| 摘要 | 第1-5页 |
| Abstract | 第5-7页 |
| 引言 | 第7-8页 |
| 1 理论背景 | 第8-12页 |
| ·密度泛函理论 | 第8页 |
| ·从头计算方法 | 第8-9页 |
| ·电负性均衡方法 | 第9-10页 |
| ·分子力学（Molecular Mechanics） | 第10页 |
| ·ABEEMσπ/MM 模型 | 第10-12页 |
| 2 碱基与NMA 相互作用的ab initio 和ABEEMσπ研究 | 第12-38页 |
| ·概述 | 第12页 |
| ·计算方法 | 第12-13页 |
| ·ABEEMσπ/MM 模型参数及其确定方法 | 第13-16页 |
| ·结果与讨论 | 第16-37页 |
| ·NMA 单体的研究 | 第16-21页 |
| ·碱基单体的研究 | 第21-25页 |
| ·复合物的几何构型 | 第25-36页 |
| ·结合能 | 第36-37页 |
| ·小结 | 第37-38页 |
| 3 碱基-NMA 体系与水的相互作用 | 第38-45页 |
| ·碱基-NMA 体系与水的几何构型 | 第38-42页 |
| ·结合能 | 第42-43页 |
| ·小结 | 第43-45页 |
| 结论 | 第45-46页 |
| 参考文献 | 第46-50页 |
| 致谢 | 第50页 |