| 摘要 | 第8-10页 |
| ABSTRACT | 第10-12页 |
| 第一章 文献综述 | 第14-48页 |
| 第一节 骨骼肌 | 第14-20页 |
| 1.1 骨骼肌的生长发育 | 第14页 |
| 1.2 骨骼肌的分类 | 第14-16页 |
| 1.3 影响骨骼肌生长发育及组成的因素 | 第16-19页 |
| 1.4 骨骼肌生长发育及分类在动物生产上的意义 | 第19-20页 |
| 第二节 lncRNA研究进展 | 第20-38页 |
| 2.1 基因组的普遍转录及其复杂性 | 第20-21页 |
| 2.2 lncRNA定义、分类以及基因组特征 | 第21-23页 |
| 2.3 lncRNA的生物学功能及其作用机制 | 第23-30页 |
| 2.4 lncRNA的研究方法 | 第30-34页 |
| 2.5 lncRNA研究的发展趋势 | 第34-38页 |
| 第三节 转录组测序(RNA-seq) | 第38-48页 |
| 3.1 转录组 | 第38页 |
| 3.2 RNA-seq技术平台 | 第38-41页 |
| 3.3 RNA-seq原理 | 第41-42页 |
| 3.4 RNA-seq技术优势 | 第42-43页 |
| 3.5 RNA-seq的应用 | 第43-48页 |
| 第二章 本研究选题背景与目的意义 | 第48-51页 |
| 第一节 选题背景 | 第48页 |
| 第二节 主要研究内容 | 第48-49页 |
| 第三节 研究的目的意义 | 第49-51页 |
| 第三章 材料与方法 | 第51-74页 |
| 1 实验动物 | 第51页 |
| 2 实验仪器与主要试剂 | 第51-52页 |
| 2.1 主要仪器设备 | 第51-52页 |
| 2.2 主要试剂 | 第52页 |
| 3 试验方法 | 第52-74页 |
| 3.1 肌肉组织肌纤维横截面积测定 | 第52-54页 |
| 3.2 肌纤维类型和肌肉代谢水平相关基因表达量分析 | 第54-56页 |
| 3.3 肌肉组织线粒体拷贝数的荧光定量分析 | 第56-58页 |
| 3.4 肌肉组织的RNA-seq以及生物信息学分析 | 第58-73页 |
| 3.5 数据分析 | 第73-74页 |
| 第四章 结果与分析 | 第74-146页 |
| 1 猪不同部位骨骼肌组织学和代谢学分析结果 | 第74-76页 |
| 1.1 肌纤维直径测定结果 | 第74-75页 |
| 1.2 肌纤维组成测定结果 | 第75-76页 |
| 2 猪不同骨骼肌组织转录组测序文库的构建 | 第76-79页 |
| 2.1 总RNA甲醛变性琼脂糖凝胶检测结果 | 第76-77页 |
| 2.2 总RNA毛细管电泳检测结果 | 第77-78页 |
| 2.3 cDNA文库目的片段检测结果 | 第78-79页 |
| 2.4 cDNA文库PCR扩增后的聚丙烯酰胺凝胶电泳(PAGE)检测 | 第79页 |
| 3 测序数据概述以及质量评估 | 第79-143页 |
| 3.1 测序数据概述 | 第80页 |
| 3.2 测序数据质量评估 | 第80-81页 |
| 3.3 Clean reads的基因组比对 | 第81-84页 |
| 3.4 转录本组装结果及其覆盖度分析 | 第84-85页 |
| 3.5 蛋白编码基因(mRNA)的鉴定与分析 | 第85-101页 |
| 3.6 lncRNA的筛选鉴定与功能分析 | 第101-141页 |
| 3.7 circRNA的筛选鉴定及其功能分析 | 第141-143页 |
| 4 RNA-seq数据的验证 | 第143-146页 |
| 4.1 mRNA表达量的Q-PCR验证结果 | 第143页 |
| 4.2 lncRNA表达量的Q-PCR验证结果 | 第143页 |
| 4.3 circRNA的RT-PCR验证结果 | 第143-146页 |
| 第五章 讨论 | 第146-154页 |
| 1 背最长肌和腰大肌的组织学差异 | 第146-147页 |
| 2 两种骨骼肌的mRNA转录组特征 | 第147-150页 |
| 2.1 转录组中的RNA编辑事件 | 第147-148页 |
| 2.2 两种骨骼肌组织中共同高表达的mRNA转录本 | 第148-149页 |
| 2.3 两种骨骼肌各种特异性高表达mRNA涉及的生物学通路 | 第149-150页 |
| 3 猪骨骼肌的lncRNA转录组特征 | 第150-153页 |
| 3.1 lncRNA鉴定结果的可靠性 | 第150-151页 |
| 3.2 lncRNA的基因组特征 | 第151-152页 |
| 3.3 lncRNA的功能注解 | 第152-153页 |
| 4 猪骨骼肌的circRNA转录组 | 第153-154页 |
| 第六章 结论与创新点 | 第154-156页 |
| 1 结论 | 第154-155页 |
| 2 本研究创新点 | 第155-156页 |
| 参考文献 | 第156-170页 |
| 致谢 | 第170-171页 |
| 博士在读期间发表论文及科研成果 | 第171-173页 |
| 附录 | 第173-183页 |
