地山雀与大山雀喙型差异的分子调控机制
| 摘要 | 第1-7页 |
| ABSTRACT | 第7-9页 |
| 目录 | 第9-12页 |
| 第—章 前言 | 第12-32页 |
| ·鸟类喙型研究进展 | 第12-21页 |
| ·喙的解剖结构 | 第12-14页 |
| ·喙的起源与形成 | 第14-17页 |
| ·喙的发育起源 | 第14-15页 |
| ·喙的形成 | 第15-17页 |
| ·喙的生态适应性 | 第17-18页 |
| ·喙型的分子调控机制 | 第18-21页 |
| ·地山雀与大山雀生物学关系 | 第21-23页 |
| ·系统发育关系 | 第21-22页 |
| ·形态特征关系 | 第22-23页 |
| ·RNA-Seq研究简介 | 第23-28页 |
| ·RNA-Seq与传统转录组技术比较 | 第24-25页 |
| ·RNA-Seq实验流程 | 第25-26页 |
| ·基于RNA-Seq技术的数据分析 | 第26-28页 |
| ·基因表达水平与差异表达研究 | 第26-27页 |
| ·SNP分析 | 第27-28页 |
| ·几何形态学研究简介 | 第28-30页 |
| ·研究目的与意义 | 第30-32页 |
| 第二章 研究材料与方法 | 第32-44页 |
| ·形态学分析方法 | 第32-33页 |
| ·喙的线性测量 | 第32页 |
| ·喙的三维成像 | 第32页 |
| ·几何形态学分析 | 第32-33页 |
| ·胚胎样品采集与组织分离 | 第33-34页 |
| ·总RNA提取与检测 | 第34-36页 |
| ·转录组文库构建与上机测序 | 第36-37页 |
| ·数据过滤与质控 | 第37-38页 |
| ·数据过滤 | 第37页 |
| ·质量评估 | 第37-38页 |
| ·数据分析方法 | 第38-41页 |
| ·Reads Mapping与转录本组装 | 第38页 |
| ·差异表达分析 | 第38-39页 |
| ·Cuffdiff2 | 第38-39页 |
| ·DESeq | 第39页 |
| ·聚类分析 | 第39页 |
| ·SNP与Ka/Ks分析 | 第39-40页 |
| ·SNP检测 | 第39-40页 |
| ·Ka/Ks分析 | 第40页 |
| ·富集与蛋白互作 | 第40-41页 |
| ·数据分析软件的URL | 第41-42页 |
| ·技术路线 | 第42-44页 |
| 第三章 结果 | 第44-62页 |
| ·喙的形态特征分析 | 第44-49页 |
| ·喙的结构 | 第44-45页 |
| ·喙的大小变化 | 第45-48页 |
| ·喙的形状变化 | 第48-49页 |
| ·质量评估与Reads mapping | 第49-51页 |
| ·质量控制 | 第49-50页 |
| ·Mapping | 第50-51页 |
| ·基因表达差异分析 | 第51-56页 |
| ·差异基因筛选 | 第51-53页 |
| ·聚类与富集分析 | 第53-56页 |
| ·SNP和Ka/Ks分析 | 第56-59页 |
| ·SNP检测与注释 | 第56-57页 |
| ·Ka/Ks分析 | 第57-59页 |
| ·蛋白互作分析 | 第59-62页 |
| 第四章 讨论 | 第62-68页 |
| ·地山雀喙的适应进化 | 第62-63页 |
| ·喙型的分子调控机制 | 第63-68页 |
| ·基因表达水平对喙型变化的影响 | 第63-65页 |
| ·上调基因表达 | 第63-64页 |
| ·下调基因表达 | 第64-65页 |
| ·基因结构变异对喙型变化的影响 | 第65-68页 |
| 第五章 结论与展望 | 第68-70页 |
| 参考文献 | 第70-88页 |
| 附录 | 第88-96页 |
| 附录1 | 第88-91页 |
| 附录2 | 第91-94页 |
| 附录3 | 第94-96页 |
| 撰写与发表论文 | 第96-98页 |
| 致谢 | 第98-99页 |
