| 引言 | 第1-11页 |
| 第一章 数据库 | 第11-16页 |
| 1 数据库来源 | 第11-12页 |
| 2 数据库处理 | 第12-16页 |
| 第二章 蛋白质二级结构和mRNA局域二级结构的统计相关性 | 第16-27页 |
| 1 引言 | 第16页 |
| 2 理论方法 | 第16-22页 |
| ·数据库 | 第16-17页 |
| ·蛋白质二级结构 | 第17页 |
| ·预测mRNA序列的二级结构 | 第17页 |
| ·结构偏好的计算 | 第17-19页 |
| ·结构字 | 第19-20页 |
| ·结构字和mRNA二级结构序列的关系 | 第20页 |
| ·蛋白质结构和多核苷酸片段的相关性 | 第20-22页 |
| 3 讨论 | 第22-27页 |
| ·蛋白质结构和mRNA的stem／loop结构的相关性 | 第22-23页 |
| ·统计显著性分析 | 第23-24页 |
| ·结构偏好对窗口的依赖 | 第24-25页 |
| ·mRNA的stem／loop结构对蛋白质结构的偏好 | 第25-26页 |
| ·小结 | 第26-27页 |
| 第三章 蛋白质二级结构偏好、密码子tRNA拷贝数和mRNA的stem／loop含量的研究 | 第27-48页 |
| 1 引言 | 第27-28页 |
| 2 材料和方法 | 第28-34页 |
| ·数据库 | 第28-30页 |
| ·tRNA拷贝数 | 第30-32页 |
| ·m-mers的结构偏好 | 第32-33页 |
| ·蛋白质二级结构和mRNA二级结构 | 第33页 |
| ·TUKEY检验 | 第33-34页 |
| 3 理论结果和讨论 | 第34-46页 |
| ·密码子tRNA拷贝数对蛋白质二级结构的偏好 | 第34-36页 |
| ·TCN强偏好模式 | 第36-39页 |
| ·密码子TCN和蛋白质二级结构偏好的统计检验 | 第39-40页 |
| ·结构偏好与翻译效率和精度的相关性模型 | 第40-43页 |
| ·R因子和stem／loop含量的相关性 | 第43-46页 |
| 4 小结 | 第46-48页 |
| 第四章 从mRNA能量的角度研究序列和结构的关系 | 第48-67页 |
| 1 引言 | 第48-49页 |
| 2 材料和方法 | 第49-52页 |
| ·数据库使用 | 第49页 |
| ·mRNA折叠能和二级结构 | 第49页 |
| ·同义密码子使用偏好 | 第49页 |
| ·Z-score值的计算 | 第49-50页 |
| ·随机序列 | 第50-52页 |
| 3 结果和讨论 | 第52-66页 |
| ·随机情况下能量Z_(en)的分布 | 第52-53页 |
| ·折叠自由能和Z_(en)对长度的依赖 | 第53-54页 |
| ·在Human和E.coli中自然序列的Z_(en)分布 | 第54-55页 |
| ·能量Z_(en)与Z_(SL)和Z_(GC)的比较 | 第55-56页 |
| ·E.coli中Z_(en)和CAI的相关性 | 第56-57页 |
| ·在不同随机比例下Z_(en)值 | 第57页 |
| ·随机结果检验 | 第57-58页 |
| ·几种随机方法的比较 | 第58-60页 |
| ·序列信息分析 | 第60-62页 |
| ·蛋白质规则二级结构和自然序列Z_(en)的相关性 | 第62-66页 |
| 4 小结 | 第66-67页 |
| 参考文献 | 第67-74页 |
| 英文摘要 | 第74-77页 |
| 附录 | 第77-82页 |
| 致谢 | 第82页 |
