物学功能和结构基础 | 第81-84页 |
| 2.1.2.1 EGFR家族的结构特征 | 第81-83页 |
| 2.1.2.2 EGFR家族通过二聚化激活下游信号通路 | 第83-84页 |
| 2.1.3 ErbB2的过表达与肿瘤发生 | 第84-87页 |
| 2.1.3.1 EGFR家族与肿瘤 | 第84-85页 |
| 2.1.3.2 ErbB2的过表达与细胞癌变、转移 | 第85-87页 |
| 2.1.4 针对ErbB2的免疫疗法 | 第87-89页 |
| 2.1.4.1 治疗策略及进展 | 第87-89页 |
| 2.1.4.2 抗药性及解决策略 | 第89页 |
| 2.1.5 chA21到E9一开发历程 | 第89-93页 |
| 第2章 实验结果与讨论 | 第93-108页 |
| 2.2.1 人源化抗体E9 scFv和抗原ErbB2 ECD的纯化以及复合物结晶 | 第93页 |
| 2.2.2 scFv—ECD复合物晶体衍射数据的收集和处理 | 第93-94页 |
| 2.2.3 scFv—ECD复合物晶体结构的解析和模型优化 | 第94-95页 |
| 2.2.4 晶体结构的模型质量 | 第95-99页 |
| 2.2.4.1 scFv—ECD复合物模型与电子密度的吻合情况 | 第96页 |
| 2.2.4.2 scFv—ECD复合物温度因子分布情况 | 第96-97页 |
| 2.2.4.3 scFv—ECD复合物结构模型的立体化学相关参数分析 | 第97-98页 |
| 2.2.4.4 scFv-ECD结构模型原子间范德华接触 | 第98-99页 |
| 2.2.5 scFv-ECD复合物的整体结构 | 第99-100页 |
| 2.2.6 scFv-ECD复合物结合界面 | 第100-102页 |
| 2.2.7 V_L loop Ⅰ构象的改变提升了E9 scFv对抗原的亲和力 | 第102-104页 |
| 2.2.8 E9抗体CDR区之间的距离与其肿瘤抑制能力 | 第104-106页 |
| 2.2.9 总结和展望 | 第106-107页 |
| 2.2.10 本篇小结 | 第107-108页 |
| 第3章 实验材料、设备与实验方法 | 第108-109页 |
| 2.3.1 实验材料及设备 | 第108页 |
| 2.3.2 实验方法 | 第108-109页 |
| 2.3.2.1 ErbB2-Fc和E9 scFv-Fc的Fc段的切除和纯化 | 第108页 |
| 2.3.2.2 EUSA和E9肿瘤抑制试验 | 第108-109页 |
| 参考文献 | 第109-115页 |
| 致谢 | 第115-116页 |
| 己接受发表的论文 | 第116页 |
