| 摘要 | 第1-5页 |
| ABSTRACT | 第5-9页 |
| 符号说明 | 第9-10页 |
| 第一章 绪论 | 第10-19页 |
| ·DNA 的双螺旋结构 | 第10-12页 |
| ·DNA 的化学修饰 | 第12-13页 |
| ·RNA 干扰 | 第13-15页 |
| ·DNA/RNA 的结构生物信息学研究 | 第15-19页 |
| ·结构生物信息学研究的原理 | 第15-17页 |
| ·DNA/RNA 的结构生物信息学分析 | 第17-18页 |
| ·结构生物信息学方法的不足 | 第18-19页 |
| 第二章 手性硫修饰对 DNA 螺旋性的影响 | 第19-33页 |
| ·DNA 硫修饰的发现 | 第19-20页 |
| ·实验材料与方法 | 第20-22页 |
| ·硫修饰模型的建立和构象集的制备 | 第20-21页 |
| ·测定硫代磷酸基团的 pKa | 第21-22页 |
| ·能量打分函数的构建 | 第22页 |
| ·DNA 结构数据的收集与虚拟硫修饰 | 第22页 |
| ·实验结果与讨论 | 第22-32页 |
| ·硫代磷酸基团的 pKa 滴定 | 第22-23页 |
| ·硫修饰二核苷的构象分析 | 第23-25页 |
| ·构建能量对于骨架二面角的打分函数 | 第25-27页 |
| ·采用打分函数评估 NDB 数据库中的双螺旋结构 | 第27-30页 |
| ·硫修饰 DNA 结构可能存在形式的猜想 | 第30-32页 |
| ·总结与展望 | 第32-33页 |
| 第三章 异核苷修饰对 RNA 干扰的影响 | 第33-43页 |
| ·异核苷的结构与特性 | 第33-34页 |
| ·实验材料与方法 | 第34-36页 |
| ·计算模型的选择 | 第34页 |
| ·初始结构的构建 | 第34-35页 |
| ·Ago/siRNA 复合物的分子动力学模拟 | 第35页 |
| ·Ago/siRNA 复合物的轨迹分析 | 第35-36页 |
| ·实验结果与讨论 | 第36-42页 |
| ·Ago/siRNA 体系的稳定性 | 第36-38页 |
| ·Ago 蛋白的主成份分析 | 第38-40页 |
| ·RISC 与 ssRNA 的结合自由能分析 | 第40-41页 |
| ·实验测定异核苷的 RNAi 活性 | 第41-42页 |
| ·总结与展望 | 第42-43页 |
| 第四章 全文总结 | 第43-45页 |
| 参考文献 | 第45-49页 |
| 附录1 模型6各优势构象的骨架二面角及其在分别在PBE1PBE、M06和MP2方法，6-31+G(2df)基组，CPCM 水溶剂模型下计算的能量(Hartree)和对应与全局最优构象的相对能量(kcal/mol) | 第49-61页 |
| 附录2 模型7各优势构象的骨架二面角及其在分别在PBE1PBE、M06和MP2方法，6-31+G(2df)基组，CPCM 水溶剂模型下计算的能量(Hartree)和对应与全局最优构象的相对能量(kcal/mol) | 第61-68页 |
| 附录3 模型8各优势构象的骨架二面角及其在分别在PBE1PBE、M06和MP2方法，6-31+G(2df)基组，CPCM 水溶剂模型下计算的能量(Hartree)和对应与全局最优构象的相对能量(kcal/mol) | 第68-76页 |
| 附录4 构建能量-二面角回归方程的 Matlab 程序 | 第76-77页 |
| 附录5 Amber11 分子动力学模拟输入文件 | 第77-79页 |
| 附录6 ptraj 主成份分析输入文件 | 第79-80页 |
| 致谢 | 第80-81页 |
| 攻读硕士学位期间发表的学术论文 | 第81-83页 |
