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低温胁迫下小胸鳖甲的转录组分析及差异表达基因几丁质酶的初步研究

摘要第1-6页
ABSTRACT第6-14页
第一部分 文献综述第14-61页
 第一章 昆虫对低温胁迫适应的分子机制研究进展第14-27页
  1 昆虫抗冻蛋白作用的分子机制研究第14-15页
  2 昆虫热激蛋白作用的分子机制研究第15-17页
  3 滞育相关基因的分子机制研究第17-18页
  4 冷休克相关的基因及蛋白第18-19页
  5 MAPK信号途径与昆虫响应低温诱导第19-20页
  6 问题与展望第20页
  参考文献第20-27页
 第二章 转录组学在昆虫耐寒性研究中的应用第27-42页
  1 转录组学研究方法第27-28页
   ·基于分子杂交技术的研究第27-28页
   ·基于高通量测序技术的研究第28页
  2 昆虫转录组学研究概况第28-30页
   ·昆虫转录组学研究动态分析第28-29页
   ·昆虫转录组学研究意义第29-30页
  3 转录组学在昆虫耐寒性响应机制的研究第30-35页
   ·抑制性消减杂交技术(SSH)在昆虫耐寒性研究中的应用第30-31页
   ·基因芯片技术在昆虫耐寒性研究中的应用第31-34页
   ·二代测序技术在昆虫耐寒性研究中的应用第34-35页
  4 问题与展望第35-36页
  参考文献第36-42页
 第三章 昆虫几丁质酶基因研究进展与几丁质酶抗逆分子机制研究第42-61页
  1 昆虫几丁质酶结构域分析第42-44页
   ·昆虫几丁质酶的分类第42-44页
   ·催化结构域第44页
   ·几丁质结合结构域第44页
   ·富含ST连接区第44页
  2 昆虫体内几丁质酶基因的时空表达研究第44-47页
  3 昆虫几丁质酶的结构特征及生物学功能第47-49页
  4 几丁质酶抗逆分子机制研究第49-51页
   ·昆虫几丁质酶抗逆分子机制研究进展第49-50页
   ·植物几丁质酶抗逆性研究进展第50页
   ·微生物几丁质酶抗逆性研究进展第50-51页
  5 结论与存在的问题第51-52页
   ·昆虫几丁质酶的类型划分第51页
   ·昆虫几丁质酶作用机制研究第51-52页
  6 展望第52页
  参考文献第52-61页
第二部分 高通量测序技术对小胸鳖甲响应不同温度的转录组及差异表达基因分析第61-112页
 第一章 荒漠拟步甲科昆虫总RNA的有效提取及电泳图谱分析第61-70页
  1 材料与方法第62-64页
   ·试虫来源第62-63页
   ·总RNA提取及纯化第63页
   ·总RNA完整性、纯度和浓度测定第63页
   ·RT-PCR第63-64页
  2 结果第64-65页
   ·总RNA的检测第64-65页
   ·RT-PCR的检测第65页
  3 讨论第65-67页
  参考文献第67-70页
 第二章 利用RNA-Seq技术对小胸鳖甲转录组的宏观分析第70-90页
  1 材料和方法第72-73页
   ·试虫饲养条件第72页
   ·cDNA文库构建和Illumina测序第72页
   ·序列处理与拼接第72-73页
   ·生物信息学分析第73页
  2 结果第73-81页
   ·测序结果和de novo组装第73页
   ·功能注释及序列特征第73-74页
   ·功能富集及代谢途径第74-79页
   ·预测与环境胁迫相关的unigene第79-81页
     ·热激蛋白第79页
     ·抗冻蛋白第79-80页
     ·其他可能与胁迫相关基因第80-81页
  3 讨论第81-83页
   ·Illumina测序与de novo拼接第81页
   ·hsps基因第81-82页
   ·afp基因第82页
   ·代谢相关基因第82-83页
  4 结论第83页
  参考文献第83-90页
 第三章 小胸鳖甲响应低温胁迫的转录组差异分析第90-112页
  1 材料和方法第92-94页
   ·试虫饲养条件第92页
   ·cDNA文库构建和Illumina测序第92页
   ·序列处理与拼接第92页
   ·生物信息学分析第92页
   ·real-time PCR验证第92-93页
   ·数据分析第93-94页
  2 结果第94-104页
   ·测序结果和de novo组装第94页
   ·功能注释及序列特征第94-96页
   ·RPKM分布及差异表达unigene数量分析第96-97页
   ·低温胁迫后小胸鳖甲转录组差异表达unigene功能分类第97-103页
     ·GO功能分类第98-102页
     ·KEGG代谢通路分类第102-103页
   ·real time-PCR验证第103-104页
  3 讨论第104-106页
   ·高通量测序第104-105页
   ·几个差异表达unigene与低温响应的关系第105-106页
   ·水解酶活性的差异表达unigene与低温响应的关系第106页
  4 结论与展望第106-107页
  参考文献第107-112页
第三部分 小胸鳖甲低温响应基因几丁质酶的低温表达模式分析第112-160页
 第一章 小胸鳖甲低温响应基因Mpcht12的原核表达及功能初步分析第112-133页
  1 材料和方法第114-117页
   ·材料第114页
   ·MpCHT12的生物信息学及序列分析第114-115页
   ·RNA提取、RT-PCR及real-time PCR第115页
   ·原核表达载体pET30a-Mpcht12构建、表达及纯化第115-116页
   ·免疫组化第116-117页
  2 结果第117-125页
   ·系统进化分析第117-118页
   ·结构功能域分析第118-119页
   ·MpCHT12的理化性质及修饰位点分析第119-120页
   ·MpCHT12蛋白疏水性及三级结构模型分析第120-121页
   ·pET30a-Mpcht12重组质粒的构建及原核表达与纯化第121-122页
   ·Mpcht12低温表达模式及组织特异性表达分析第122-123页
   ·免疫组化检测结果分析第123-124页
   ·MpCHT12的蛋白互作关系分析第124-125页
  3 讨论第125-128页
   ·MpCHT12的生物信息学分析第126页
   ·Mpcht12基因的低温表达谱分析第126-127页
   ·MpCHT12的蛋白互作关系分析第127-128页
  参考文献第128-133页
 第二章 小胸鳖甲几丁质酶MpCHT12抗血清的制备及抗体效价检测第133-146页
  1 材料和方法第135-137页
   ·试剂与试虫第135页
   ·真核表达载体pcDNA3-Mpcht12的构建及瞬时表达第135-136页
   ·His-MpCHT12的诱导表达与纯化第136页
   ·抗血清的制备及效价测定第136-137页
   ·小胸鳖甲成虫总蛋白的提取第137页
   ·Western blot检测抗血清的特异性和敏感性第137页
  2 结果第137-141页
   ·pcDNA3.0-Mpcht12重组质粒的构建及瞬时表达第137-138页
   ·His-MpCHT12融合蛋白的诱导表达与纯化第138-139页
   ·MpCHT12抗血清的效价第139-140页
   ·MpCHT12抗血清的Western blot检测第140-141页
  3 讨论第141-142页
  参考文献第142-146页
 第三章 小胸鳖甲6个几丁质酶基因的克隆、序列分析及低温表达模式研究第146-160页
  1 材料与方法第148-149页
   ·成虫采集及饲养第148页
   ·小胸鳖甲6个几丁质酶序列分析第148页
   ·小胸鳖甲试虫的处理与RNA的提取第148-149页
   ·标准曲线和real-time PCR第149页
   ·数据分析第149页
  2 结果第149-155页
   ·小胸鳖甲6个几丁质酶基因对低温胁迫的响应第149-151页
   ·小胸鳖甲6个几丁质酶基因的系统进化分析第151-153页
   ·小胸鳖甲6个几丁质酶基因的组织特异性表达第153页
   ·小胸鳖甲6个几丁质酶响应低温胁迫的表达模式第153-155页
  3 讨论第155-156页
  参考文献第156-160页
第四部分 结论与展望第160-162页
 1  主要结果与结论第160-161页
 2  展望第161-162页
附录第162-170页
 附录 1第162-163页
 附录 2第163-165页
 附录 3第165页
 附录 4第165-166页
 附录 5第166-167页
 附录6英文缩略语第167-168页
 附录7常用试剂配制方法第168-170页
致谢第170-171页
个人简介第171页
主持及参与科研项目情况第171-172页
攻读博士学位期间发表和在审的学术论文第172页

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