| 摘要 | 第1-7页 |
| Abstract | 第7-13页 |
| 第一章 绪论 | 第13-33页 |
| ·选题背景 | 第13-19页 |
| ·水资源概况 | 第13-14页 |
| ·东江水环境现状 | 第14-16页 |
| ·水体氮的存在形态及来源 | 第16-17页 |
| ·水体氮素污染的危害 | 第17-19页 |
| ·水体中氮的生物地球化学循环 | 第19-23页 |
| ·氮生物地球化学循环的概念 | 第19页 |
| ·氮的固定 | 第19页 |
| ·矿化(氨化)作用 | 第19页 |
| ·硝化作用 | 第19-20页 |
| ·反硝化作用 | 第20-21页 |
| ·厌氨氨氧化 | 第21页 |
| ·水体氮循环模型 | 第21-23页 |
| ·分子生物学技术在微生物生态学研究中的应用 | 第23-29页 |
| ·荧光原位杂交 | 第24页 |
| ·基于 PCR 技术的研究方法 | 第24-29页 |
| ·多变量统计分析方法及其在微生物生态学研究中的应用 | 第29-30页 |
| ·多变量统计分析方法 | 第29-30页 |
| ·多变量统计分析方法在微生物生态学领域的应用 | 第30页 |
| ·本论文的研究目的、意义和主要内容 | 第30-33页 |
| ·研究目的和意义 | 第30-31页 |
| ·研究内容 | 第31页 |
| ·技术路线 | 第31-33页 |
| 第二章 东江水质分析 | 第33-47页 |
| ·引言 | 第33-34页 |
| ·水质污染及监测评价 | 第33页 |
| ·水质指数 | 第33页 |
| ·基于WQI的东江水质评估 | 第33-34页 |
| ·材料与方法 | 第34-38页 |
| ·研究区域和样品采集 | 第34-35页 |
| ·主要仪器 | 第35-36页 |
| ·主要试剂 | 第36页 |
| ·水质理化指标分析方法 | 第36-37页 |
| ·水质指数（WQI）的计算 | 第37-38页 |
| ·统计分析 | 第38页 |
| ·结果和讨论 | 第38-46页 |
| ·基于理化指标的水质评价 | 第38-41页 |
| ·基于水质指标（WQI）的水质评价 | 第41-46页 |
| ·本章小结 | 第46-47页 |
| 第三章 东江微生物群落结构及其分布 | 第47-71页 |
| ·引言 | 第47-48页 |
| ·材料与方法 | 第48-57页 |
| ·主要仪器 | 第48-49页 |
| ·主要试剂 | 第49-50页 |
| ·常用试剂和缓冲液的配制 | 第50-51页 |
| ·水样采集与水质分析 | 第51-52页 |
| ·DNA 提取 | 第52-53页 |
| ·16S rRNA 基因克隆建库 | 第53-56页 |
| ·序列分析及登录号 | 第56-57页 |
| ·统计分析 | 第57页 |
| ·结果 | 第57-68页 |
| ·东江水质特征 | 第57-58页 |
| ·环境样品DNA及PCR产物检测 | 第58-59页 |
| ·克隆文库分析 | 第59-61页 |
| ·浮游微生物的系统多样性和分布 | 第61-67页 |
| ·微生物群落结构与环境因子的相关性分析 | 第67-68页 |
| ·讨论 | 第68-70页 |
| ·本章小结 | 第70-71页 |
| 第四章 东江水体微生物群落的时空动态变化 | 第71-97页 |
| ·引言 | 第71-72页 |
| ·材料与方法 | 第72-79页 |
| ·主要仪器 | 第72页 |
| ·主要试剂 | 第72-73页 |
| ·常用试剂和缓冲液的配制 | 第73-74页 |
| ·样品采集与水质分析 | 第74页 |
| ·DNA 提取 | 第74页 |
| ·PCR 扩增 | 第74-75页 |
| ·DGGE分析 | 第75-78页 |
| ·序列分析及登录号 | 第78-79页 |
| ·统计分析 | 第79页 |
| ·结果 | 第79-94页 |
| ·东江水质的动态变化 | 第79-80页 |
| ·水样总 DNA 和 PCR 扩增产物的检测 | 第80-81页 |
| ·DGGE 图谱结果 | 第81-83页 |
| ·基于 Quantity one 软件的 DGGE 图谱分析 | 第83-90页 |
| ·DGGE 切胶条带序列分析 | 第90-93页 |
| ·统计学分析 | 第93-94页 |
| ·讨论 | 第94-96页 |
| ·本章小结 | 第96-97页 |
| 第五章 氨氧化微生物的多样性和丰度研究 | 第97-117页 |
| ·引言 | 第97-98页 |
| ·氨氧化微生物的发现 | 第97页 |
| ·氨氧化微生物的生境分布 | 第97-98页 |
| ·氨氧化古菌的生态学意义 | 第98页 |
| ·材料与方法 | 第98-105页 |
| ·水样采集及水质分析 | 第98-99页 |
| ·实验仪器 | 第99-100页 |
| ·生化试剂 | 第100页 |
| ·常用试剂的配制 | 第100页 |
| ·DNA 提取和 PCR 扩增 | 第100-102页 |
| ·amoA 基因克隆库的构建 | 第102页 |
| ·amoA 基因的系统发育分析 | 第102-103页 |
| ·荧光定量 PCR (qPCR) | 第103-105页 |
| ·统计分析 | 第105页 |
| ·结果 | 第105-113页 |
| ·采样点水质状况 | 第105-106页 |
| ·amoA 基因的扩增和克隆 | 第106-107页 |
| ·amoA 基因的多样性分析 | 第107-108页 |
| ·amoA 基因的系统发育分析 | 第108-110页 |
| ·amoA 基因的定量分析 | 第110-111页 |
| ·氨氧化微生物与环境因子的相关性 | 第111-113页 |
| ·讨论 | 第113-116页 |
| ·本章小结 | 第116-117页 |
| 结论与展望 | 第117-120页 |
| 1 主要研究结论 | 第117-118页 |
| 2 本论文的创新之处 | 第118-119页 |
| 3 展望 | 第119-120页 |
| 参考文献 | 第120-139页 |
| 攻读博士学位期间取得的研究成果 | 第139-141页 |
| 致谢 | 第141-143页 |
| 附件 | 第143页 |