| 中文摘要 | 第4-6页 |
| 英文摘要 | 第6-12页 |
| 第一章 引言 | 第12-20页 |
| 1.1 不动杆菌的研究进展 | 第12页 |
| 1.2 环境雌激素的污染与去除 | 第12-15页 |
| 1.2.1 环境雌激素的来源、分类及危害 | 第12-13页 |
| 1.2.2 雌激素降解途径以及相关酶 | 第13-15页 |
| 1.3 石油烃类化合物的降解特性研究 | 第15-18页 |
| 1.3.1 石油烃类化合物的污染和危害 | 第15-16页 |
| 1.3.2 石油的降解机理 | 第16-17页 |
| 1.3.3 表面活性剂 | 第17-18页 |
| 1.4 微生物基因组学 | 第18-19页 |
| 1.4.1 微生物基因组学研究现状和内容 | 第18页 |
| 1.4.2 DNA高通量测序的发展 | 第18-19页 |
| 1.5 研究的目的和意义 | 第19-20页 |
| 第二章 全基因组测序及功能基因注释 | 第20-38页 |
| 2.1 实验材料与方法 | 第20-22页 |
| 2.1.1 菌株来源 | 第20页 |
| 2.1.2 实验仪器 | 第20-21页 |
| 2.1.3 培养基的制备 | 第21页 |
| 2.1.4 菌株形态特征观察以及生理生化反应 | 第21页 |
| 2.1.5 提取基因组DNA | 第21页 |
| 2.1.6 菌株16S rDNA的鉴定 | 第21-22页 |
| 2.1.7 全基因组测序和组装 | 第22页 |
| 2.1.8 全基因组基因注释 | 第22页 |
| 2.1.9 甲基化分析 | 第22页 |
| 2.2 结果与分析 | 第22-37页 |
| 2.2.1 菌株的生理特性研究及16S rDNA鉴定 | 第22-25页 |
| 2.2.2 基因组基本特征分析 | 第25-26页 |
| 2.2.3 不动杆菌基因组的比较 | 第26-30页 |
| 2.2.4 不动杆菌共有基因Venn图分析 | 第30页 |
| 2.2.5 COG注释和功能分类 | 第30-32页 |
| 2.2.6 GO数据库基因注释结果 | 第32-33页 |
| 2.2.7 KEGG代谢通路分类注释 | 第33-35页 |
| 2.2.8 A.D-01基因组的表观修饰 | 第35-37页 |
| 2.3 本章小结 | 第37-38页 |
| 第三章 雌激素和烃类化合物降解基因研究 | 第38-48页 |
| 3.1 实验材料与方法 | 第38页 |
| 3.2 结果与分析 | 第38-47页 |
| 3.2.1 菌株A.D-01基因组雌激素降解酶基因分析 | 第38-41页 |
| 3.2.2 石油等烃类化合物降解关键基因鉴定 | 第41-44页 |
| 3.2.3 表面活性剂合成基因及调控基因鉴定 | 第44-45页 |
| 3.2.4 环境基因鉴定 | 第45-47页 |
| 3.3 本章小结 | 第47-48页 |
| 第四章 不动杆菌A.D-01雌激素降解转录组分析 | 第48-63页 |
| 4.1 实验材料与方法 | 第48-52页 |
| 4.1.1 样本菌株的处理 | 第48页 |
| 4.1.2 RNA的提取 | 第48-49页 |
| 4.1.3 RNA文库构建及链特异性测序 | 第49页 |
| 4.1.4 已知基因覆盖度统计 | 第49页 |
| 4.1.5 A.D-01在不同条件下的转录表达分析 | 第49页 |
| 4.1.6 差异表达基因的检测 | 第49-50页 |
| 4.1.7 差异基因GO富集分析 | 第50页 |
| 4.1.8 KEGG代谢通路富集分析 | 第50页 |
| 4.1.9 降解酶基因的反转录聚合酶链式反应 | 第50-51页 |
| 4.1.10 雌激素浓度的测定 | 第51页 |
| 4.1.11 高效液相检测 | 第51-52页 |
| 4.2 结果与分析 | 第52-62页 |
| 4.2.1 转录组测序数据分析 | 第52-53页 |
| 4.2.2 样品差异基因表达的鉴定 | 第53-55页 |
| 4.2.3 差异表达基因的GO分析 | 第55页 |
| 4.2.4 差异表达基因的KEGG富集分析 | 第55-57页 |
| 4.2.5 差异表达基因上调倍数分析 | 第57-60页 |
| 4.2.6 雌激素降解酶基因的RT-PCR分析 | 第60-61页 |
| 4.2.7 菌株生长与降解雌二醇的关系 | 第61-62页 |
| 4.3 本章小结 | 第62-63页 |
| 全文总结 | 第63-65页 |
| 创新点 | 第65-66页 |
| 参考文献 | 第66-75页 |
| 致谢 | 第75-76页 |
| 攻读硕士期间发表论文情况 | 第76页 |
