| 摘要 | 第1-6页 |
| Abstract | 第6-11页 |
| 第一部分 斑马鱼穿孔蛋白Dln1的结构与功能研究 | 第11-95页 |
| 第一章 D1n1研究背景 | 第11-35页 |
| ·引言 | 第11-12页 |
| ·穿孔蛋白概述 | 第12-14页 |
| ·具体功能 | 第12页 |
| ·受体识别 | 第12-13页 |
| ·穿孔机制 | 第13-14页 |
| ·穿孔蛋白研究现状 | 第14-29页 |
| ·细菌穿孔蛋白 | 第14-22页 |
| ·Colicin家族 | 第14-16页 |
| ·ClyA家族 | 第16-17页 |
| ·Haemolysin家族 | 第17-18页 |
| ·胆固醇依赖细胞溶素(CDC)家族 | 第18-20页 |
| ·Aerolysin家族 | 第20-22页 |
| ·真核生物的穿孔蛋白 | 第22-29页 |
| ·Actinoporin家族 | 第23-24页 |
| ·Bcl-2家族 | 第24页 |
| ·MACPF家族 | 第24-26页 |
| ·Aerolysin家族 | 第26-29页 |
| ·穿孔蛋白生物学应用 | 第29-33页 |
| ·抗菌药物的研究 | 第29-30页 |
| ·抗菌疫苗的研发 | 第30-31页 |
| ·癌症的治疗 | 第31-32页 |
| ·DNA测序 | 第32-33页 |
| ·斑马鱼aerolysin类穿孔蛋白 | 第33-35页 |
| ·模式生物斑马鱼 | 第34页 |
| ·斑马鱼aerolysin类蛋白相关背景分析 | 第34-35页 |
| 第二章 实验材料、仪器设备与方法 | 第35-47页 |
| ·实验材料、仪器设备 | 第35-36页 |
| ·质粒与菌株 | 第35页 |
| ·酶与其它实验试剂 | 第35-36页 |
| ·仪器设备 | 第36页 |
| ·实验方法 | 第36-47页 |
| ·构建Dln1重组质粒以及基因突变 | 第36-38页 |
| ·引物设计 | 第36-38页 |
| ·目的片段PCR | 第38页 |
| ·重组以及突变质粒构建 | 第38页 |
| ·蛋白表达纯化 | 第38-39页 |
| ·晶体初筛与优化 | 第39-40页 |
| ·数据收集与结构解析 | 第40-41页 |
| ·Dln1与底物的结合实验 | 第41-43页 |
| ·糖原筛选实验 | 第41页 |
| ·表面等离子共振实验 | 第41页 |
| ·等温滴定微量热实验 | 第41-42页 |
| ·与多聚甘露糖以及gp120结合实验 | 第42页 |
| ·与酵母的结合实验 | 第42-43页 |
| ·抑制酵母生长实验 | 第43页 |
| ·Dln1的多聚以及穿孔实验 | 第43-44页 |
| ·脂质体制备 | 第43页 |
| ·多聚实验 | 第43-44页 |
| ·荧光泄露实验 | 第44页 |
| ·Dln1的多聚体结构的解析 | 第44-45页 |
| ·负染电镜样品准备 | 第44页 |
| ·二维晶体形成 | 第44-45页 |
| ·多聚体结构的解析 | 第45页 |
| ·分子动力学模拟 | 第45-46页 |
| ·交联质谱实验 | 第46-47页 |
| 第三章 结果与讨论 | 第47-85页 |
| ·Dln1序列分析 | 第47页 |
| ·Dln1纯化以及状态评估 | 第47-50页 |
| ·蛋白纯化 | 第47-49页 |
| ·蛋白状态评估 | 第49-50页 |
| ·Dln1晶体学研究 | 第50-53页 |
| ·晶体初筛与优化 | 第50-51页 |
| ·晶体数据收集、处理以及结构解析 | 第51-53页 |
| ·Dln1结构及分析 | 第53-57页 |
| ·整体结构 | 第53-55页 |
| ·Dln1结构比对 | 第55-57页 |
| ·Dln1底物特异性识别 | 第57-62页 |
| ·Dln1与二糖复合物 | 第57-58页 |
| ·Dln1底物特异性 | 第58-61页 |
| ·Dln1分别与Manα1-2Man和Manα1-3Man复合物结构 | 第61-62页 |
| ·Dln1可能的生理靶标 | 第62-66页 |
| ·结合HIV病毒的gp120蛋白 | 第62-63页 |
| ·结合酿酒酵母 | 第63-66页 |
| ·Dln1的多聚及穿孔 | 第66-73页 |
| ·多聚甘露糖、脂质和低pH促进Dln1多聚 | 第66-68页 |
| ·Dln1具有膜上穿孔能力 | 第68-69页 |
| ·Dln1M5具有更强的多聚和穿孔能力 | 第69-72页 |
| ·Dln1的pH效应 | 第72-73页 |
| ·Dln1八体结构 | 第73-82页 |
| ·Dln1结合脂质体 | 第73-75页 |
| ·Dln1在单层膜上形成二维晶体 | 第75-76页 |
| ·Dln1M5多聚体膜上重构 | 第76-79页 |
| ·Dln1晶体结构与电镜结构的对接 | 第79-81页 |
| ·分子动力学模拟 | 第81-82页 |
| ·Dln1的穿孔机制 | 第82-83页 |
| ·Dln1在斑马鱼中可能发挥免疫作用 | 第83-84页 |
| ·本章小结 | 第84-85页 |
| 参考文献 | 第85-95页 |
| 第二部分 参与合作的其它工作 | 第95-109页 |
| 第四章 参与异性胞糖脂层和多糖层合成蛋白的结构和功能研究 | 第95-107页 |
| ·研究背景 | 第95-97页 |
| ·实验材料、仪器设备与方法 | 第97-98页 |
| ·蛋白表达与纯化 | 第97页 |
| ·酶活测定 | 第97-98页 |
| ·波长扫描 | 第98页 |
| ·结果与讨论 | 第98-105页 |
| ·HgdA和Alr2827纯化 | 第98-99页 |
| ·HgdA和Alr2827结晶与优化 | 第99页 |
| ·HgdA和Alr2827结构解析 | 第99-100页 |
| ·HgdA结构分析 | 第100-101页 |
| ·Alr2827结构分析 | 第101-104页 |
| ·酶活测定 | 第104-105页 |
| ·本章小结 | 第105-107页 |
| 参考文献 | 第107-109页 |
| 附录 | 第109-125页 |
| 致谢 | 第125-127页 |
| 攻读学位期间发表的学术论文与参加的学术会议 | 第127页 |