| 摘要 | 第10-13页 |
| ABSTRACT | 第13-15页 |
| 符号与缩略语 | 第16-17页 |
| 前言 | 第17-18页 |
| 第一章 文献综述 | 第18-44页 |
| 第一节 磺酰脲类除草剂简介研究概况 | 第18-25页 |
| 1 磺酰脲类除草剂简介 | 第18-19页 |
| 2 磺酰脲类除草剂的药害 | 第19-22页 |
| 2.1 磺酰脲类除草剂对后茬作物的药害 | 第20页 |
| 2.2 磺酰脲类除草剂对土壤微生物的影响 | 第20-21页 |
| 2.3 磺酰脲类除草剂对土壤酶活性的影响 | 第21-22页 |
| 3 磺酰脲类除草剂在土壤中的行为 | 第22-25页 |
| 3.1 吸附与解吸行为 | 第22-23页 |
| 3.2 淋溶行为 | 第23页 |
| 3.3 降解行为 | 第23-25页 |
| 第二节 微生物分类方法研究概述 | 第25-31页 |
| 1 传统分类法 | 第25-26页 |
| 1.1 Biolog微生物自动分析鉴定系统 | 第26页 |
| 1.2 API微生物分类鉴定系统 | 第26页 |
| 2 化学分类法 | 第26-28页 |
| 2.1 细胞壁组成 | 第27页 |
| 2.2 极性脂组份分析 | 第27页 |
| 2.3 全细胞脂肪酸组成分析 | 第27页 |
| 2.4 呼吸醌组分分析 | 第27页 |
| 2.5 多胺模式分析 | 第27-28页 |
| 2.6 全细胞蛋白及核糖体蛋白电泳分析 | 第28页 |
| 3 遗传特征分类法 | 第28-30页 |
| 3.1 细菌G+Cmol%的测定 | 第28页 |
| 3.2 DNA-DNA杂交 | 第28-29页 |
| 3.3 特异性基因的扩增分析 | 第29-30页 |
| 4 嗜甲基菌分类概述 | 第30-31页 |
| 第三节 土壤微生物群落结构与多样性的研究方法概况 | 第31-38页 |
| 1 微生物多样性 | 第31页 |
| 2 微生物多样性研究方法 | 第31-36页 |
| 2.1 基于生物或化学的传统方法 | 第31-32页 |
| 2.2 基于现代分子生物学技术的方法 | 第32-35页 |
| 2.3 基于DNA序列测定的研究方法 | 第35-36页 |
| 3 454高通量测序技术 | 第36-38页 |
| 3.1 454测序技术的原理 | 第36-37页 |
| 3.2 454测序技术在微生物生态领域的应用 | 第37-38页 |
| 第四节 微生物定量技术概述 | 第38-43页 |
| 1 常用微生物定量技术 | 第38-40页 |
| 1.1 定量点杂交技术 | 第38页 |
| 1.2 实时定量PCR技术 | 第38-39页 |
| 1.3 荧光染料染色法显微镜计数 | 第39页 |
| 1.4 流式细胞技术 | 第39页 |
| 1.5 数字PCR技术 | 第39-40页 |
| 2 Real-time PCR技术 | 第40-43页 |
| 2.1 Real-time PCR的定量原理 | 第40页 |
| 2.2 荧光标记的种类 | 第40-41页 |
| 2.3 定量方法 | 第41页 |
| 2.4 荧光阈值的设定 | 第41页 |
| 2.5 标准曲线的制作 | 第41-42页 |
| 2.6 Real-time PCR技术在微生物生态领域的应用 | 第42-43页 |
| 第五节 本研究的目的与意义 | 第43-44页 |
| 第二章 磺酰脲类除草剂高效降解菌株S 113的分类地位研究 | 第44-66页 |
| 1 材料与方法 | 第44-51页 |
| 1.1 供试菌株 | 第44页 |
| 1.2 试剂 | 第44-45页 |
| 1.3 培养基 | 第45页 |
| 1.4 菌株的培养及菌悬液的制备 | 第45页 |
| 1.5 最适生长温度测定 | 第45页 |
| 1.6 pH耐受范围和最适pH值测定 | 第45-46页 |
| 1.7 盐浓度耐受度测定 | 第46页 |
| 1.8 抗生素耐受性测定 | 第46页 |
| 1.9 Biolog检测 | 第46页 |
| 1.10 API检测 | 第46页 |
| 1.11 呼吸醌系统分析 | 第46-47页 |
| 1.12 极性脂组分分析 | 第47页 |
| 1.13 全细胞脂肪酸分析 | 第47页 |
| 1.14 核糖体16S rRNA基因和mxaF基因序列分析 | 第47-50页 |
| 1.15 G+C mol%的测定 | 第50-51页 |
| 1.16 DNA-DNA杂交 | 第51页 |
| 2 结果与分析 | 第51-64页 |
| 2.1 形态及特征 | 第51-52页 |
| 2.2 生理生化特征 | 第52-55页 |
| 2.3 基因型分类 | 第55-60页 |
| 2.4 化学分类 | 第60-64页 |
| 本章小结与讨论 | 第64-66页 |
| 第三章 菌株S 113在受甲磺隆污染土壤和玉米植株体内的定殖动态 | 第66-78页 |
| 1 材料与方法 | 第66-71页 |
| 1.1 供试菌株 | 第66页 |
| 1.2 供试玉米 | 第66页 |
| 1.3 供试土壤 | 第66页 |
| 1.4 主要仪器设备 | 第66-67页 |
| 1.5 主要试剂 | 第67页 |
| 1.6 主要培养基 | 第67页 |
| 1.7 实验设计 | 第67页 |
| 1.8 菌株的培养及菌悬液的制备 | 第67页 |
| 1.9 土壤总DNA的提取 | 第67-68页 |
| 1.10 玉米植株体内细菌总DNA的提取 | 第68-69页 |
| 1.11 PCR引物的设计 | 第69页 |
| 1.12 常规PCR扩增体系和反应程序 | 第69页 |
| 1.13 real-time PCR扩增体系和反应程序 | 第69-70页 |
| 1.14 标准品质粒DNA的制备 | 第70页 |
| 1.15 标准品质粒DNA拷贝浓度的计算 | 第70页 |
| 1.16 定量标准曲线的制备 | 第70页 |
| 1.17 菌株S 113的DNA提取回收率检测 | 第70-71页 |
| 2 结果与分析 | 第71-77页 |
| 2.1 菌株S 113对玉米药害的解除效果 | 第71-72页 |
| 2.2 土壤总DNA的提取和纯化 | 第72页 |
| 2.3 sulE5基因的特异性扩增 | 第72-73页 |
| 2.4 定量标准曲线的制备 | 第73页 |
| 2.5 特异性扩增的验证 | 第73-74页 |
| 2.6 土壤中靶标菌株的检出效率 | 第74页 |
| 2.7 植物体内靶标菌株的检出效率 | 第74页 |
| 2.8 菌株S 113在土壤中的定殖动态 | 第74-75页 |
| 2.9 菌株S 113在玉米植株内部的定殖动态 | 第75-77页 |
| 本章小结与讨论 | 第77-78页 |
| 第四章 菌株S 113对土壤中不同浓度甲磺隆的降解及污染修复的分子生态学研究 | 第78-102页 |
| 第一节 菌株S 113对土壤中不同浓度甲磺隆的降解 | 第78-82页 |
| 1 材料与方法 | 第78-80页 |
| 1.1 供试菌株 | 第78页 |
| 1.2 供试土壤 | 第78页 |
| 1.3 农药及主要化学试剂 | 第78页 |
| 1.4 主要培养基 | 第78页 |
| 1.5 主要仪器 | 第78页 |
| 1.6 土壤理化性质的检测 | 第78页 |
| 1.7 实验设计 | 第78-79页 |
| 1.8 菌株的培养及菌悬液的制备 | 第79页 |
| 1.9 甲磺隆的提取及检测 | 第79页 |
| 1.10 甲磺隆标准曲线的制作 | 第79页 |
| 1.11 土壤中甲磺隆回收率的检测 | 第79-80页 |
| 2 结果与分析 | 第80-82页 |
| 2.1 供试土壤的理化性质 | 第80页 |
| 2.2 甲磺隆的检测标准曲线 | 第80-81页 |
| 2.3 除草剂在土壤中的回收率 | 第81页 |
| 2.4 菌株S 113对土壤中不同浓度甲磺隆的降解 | 第81-82页 |
| 第二节 基于454高通量测序技术研究菌株S 113对不同浓度甲磺隆污染土壤的生物修复 | 第82-100页 |
| 1 材料与方法 | 第82-85页 |
| 1.1 供试菌株、土壤和农药 | 第82页 |
| 1.2 主要仪器设备 | 第82页 |
| 1.3 主要试剂 | 第82页 |
| 1.4 所用培养基 | 第82页 |
| 1.5 实验设计 | 第82页 |
| 1.6 土壤总DNA的提取 | 第82页 |
| 1.7 测序样品的准备 | 第82-84页 |
| 1.8 454高通量测序 | 第84-85页 |
| 1.9 高通量测序结果数据分析 | 第85页 |
| 2 结果与分析 | 第85-100页 |
| 2.1 测序结果统计 | 第85-86页 |
| 2.2 取样深度的判定 | 第86页 |
| 2.3 微生物多样性及丰富度分析 | 第86-87页 |
| 2.4 微生物群落结构分析 | 第87-94页 |
| 2.5 样品微生物群落结构相似度分析 | 第94-98页 |
| 2.6 常见磺酰脲类除草剂降解菌群比例的动态变化 | 第98-100页 |
| 本章小结与讨论 | 第100-102页 |
| 第五章 菌株S 113在不同土壤中对甲磺隆的降解及对污染修复的分子生态学研究 | 第102-124页 |
| 第一节 菌株S 113在不同土壤中对甲磺隆的降解 | 第102-104页 |
| 1 材料与方法 | 第102-103页 |
| 1.1 供试菌株和农药 | 第102页 |
| 1.2 供试土壤 | 第102页 |
| 1.3 所用化学试剂 | 第102-103页 |
| 1.4 所用主要培养基和仪器 | 第103页 |
| 1.5 实验设计 | 第103页 |
| 1.6 菌株的培养及菌悬液的制备 | 第103页 |
| 1.7 甲磺隆的提取及检测 | 第103页 |
| 2 结果与分析 | 第103-104页 |
| 2.1 甲磺隆在土壤中的回收率 | 第103页 |
| 2.2 菌株S 113在三种土壤中对甲磺隆的降解 | 第103-104页 |
| 第二节 基于454高通量测序技术研究菌株S 113对甲磺隆污染不同土壤的生物修复 | 第104-123页 |
| 1 材料与方法 | 第104-105页 |
| 1.1 供试菌株、土壤和农药 | 第104页 |
| 1.2 所用主要仪器设备、试剂、培养基 | 第104页 |
| 1.3 实验设计 | 第104-105页 |
| 1.4 菌株的培养及菌悬液的制备 | 第105页 |
| 1.5 土壤总DNA的提取 | 第105页 |
| 1.6 测序样品的准备 | 第105页 |
| 2 结果与分析 | 第105-123页 |
| 2.1 测序结果统计 | 第105-106页 |
| 2.2 取样深度的判定 | 第106页 |
| 2.3 微生物多样性及丰富度分析 | 第106-107页 |
| 2.4 微生物群落结构分析 | 第107-116页 |
| 2.5 样品微生物群落结构相似度分析 | 第116-121页 |
| 2.6 常见磺酰脲类除草剂降解菌的动态变化 | 第121-123页 |
| 本章小结与讨论 | 第123-124页 |
| 第六章 菌株S 113对土壤中不同磺酰服类除草剂的降解及对污染修复的分子生态学研究 | 第124-144页 |
| 第一节 菌株S 113对土壤中不同磺酰脲类除草剂的降解 | 第124-127页 |
| 1 材料和方法 | 第124-125页 |
| 1.1 供试菌株和土壤 | 第124页 |
| 1.2 所用化学试剂及农药 | 第124页 |
| 1.3 所用主要培养基和仪器 | 第124-125页 |
| 1.4 实验设计 | 第125页 |
| 1.5 三种磺酰脲类除草剂的提取及检测 | 第125页 |
| 1.6 除草剂标准曲线的制作和回收率的检测 | 第125页 |
| 2 结果与讨论 | 第125-127页 |
| 2.1 三种除草剂的标准曲线 | 第125-126页 |
| 2.2 三种除草剂在供试土壤中的回收率 | 第126页 |
| 2.3 菌株S 113对三种除草剂的降解 | 第126-127页 |
| 第二节 基于454高通量测序技术研究菌株S 113对土壤中不同种类磺酰脲类除草剂污染的生物修复 | 第127-142页 |
| 1 材料与方法 | 第127-128页 |
| 1.1 供试菌株、土壤和农药 | 第127页 |
| 1.2 所用主要仪器、试剂和培养基 | 第127页 |
| 1.3 实验设计 | 第127页 |
| 1.4 土壤总DNA的提取 | 第127页 |
| 1.5 测序样品的准备 | 第127-128页 |
| 2 结果与讨论 | 第128-142页 |
| 2.1 测序结果统计 | 第128页 |
| 2.2 取样深度的判定 | 第128-129页 |
| 2.3 微生物多样性及丰富度分析 | 第129页 |
| 2.4 微生物群落结构分析 | 第129-137页 |
| 2.5 样品微生物群落结构相似度分析 | 第137-140页 |
| 2.6 常见磺酰脲类除草剂降解菌群比例的动态变化 | 第140-142页 |
| 本章小结与讨论 | 第142-144页 |
| 全文总结 | 第144-146页 |
| 参考文献 | 第146-160页 |
| 博士论文创新点 | 第160-162页 |
| 附录一 文中所用培养基及试剂配方 | 第162-164页 |
| 附录二 菌株S 113的16S RDNA序列 | 第164-165页 |
| 附录三 菌株S 113的MXAF基因序列 | 第165-166页 |
| 附录四 攻读博士学位期间发表的学术论文 | 第166-168页 |
| 致谢 | 第168页 |
