| 摘要 | 第4-5页 |
| Abstract | 第5-6页 |
| 目录 | 第7-9页 |
| 第一章 前言 | 第9-23页 |
| 1.1 脯氨酸寡肽酶（POP）家族简介 | 第9-12页 |
| 1.2 酰基肽水解酶 APH 简介 | 第12-19页 |
| 1.2.1 酰基肽水解酶 APH 家族的研究 | 第12-14页 |
| 1.2.2 酰基肽水解酶 apAPH 的研究 | 第14-19页 |
| 1.3 APH 的潜在应用价值 | 第19-21页 |
| 1.3.1 酰基肽水解酶的药用靶标发现 | 第19-20页 |
| 1.3.2 检测环境中的有机磷毒物 | 第20-21页 |
| 1.4 立题依据和实验流程设计 | 第21-23页 |
| 第二章 实验方法 | 第23-31页 |
| 2.1 引言 | 第23页 |
| 2.2 量子化学的计算方法 | 第23页 |
| 2.3 分子对接 | 第23-26页 |
| 2.3.1 原理与方法 | 第24页 |
| 2.3.2 常用的分子对接软件 | 第24-25页 |
| 2.3.2.1 AutoDock 4.2 | 第24-25页 |
| 2.3.2.2 AutoDock Vina | 第25页 |
| 2.3.2.3 DS CDOCKER | 第25页 |
| 2.3.3 分子对接实验过程 | 第25-26页 |
| 2.4 分子动力学模拟 | 第26-28页 |
| 2.4.1 分子力场及力场类型 | 第26页 |
| 2.4.2 分子动力学模拟的算法及系综 | 第26-27页 |
| 2.4.3 时间步长与周期性边界条件 | 第27页 |
| 2.4.4 分子动力学模拟过程 | 第27-28页 |
| 2.5 CAVER3.0 确认脱离通道 | 第28页 |
| 2.6 拉伸分子动力学模拟及伞状取样 | 第28-29页 |
| 2.7 主成份分析及自由能面图 | 第29-30页 |
| 2.8 MM/PBSA 计算结合自由能 | 第30-31页 |
| 第三章 结果与讨论 | 第31-60页 |
| 3.1 SIFt 分析预测 OP 化合物与 APH 的结合 | 第31-36页 |
| 3.2 常规 MD 模拟平衡体系 | 第36-42页 |
| 3.3 主成份分析及自由能面图 | 第42-44页 |
| 3.4 计算 MM-PBSA | 第44-45页 |
| 3.5 chlorpyrifosmethyl oxon 和 APH 的结合模式 | 第45-49页 |
| 3.6 分子动力学轨迹确认脱离通道 | 第49-52页 |
| 3.6.1 CAVER3.0 预测脱离通道 | 第49-50页 |
| 3.6.2 CAVER3.0 预测瓶颈残基 | 第50-52页 |
| 3.7 SMD 模拟确认两个脱离通道 | 第52-60页 |
| 3.7.1 计算 PMF | 第52-55页 |
| 3.7.2 P2 脱离路径 | 第55-58页 |
| 3.7.3 P1 脱离路径 | 第58-60页 |
| 结论 | 第60-61页 |
| 参考文献 | 第61-69页 |
| 作者简介及科研成果 | 第69-70页 |
| 致谢 | 第70页 |