| 摘要 | 第1-6页 |
| Abstract | 第6-10页 |
| 第1章 绪论 | 第10-18页 |
| ·蛋白质-RNA 相互作用的研究意义及研究方法 | 第10-11页 |
| ·研究意义 | 第10页 |
| ·研究方法 | 第10-11页 |
| ·HIV-1 Tat 和 TAR RNA 相互作用抑制剂的研究进展 | 第11-13页 |
| ·研究意义 | 第11-12页 |
| ·研究现状及进展 | 第12-13页 |
| ·CycT1-Tat-TAR 结构与功能关系的研究进展 | 第13-18页 |
| ·研究意义 | 第13-14页 |
| ·研究现状及进展 | 第14-18页 |
| 第2章 两种重要的分子模拟方法 | 第18-30页 |
| ·分子动力学模拟 | 第18-24页 |
| ·基本原理 | 第18-22页 |
| ·基本步骤 | 第22-23页 |
| ·常用分子动力学模拟软件简介 | 第23-24页 |
| ·分子对接 | 第24-30页 |
| ·基本原理 | 第25页 |
| ·搜索算法 | 第25-26页 |
| ·打分函数 | 第26-27页 |
| ·常用分子对接软件简介 | 第27-30页 |
| 第3章 环肽类抑制剂与HIV-1 TAR RNA相互作用与识别的分子模拟研究 | 第30-50页 |
| ·引言 | 第30-32页 |
| ·材料与方法 | 第32-33页 |
| ·研究体系选取与分子动力学模拟 | 第32页 |
| ·主成分分析 | 第32-33页 |
| ·结合自由能与能量分解 | 第33页 |
| ·结果与讨论 | 第33-48页 |
| ·结构稳定性与构象柔性 | 第33-36页 |
| ·氢键形成 | 第36-40页 |
| ·环肽-RNA结合界面 | 第40-41页 |
| ·受体RNA运动模式 | 第41-43页 |
| ·结合自由能计算与残基能量分解 | 第43-46页 |
| ·RRK基序在环肽-TAR识别中的作用 | 第46-48页 |
| ·本章小结 | 第48-50页 |
| 第4章 人类CycT1-Tat-TAR三元复合物结构模建及其动力学模拟 | 第50-60页 |
| ·引言 | 第50-51页 |
| ·体系与方法 | 第51-53页 |
| ·体系准备 | 第51页 |
| ·分子对接 | 第51-52页 |
| ·分子动力学模拟 | 第52-53页 |
| ·结果与讨论 | 第53-58页 |
| ·构建策略及依据 | 第53-55页 |
| ·分子动力学优化及结构合理性分析 | 第55-58页 |
| ·本章小结 | 第58-60页 |
| 结论 | 第60-62页 |
| 参考文献 | 第62-72页 |
| 附录 | 第72-77页 |
| 攻读硕士学位期间所发表的学术论文 | 第77-79页 |
| 攻读硕士学位期间所获得的科研成果 | 第79-81页 |
| 致谢 | 第81页 |
