| 摘要 | 第6-7页 |
| abstract | 第7-8页 |
| 英文缩略表 | 第12-13页 |
| 第一章 引言 | 第13-28页 |
| 1.1 前言 | 第13-14页 |
| 1.2 Fur蛋白的特点及调控模式 | 第14-17页 |
| 1.2.1 fur基因的发现以及主要特征 | 第14页 |
| 1.2.2 Fur蛋白的三维结构特征 | 第14-16页 |
| 1.2.3 Fur蛋白调控的保守识别序列特征 | 第16页 |
| 1.2.4 细胞内Fur蛋白的表达特点及信号感应 | 第16-17页 |
| 1.3 Fur蛋白的全局性调控功能 | 第17-23页 |
| 1.3.1 Fur蛋白参与铁吸收及转运调控 | 第17-21页 |
| 1.3.2 Fur蛋白参与铁储存调控 | 第21-22页 |
| 1.3.3 Fur参与非编码RNA的表达调控 | 第22页 |
| 1.3.4 Fur蛋白参与微生物-宿主互作过程等 | 第22-23页 |
| 1.4 Fur蛋白作为转录因子调控的分子机制 | 第23-25页 |
| 1.4.1 Fur作为转录抑制因子的调控机制 | 第23-24页 |
| 1.4.2 Fur作为转录激活因子的调控机制 | 第24-25页 |
| 1.5 Fur作为一个信号感受体的调控机制 | 第25-26页 |
| 1.5.1 Fur作为一个氧化还原感应体的调控 | 第25页 |
| 1.5.2 Fur与血红素互作的调控 | 第25-26页 |
| 1.6 立题依据 | 第26-27页 |
| 技术路线 | 第27-28页 |
| 第二章 施氏假单胞菌A1501 fur基因的进化分析及表达特性 | 第28-37页 |
| 2.1 材料 | 第28-29页 |
| 2.1.1 与实验有关的菌株和质粒 | 第28页 |
| 2.1.2 培养基 | 第28页 |
| 2.1.3 酶和化学试剂 | 第28-29页 |
| 2.1.4 主要仪器及软件 | 第29页 |
| 2.2 方法 | 第29-32页 |
| 2.2.1 铁缺乏以及铁过量培养基的配置及培养 | 第29页 |
| 2.2.2 细菌总RNA的提取（Promega） | 第29-30页 |
| 2.2.3 c DNA的合成 | 第30页 |
| 2.2.4 q RT- PCR | 第30-31页 |
| 2.2.5 Biorad法测定溶液蛋白含量 | 第31页 |
| 2.2.6 Western blotting | 第31-32页 |
| 2.3 结果分析 | 第32-36页 |
| 2.3.1 fur的生物信息学分析 | 第32-34页 |
| 2.3.2 fur自身表达特性 | 第34-36页 |
| 2.4 讨论 | 第36-37页 |
| 第三章 施氏假单胞菌中fur的功能鉴定 | 第37-59页 |
| 3.1 材料 | 第37-38页 |
| 3.1.1 菌株和培养基 | 第37页 |
| 3.1.2 酶和化学试剂 | 第37-38页 |
| 3.2 方法 | 第38-44页 |
| 3.2.1 基因的PCR扩增及引物设计 | 第38-40页 |
| 3.2.2 PCR产物的纯化 | 第40-41页 |
| 3.2.3 质粒的提取，酶切以及连接 | 第41页 |
| 3.2.4 三亲结合 | 第41-42页 |
| 3.2.5 生长曲线测定 | 第42页 |
| 3.2.6 Biolog碳源板鉴定 | 第42页 |
| 3.2.7 固氮酶活测定 | 第42-43页 |
| 3.2.8 过氧化氢冲击 | 第43页 |
| 3.2.9 反硝化实验 | 第43页 |
| 3.2.10 固氮条件下Nif DK蛋白表达量测定 | 第43页 |
| 3.2.11 ICP-MS测定胞内铁含量 | 第43-44页 |
| 3.2.12 ADP/ATP比值测定 | 第44页 |
| 3.3 结果分析 | 第44-57页 |
| 3.3.1 fur突变株以及回补株的构建 | 第44-47页 |
| 3.3.2 fur基因突变对相邻基因oml A的表达的影响 | 第47页 |
| 3.3.3 fur突变株基本表形测定 | 第47-57页 |
| 3.4 讨论 | 第57-59页 |
| 第四章 固氮条件下转录组分析和Fur相关靶标的鉴定 | 第59-78页 |
| 4.1 材料 | 第59-60页 |
| 4.1.1 与实验有关的菌株和质粒 | 第59页 |
| 4.1.2 培养基 | 第59页 |
| 4.1.3 酶和化学试剂 | 第59页 |
| 4.1.4 主要仪器及软件 | 第59-60页 |
| 4.2 实验方法 | 第60-64页 |
| 4.2.1 引物 | 第60页 |
| 4.2.2 固氮条件下菌体的收集 | 第60-62页 |
| 4.2.3 Fur蛋白的表达和纯化 | 第62页 |
| 4.2.4 EMSA实验 | 第62-64页 |
| 4.3 实验结果 | 第64-76页 |
| 4.3.1 转录组数据分析 | 第64-72页 |
| 4.3.2 Fur蛋白的表达和纯化 | 第72-73页 |
| 4.3.3 A1501中Fur靶标的预测和鉴定 | 第73-76页 |
| 讨论 | 第76-78页 |
| 第五章 全文结论 | 第78-80页 |
| 参考文献 | 第80-87页 |
| 致谢 | 第87-88页 |
| 作者简历 | 第88页 |
