| 英文缩略词表 | 第8-9页 |
| 摘要 | 第9-12页 |
| Abstract | 第12-15页 |
| 第一章 绪论 | 第16-30页 |
| 1.1 合成生物学简介 | 第16-17页 |
| 1.2 合成生物学的发展状况与政策支持 | 第17-20页 |
| 1.2.1 国内外研究进展 | 第17-19页 |
| 1.2.2 各国对于合成生物学的资金与政策支持 | 第19页 |
| 1.2.3 IGEM简介 | 第19-20页 |
| 1.3 基于合成生物学思想的生物传感器 | 第20-22页 |
| 1.3.1 生物传感器简介 | 第20-21页 |
| 1.3.2 生物传感器研究进展 | 第21-22页 |
| 1.4 地雷探测 | 第22-29页 |
| 1.4.1 地雷探测的军事需求 | 第22-23页 |
| 1.4.2 地雷探测主要方法 | 第23-24页 |
| 1.4.3 地雷探测靶标化合物的选取 | 第24-26页 |
| 1.4.4 可用于TNT探测的合成生物学理念 | 第26-29页 |
| 1.5 本论文选题的目的和意义 | 第29-30页 |
| 第二章 低拷贝检测平台pTJ629 构建 | 第30-38页 |
| 2.1 实验材料与方法 | 第30-32页 |
| 2.1.1 实验材料 | 第30-32页 |
| 2.2 实验方法 | 第32-36页 |
| 2.2.1 pSC101 ori质粒提取 | 第32页 |
| 2.2.2 pSC101 ori PCR扩增 | 第32-33页 |
| 2.2.3 PCR产物凝胶电泳分析 | 第33页 |
| 2.2.4 凝胶回收目的条带 | 第33-34页 |
| 2.2.5 目的条带TA克隆 | 第34-35页 |
| 2.2.6 化学转化 | 第35页 |
| 2.2.7 质粒DNA双酶切 | 第35-36页 |
| 2.2.8 DNA片段连接 | 第36页 |
| 2.2.9 构建载体的酶切鉴定 | 第36页 |
| 2.3 实验结果 | 第36-37页 |
| 2.3.1 pSC101 ori PCR扩增 | 第36页 |
| 2.3.2 pTJ629 构建 | 第36-37页 |
| 2.4 本章小结 | 第37-38页 |
| 第三章 大肠杆菌天然启动元件筛选 | 第38-56页 |
| 3.1 实验材料 | 第38-41页 |
| 3.1.1 菌株和质粒 | 第38-39页 |
| 3.1.2 主要试剂与化合物 | 第39页 |
| 3.1.3 主要培养基和溶液的配制 | 第39-40页 |
| 3.1.4 主要仪器 | 第40-41页 |
| 3.2 实验方法 | 第41-48页 |
| 3.2.1 大肠杆菌基因组提取与提纯 | 第41-43页 |
| 3.2.2 大肠杆菌基因组鉴定 | 第43页 |
| 3.2.3 大肠杆菌的SAU3AI不完全酶切的酶量摸索 | 第43-44页 |
| 3.2.4 pTJ629 载体单酶切 | 第44页 |
| 3.2.5 单酶切去磷酸化处理 | 第44-45页 |
| 3.2.6 文库连接构建 | 第45页 |
| 3.2.7 TNT对随机启动子文库的筛选办法 | 第45-46页 |
| 3.2.8 文库测序 | 第46页 |
| 3.2.9 luxCDABE及GFP的检测 | 第46页 |
| 3.2.10 EC200 测定 | 第46页 |
| 3.2.11 Promoter：：GFP载体构建 | 第46-47页 |
| 3.2.12 统计学分析 | 第47-48页 |
| 3.3 实验结果 | 第48-54页 |
| 3.3.1 大肠杆菌基因组鉴定 | 第48页 |
| 3.3.2 SAU3AI酶切体系摸索 | 第48页 |
| 3.3.3 文库构建 | 第48-49页 |
| 3.3.4 文库筛选 | 第49-50页 |
| 3.3.5 特异性检测 | 第50-51页 |
| 3.3.6 灵敏度实验 | 第51-53页 |
| 3.3.7 时效性考察 | 第53页 |
| 3.3.8 敏感性研究 | 第53-54页 |
| 3.4 本章小结 | 第54-56页 |
| 第四章 天然基因组启动元件功能序列研究 | 第56-71页 |
| 4.1 实验材料 | 第56-59页 |
| 4.1.1 菌株和质粒 | 第56页 |
| 4.1.2 主要试剂 | 第56-57页 |
| 4.1.3 主要溶液配制 | 第57-58页 |
| 4.1.4 主要仪器 | 第58-59页 |
| 4.2 实验方法 | 第59-61页 |
| 4.2.1 元件序列分析 | 第59-60页 |
| 4.2.2 启动序列PCR扩增 | 第60页 |
| 4.2.3 PCR清洁试剂盒回收直接退火PCR的启动子产物 | 第60-61页 |
| 4.3 实验结果 | 第61-70页 |
| 4.3.1 序列分析结果 | 第61-64页 |
| 4.3.2 启动子直接退火PCR引物设计 | 第64-67页 |
| 4.3.3 TNT对24个启动子的首轮筛选 | 第67页 |
| 4.3.4 特异性考察 | 第67-68页 |
| 4.3.5 topAp4 启动活性考察 | 第68-69页 |
| 4.3.6 元件 A4 序列分析 | 第69-70页 |
| 4.4 本章小结 | 第70-71页 |
| 第五章 基于应激损伤家族启动子的人工启动子文库构建与筛选 | 第71-84页 |
| 5.1 实验材料和方法 | 第71-74页 |
| 5.1.1 实验材料 | 第71页 |
| 5.1.2 主要试剂 | 第71-72页 |
| 5.1.3 主要溶液配制 | 第72-73页 |
| 5.1.4 主要仪器 | 第73-74页 |
| 5.2 实验方法 | 第74-76页 |
| 5.2.1 应激损伤家族启动子的PCR扩增 | 第74-75页 |
| 5.2.2 构建promoter：：GFP表达体系 | 第75页 |
| 5.2.3 随机突变启动子文库构建 | 第75页 |
| 5.2.4 GFP荧光检测 | 第75页 |
| 5.2.5 TNT对文库筛选办法 | 第75-76页 |
| 5.2.6 统计学分析方法 | 第76页 |
| 5.3 实验结果 | 第76-82页 |
| 5.3.1 SOS promoter：：GFP载体构建 | 第76页 |
| 5.3.2 TNT 对 SOS 启动子的筛选 | 第76-77页 |
| 5.3.3 SOS启动子序列分析及随机突变文库构建 | 第77-78页 |
| 5.3.4 随机突变文库筛选 | 第78-79页 |
| 5.3.5 筛选得到的启动元件的测序分析结果 | 第79页 |
| 5.3.6 5 个启动子的TNT荧光检测 | 第79-80页 |
| 5.3.7 敏感性研究 | 第80-81页 |
| 5.3.8 时效性研究 | 第81-82页 |
| 5.4 本章小结 | 第82-84页 |
| 第六章 构建xylR5-Pu-GFP DNT检测体系 | 第84-105页 |
| 6.1 实验材料 | 第84-88页 |
| 6.1.1 菌株和质粒 | 第84页 |
| 6.1.2 主要试剂与化合物 | 第84-86页 |
| 6.1.3 主要培养基和溶液的配制 | 第86-87页 |
| 6.1.4 主要仪器 | 第87-88页 |
| 6.2 实验方法 | 第88-97页 |
| 6.2.1 恶臭假单胞菌KT2440 的培养 | 第88页 |
| 6.2.2 恶臭假单胞菌 | 第88-89页 |
| 6.2.3 XylR5 序列的获得 | 第89-90页 |
| 6.2.4 PCR扩增 | 第90-92页 |
| 6.2.5 DNA酶切 | 第92-93页 |
| 6.2.6 基因盒的构建 | 第93-95页 |
| 6.2.7 以重组工程法构建xylR5-Pu-GFP整合至KT2440 基因组的基因工程菌 | 第95-97页 |
| 6.3 实验结果 | 第97-104页 |
| 6.3.1 XylR5、Pu 序列的全合成 | 第97页 |
| 6.3.2 基因盒构建 | 第97-102页 |
| 6.3.3 利用重组工程将目标基因盒整合至KT2440 基因组 | 第102-104页 |
| 6.4 本章小结 | 第104-105页 |
| 第七章 可受阿拉伯糖调控的细菌自裂解模块构建 | 第105-112页 |
| 7.1 实验材料 | 第105-108页 |
| 7.1.1 菌株和质粒 | 第105-106页 |
| 7.1.2 主要试剂 | 第106页 |
| 7.1.3 主要溶液配制 | 第106-107页 |
| 7.1.4 主要仪器 | 第107-108页 |
| 7.2 实验方法 | 第108-109页 |
| 7.2.1 Holin、溶菌素序列全合成 | 第108页 |
| 7.2.2 组成型启动子J23 家族序列获得 | 第108页 |
| 7.2.3 自杀线路载体构建 | 第108-109页 |
| 7.2.4 菌株的L-阿拉伯糖诱导浓度摸索 | 第109页 |
| 7.2.5 J23 系列启动子的替换 | 第109页 |
| 7.2.6 统计学分析 | 第109页 |
| 7.3 实验结果 | 第109-111页 |
| 7.3.1 L-阿拉伯糖的诱导情况浓度摸索 | 第109-110页 |
| 7.3.2 起效时间 | 第110页 |
| 7.3.3 替换组成型启动子对裂解强度的影响 | 第110-111页 |
| 7.4 本章小结 | 第111-112页 |
| 第八章 总结与展望 | 第112-113页 |
| 参考文献 | 第113-120页 |
| 作者简介 | 第120-121页 |
| 攻读博士学位期间以第一作者署名发表的论文 | 第121-122页 |
| 攻读博士期间申请受理的专利 | 第122-123页 |
| 致谢 | 第123页 |
