| 摘要 | 第3-5页 |
| Abstract | 第5-6页 |
| 术语及缩略词说明 | 第7-10页 |
| 第一章 前言 | 第10-20页 |
| 1.1 遗传多样性概述 | 第10-14页 |
| 1.1.1 遗传多样性的概念 | 第10页 |
| 1.1.2 遗传多样性的维持与改变 | 第10-11页 |
| 1.1.3 遗传多样性的研究方法 | 第11-12页 |
| 1.1.4 遗传多样性的研究意义 | 第12-14页 |
| 1.2 SSR在种群遗传学中的应用 | 第14-18页 |
| 1.2.1 SSR简介 | 第14页 |
| 1.2.2 SSR分子标记的开发 | 第14-16页 |
| 1.2.3 SSR分子标记在种群遗传学中的应用 | 第16-18页 |
| 1.3 研究背景 | 第18-20页 |
| 1.3.1 黄秦艽简介 | 第18页 |
| 1.3.2 黄秦艽的研究现状 | 第18页 |
| 1.3.3 研究的目的和意义 | 第18-19页 |
| 1.3.4 研究内容 | 第19-20页 |
| 第二章 黄秦艽转录组分析和SSR分子标记的开发 | 第20-34页 |
| 2.1 材料与方法 | 第20-25页 |
| 2.1.1 实验材料 | 第20页 |
| 2.1.2 黄秦艽叶片RNA提取 | 第20-21页 |
| 2.1.3 黄秦艽DNA提取 | 第21-22页 |
| 2.1.4 黄秦艽RNA测序 | 第22页 |
| 2.1.5 转录组的组装 | 第22-23页 |
| 2.1.6 SSR位点的获得、标记的设计和验证 | 第23-24页 |
| 2.1.7 含有SSR位点的unigene功能注释及GO分类 | 第24-25页 |
| 2.2 结果与分析 | 第25-31页 |
| 2.2.1 RNA提取及质量检测 | 第25页 |
| 2.2.2 转录组组装结果 | 第25-27页 |
| 2.2.3 转录组SSR位点数量与分布特征 | 第27-29页 |
| 2.2.4 含SSR序列编码区的功能注释 | 第29-30页 |
| 2.2.5 EST-SSR标记验证结果 | 第30-31页 |
| 2.3 讨论 | 第31-34页 |
| 第三章 基于SSR分子标记的黄秦艽种群遗传多样性研究 | 第34-59页 |
| 3.1 实验材料采集 | 第34-35页 |
| 3.2 实验方法 | 第35-39页 |
| 3.2.1 黄秦艽总DNA的提取 | 第35页 |
| 3.2.2 PCR扩增和测序 | 第35-37页 |
| 3.2.3 数据的处理 | 第37-39页 |
| 3.3 实验结果与分析 | 第39-56页 |
| 3.3.1 黄秦艽DNA的提取结果 | 第39-40页 |
| 3.3.2 SSR数据结果 | 第40-41页 |
| 3.3.3 哈德-温伯格平衡（HWE）检测 | 第41-44页 |
| 3.3.4 瓶颈效应分析 | 第44页 |
| 3.3.5 遗传多样性结果 | 第44-47页 |
| 3.3.6 遗传结构分析 | 第47-56页 |
| 3.4 讨论 | 第56-59页 |
| 第四章 全文结论 | 第59-61页 |
| 参考文献 | 第61-67页 |
| 附录 | 第67-73页 |
| 攻读学位期间发表的学术论文和研究成果 | 第73-74页 |
| 致谢 | 第74页 |