| 中文摘要 | 第7-10页 |
| ABSTRACT | 第10-12页 |
| 第一章 文献综述 | 第13-25页 |
| 1.1 家蚕丝腺及丝蛋白分泌的研究进展 | 第13-18页 |
| 1.1.1 丝腺的发育 | 第13-14页 |
| 1.1.2 丝蛋白合成与分泌 | 第14-15页 |
| 1.1.3 丝蛋白的表达调控研究 | 第15-18页 |
| 1.2 FAIRE-SEQ技术的兴起与发展 | 第18-21页 |
| 1.2.1 FAIRE-seq技术概述 | 第18-19页 |
| 1.2.2 FAIRE-seq技术的应用 | 第19-20页 |
| 1.2.3 FAIRE-seq方法与其他方法的比较 | 第20-21页 |
| 1.3 转录组测序技术的发展及应用 | 第21-25页 |
| 1.3.1 转录组及其研究方法 | 第21-22页 |
| 1.3.2 转录组测序(RNA-seq)技术的发展 | 第22-23页 |
| 1.3.3 转录组测序技术的应用 | 第23-25页 |
| 第二章 引言 | 第25-29页 |
| 2.1 研究背景与目的意义 | 第25-26页 |
| 2.2 研究的主要内容 | 第26-27页 |
| 2.3 研究的技术路线 | 第27-29页 |
| 第三章 872和大造品种丝腺FAIRE-SEQ测序数据分析 | 第29-41页 |
| 3.1 实验材料 | 第29页 |
| 3.2 实验方法 | 第29-34页 |
| 3.2.1 实验部分 | 第29-32页 |
| 3.2.2 FAIRE-seq数据分析 | 第32-34页 |
| 3.3 FAIRE-SEQ测序数据的生物信息学分析结果 | 第34-40页 |
| 3.3.1 原始数据的统计与质量评估 | 第34-35页 |
| 3.3.2 读段比对到基因组及重复样本相关性检验 | 第35-36页 |
| 3.3.3 “峰”（peak）的识别与可视化 | 第36-38页 |
| 3.3.4 “峰”注释分析 | 第38-40页 |
| 3.4 小结与讨论 | 第40-41页 |
| 第四章 872和大造品种丝腺RNA-SEQ测序及生物信息学分析 | 第41-57页 |
| 4.1 实验材料 | 第41页 |
| 4.2 实验方法 | 第41-47页 |
| 4.2.1 家蚕872和大造品种丝腺总RNA提取和纯化 | 第41-42页 |
| 4.2.2 RNA-seq测序样本数据的准备和测序 | 第42-44页 |
| 4.2.3 RNA-seq原始数据处理和生物信息学分析 | 第44-47页 |
| 4.3 实验结果 | 第47-55页 |
| 4.3.1 测序质量评估 | 第47-48页 |
| 4.3.2 重复样本相关性检测 | 第48-49页 |
| 4.3.3 表达量计算与标准化结果 | 第49-50页 |
| 4.3.4 大造和872品种top20高量表达基因分析 | 第50-53页 |
| 4.3.5 大造和872品种丝蛋白基因的差异分析 | 第53页 |
| 4.3.6 大造和872差异基因的功能注释 | 第53-55页 |
| 4.4 小结与讨论 | 第55-57页 |
| 第五章 872和大造差异基因和开放染色质区域关联基因的分析与注释 | 第57-73页 |
| 5.1 实验材料与方法 | 第57-58页 |
| 5.1.1 差异“峰”特征分析 | 第57页 |
| 5.1.2 872和大造品种中差异“峰”和转录水平有差异的基因相关联 | 第57页 |
| 5.1.3 关联基因功能注释 | 第57-58页 |
| 5.2 实验结果 | 第58-72页 |
| 5.2.1 差异“峰”特征分析 | 第58页 |
| 5.2.2 72和大造品种差异“峰”和差异表达基因相关联 | 第58-64页 |
| 5.2.3 GO和KEGG功能注释 | 第64-72页 |
| 5.3 结果与讨论 | 第72-73页 |
| 第六章 872高丝量决定基因调控区域MOTIF分析 | 第73-87页 |
| 6.1 实验材料和方法 | 第73页 |
| 6.1.1 72候选调控区域影响下上调基因列表及注释 | 第73页 |
| 6.1.2 72上调表达基因关联“峰”motif分析 | 第73页 |
| 6.2 实验结果 | 第73-84页 |
| 6.2.1 影响872丝量表达差异候选调区域 | 第73-75页 |
| 6.2.2 候选调控区域的motif注释分析 | 第75-84页 |
| 6.3 实验结果与讨论 | 第84-87页 |
| 第七章 结果与讨论 | 第87-89页 |
| 参考文献 | 第89-95页 |
| 硕士期间论文发表情况 | 第95-97页 |
| 致谢 | 第97页 |
