| 摘要 | 第1-7页 |
| Abstract | 第7-11页 |
| 第1章 绪论 | 第11-51页 |
| ·引言 | 第11-13页 |
| ·生物大分子的动力学模拟 | 第13-37页 |
| ·传统的分子动力学模拟 | 第14-22页 |
| ·量子化学计算方法 | 第22-31页 |
| ·量子力学和分子力学相结合的计算方法(QM/MM) | 第31-35页 |
| ·化学反应路径的确定 | 第35-37页 |
| ·论文概要 | 第37-39页 |
| 参考文献 | 第39-51页 |
| 第2章 运用弹力索方法来寻找酶的化学反应最小能量路径 | 第51-65页 |
| ·背景介绍 | 第51-54页 |
| ·方法的介绍 | 第54-61页 |
| ·NEB方法的原理 | 第54-56页 |
| ·NEB方法的改进 | 第56-60页 |
| ·NEB方法在酶反应研究中的应用前景 | 第60-61页 |
| 参考文献 | 第61-65页 |
| 第3章 多肽去甲酰化酶和嗜热菌蛋白酶的金属选择性 | 第65-99页 |
| ·背景介绍 | 第65-68页 |
| ·材料和方法 | 第68-71页 |
| ·酶-底物-溶剂体系的初始结构 | 第68-69页 |
| ·QM/MM模型 | 第69页 |
| ·初始结构平衡 | 第69-70页 |
| ·利用NEB方法和半经验QM/MM模型计算最小能量路径 | 第70页 |
| ·使用从头算QM/MM模型进行QM子空间的优化 | 第70-71页 |
| ·结果与讨论 | 第71-92页 |
| ·反应步骤 | 第71-73页 |
| ·半经验MEPs | 第73-78页 |
| ·从头算QM/MM能量曲线 | 第78-81页 |
| ·单步化学反应 | 第81-88页 |
| ·与从前的PDF体系的从头算结果的比较 | 第88-89页 |
| ·PDF和TLN不同的金属选择性的原因的探究 | 第89-92页 |
| ·结论 | 第92-94页 |
| ·致谢 | 第94-95页 |
| 参考文献 | 第95-99页 |
| 致谢 | 第99-100页 |
| 在读期间发表的学术论文与取得的其他研究成果 | 第100页 |
