| 摘要 | 第1-4页 |
| Abstract | 第4-7页 |
| 第一章 绪论 | 第7-14页 |
| ·基因组规模代谢网络模型的研究进展 | 第7-9页 |
| ·基因组规模代谢网络模型的构建过程 | 第9-12页 |
| ·基因组规模代谢网络模型的模拟与分析 | 第12-13页 |
| ·本论文主要研究内容 | 第13-14页 |
| 第二章 材料与方法 | 第14-22页 |
| ·GSMM 构建的数据和工具 | 第14-15页 |
| ·GSMM 的模拟与分析工具 | 第15-16页 |
| ·GSMM 构建数据的准备 | 第16-18页 |
| ·序列的获取 | 第16页 |
| ·序列功能注释 | 第16页 |
| ·亚细胞定位预测 | 第16页 |
| ·转运蛋白的鉴定 | 第16-17页 |
| ·生物量方程和交换反应 | 第17页 |
| ·代谢物解离化学式计算 | 第17-18页 |
| ·初模型自动化构建程序设计 | 第18-20页 |
| ·自动化需求分析 | 第18-19页 |
| ·自动化的基本流程 | 第19-20页 |
| ·GSMM 的构建、评估与分析 | 第20-22页 |
| ·模型数据的组装 | 第20页 |
| ·模型功能性评估 | 第20-21页 |
| ·模型辅助的基因注释 | 第21页 |
| ·细胞生长的表型分析 | 第21页 |
| ·典型产物的合成分析 | 第21页 |
| ·基因敲除分析 | 第21-22页 |
| 第三章 结果与讨论 | 第22-46页 |
| ·初模型自动化构建程序设计 | 第22-25页 |
| ·自动化程序流程 | 第22页 |
| ·程序过程描述 | 第22-25页 |
| ·干酪乳杆菌 GSMM 的构建与分析 | 第25-37页 |
| ·iJL760 构建及特征描述 | 第25-29页 |
| ·iJL760 辅助基因功能注释 | 第29-30页 |
| ·L. casei 生长的底物需求分析 | 第30-31页 |
| ·碳源和氧气对 L. casei 生长的影响 | 第31-33页 |
| ·L. casei 乳酸发酵表型分析 | 第33-34页 |
| ·L. casei 胞外多糖合成及氮源的影响 | 第34-35页 |
| ·L. casei 基因敲除分析 | 第35-37页 |
| ·土曲霉 GSMM 的构建与分析 | 第37-46页 |
| ·iJL1454 构建及特征描述 | 第37-39页 |
| ·A. terreus 底物吸收与细胞生长 | 第39-41页 |
| ·A. terreus 必需基因分析 | 第41-42页 |
| ·A. terreus 衣康酸合成途径分析 | 第42-44页 |
| ·A. terreus 应对环境扰动的鲁棒性分析 | 第44-46页 |
| 主要结论与展望 | 第46-48页 |
| 致谢 | 第48-49页 |
| 参考文献 | 第49-54页 |
| 附录 作者在攻读硕士学位期间发表的论文 | 第54-55页 |
| 附表一 干酪乳杆菌 LC2W iJL760 辅助基因组注释 | 第55-62页 |
| 附表二 氨基酸促进 EPS 合成的代谢过程及流量变化 | 第62-66页 |
| 附表三 基于 iJL1454 预测的全部土曲霉必需基因 | 第66-67页 |
