| 中文摘要 | 第1-8页 |
| 英文摘要 | 第8-15页 |
| 第一部分:液体核磁共振及生物光谱学方法研究hUBF HMG BOX-5蛋白质体外折叠,稳定性,及热力学中间态系综 | 第15-114页 |
| 第一章 离体条件下,蛋白质稳定性和折叠研究综述 | 第15-31页 |
| ·绪论 | 第15-17页 |
| ·蛋白质稳定性理论及蛋白质折叠的传统理论模型 | 第17-21页 |
| ·蛋白质的稳定性理论 | 第17-19页 |
| ·蛋白质折叠的传统理论模型 | 第19-20页 |
| ·蛋白质折叠的两态和多态模型 | 第20-21页 |
| ·蛋白质折叠中的各种状态及蛋白质折叠机理研究的新观点 | 第21-24页 |
| ·蛋白质折叠的起始点--蛋白质变性态可能依然有残留结构存在 | 第21-22页 |
| ·蛋白质折叠的中间态--中间态中的类天然和非天然相互作用共存 | 第22页 |
| ·蛋白质折叠机理研究的新观点 | 第22-24页 |
| ·超快速的downhill蛋白质折叠 | 第24页 |
| ·蛋白质稳定性,折叠和功能的关系 | 第24-27页 |
| 参考文献 | 第27-31页 |
| 第二章 研究方法综述 | 第31-67页 |
| ·量热法(DSC)简介 | 第31-37页 |
| ·DSC的理论基础 | 第31-33页 |
| ·VP-DSC实验的工作原理 | 第33-34页 |
| ·US-DSC实验获得的信息 | 第34-37页 |
| ·生物光谱学方法 | 第37-39页 |
| ·圆二色光谱及CCA去卷积分析算法 | 第37-38页 |
| ·稳态荧光 | 第38-39页 |
| ·紫外、傅立叶变换红外、旋光色散、和喇曼光谱 | 第39页 |
| ·流体动力学 | 第39页 |
| ·折叠中间体的研究方法和技术手段 | 第39-42页 |
| ·NMR方法研究平衡条件下蛋白质的非天然态 | 第42-49页 |
| ·简介 | 第42-43页 |
| ·NMR参数 | 第43-49页 |
| ·NMR方法探测生物大分子的动力学特性 | 第49-62页 |
| ·简介 | 第49-52页 |
| ·Model-Free方法 | 第52-54页 |
| ·谱密度函数作图分析法(Spectral density mapping) | 第54-55页 |
| ·谱密度函数J(ω)的理论特征 | 第55-59页 |
| ·对于明显各向异性体系的驰豫动力学数据分析 | 第59-60页 |
| ·由NMR驰豫动力学数据计算氨基酸残基分辨率的构象熵 | 第60-62页 |
| 参考文献 | 第62-67页 |
| 第三章 Box-5蛋白质稳定性和折叠的研究内容及其实验结果讨论 | 第67-114页 |
| ·简介 | 第67-70页 |
| ·实验材料 | 第70-71页 |
| ·实验方法 | 第71-78页 |
| ·Box-5蛋白质样品制备 | 第71-75页 |
| ·DSC实验 | 第75页 |
| ·CD实验 | 第75-76页 |
| ·稳态荧光实验 | 第76页 |
| ·CCA去卷积算法分析 | 第76-77页 |
| ·CD和荧光实验数据的处理和热力学参数拟合 | 第77-78页 |
| ·NMR波谱实验 | 第78-82页 |
| ·NMR常规实验的记录和数据处理 | 第78-79页 |
| ·PRE实验的样品制备和谱图处理 | 第79-80页 |
| ·~(15)N驰豫实验记录 | 第80页 |
| ·~(15)N驰豫数据处理 | 第80页 |
| ·约化谱密度函数作图法分析主链~(15)N驰豫数据 | 第80-81页 |
| ·Overall tumbling和internal motion相关时间的拟合 | 第81页 |
| ·NMR驰豫动力学数据计算Box-5蛋白质状态变化引起的主链构象熵变 | 第81-82页 |
| ·快速停流装置(Stopped-flow)研究Box-5蛋白质折叠的动力学(Kinetics) | 第82页 |
| ·Box-5蛋白质中间态系综的分子动力学模拟 | 第82-84页 |
| ·实验结果 | 第84-104页 |
| ·DSC实验证明了Box-5蛋白质可逆的两步温度诱导去折叠过程 | 第84页 |
| ·CD实验证明了Box-5蛋白质热转变过程中不同结构的非协同转变 | 第84-86页 |
| ·去卷积分析和三态模型拟合进一步证实了在55℃附近存在热力学中间态 | 第86-88页 |
| ·Box-5蛋白质热变性过程的荧光光谱分析 | 第88-90页 |
| ·核磁共振波谱法分析Box-5蛋白质部分折叠中间态的构象和动力学 | 第90页 |
| ·Box-5蛋白质热力学中间态构象的NMR谱峰认证 | 第90-92页 |
| ·不同蛋白质浓度下的横向驰豫时间T_2的比较确定了没有聚合效应发生 | 第92页 |
| ·Box-5蛋白质中间态系综的CSI分析和NOE特征分析 | 第92-95页 |
| ·Box-5蛋白质天然态和中间态的主链动力学分析 | 第95-96页 |
| ·Box-5蛋白质天然态和中间态主链驰豫数据的谱密度函数分析 | 第96-98页 |
| ·Box-5蛋白质天然态和中间态构象动力学比较 | 第98-100页 |
| ·Box-5蛋白质天然态到中间态构象转变过程的主链构象熵变 | 第100-101页 |
| ·顺磁驰豫实验比较Box-5蛋白质天然态和中间态的构象区别 | 第101-102页 |
| ·Box-5蛋白质的实时折叠mT-jump实验和Stopped-Flow实验 | 第102-104页 |
| ·实验结果的讨论 | 第104-110页 |
| ·Box-5蛋白质的热稳定性及其对去折叠过程的暗示 | 第105-106页 |
| ·Box-5蛋白质与其它BOX家族蛋白质的热稳定性和折叠研究比较 | 第106-107页 |
| ·Box-5蛋白质中间态系综的构象和动力学特征讨论 | 第107-108页 |
| ·本论文实验结果对Box-5蛋白质折叠模型的暗示 | 第108-110页 |
| 参考文献 | 第110-114页 |
| 第二部分 人源Sox-4蛋白质的HMG结构域的基因克隆,表达纯化,NMR溶液结构以及其与14bp双链DNA特异性相互作用的研究 | 第114-138页 |
| 第四章 人源Sox-4蛋白质的HMG结构域和DNA相互作用的研究 | 第114-138页 |
| ·HMG box结构域简介 | 第114-115页 |
| ·Human Sox-4蛋白质简介 | 第115-118页 |
| ·人类Sox-4 HMG结构域的克隆、表达、纯化及核磁共振研究 | 第118-125页 |
| ·目标蛋白的序列、边界和引物 | 第118-119页 |
| ·Sox-4 HMG结构域的表达和纯化 | 第119-120页 |
| ·纯化后蛋白质性质鉴定及14bp双链DNA的纯化 | 第120-121页 |
| ·Sox-4 HMG结构域的NMR谱峰认证和溶液结构测定 | 第121-125页 |
| ·Sox-4 HMG蛋白质与DNA相互作用的实验结果与讨论 | 第125-137页 |
| ·实验目的 | 第125页 |
| ·凝胶迁移率变动实验 | 第125-127页 |
| ·ITC实验 | 第127-129页 |
| ·NMR化学位移扰动实验 | 第129-132页 |
| ·NMR主链驰豫实验研究Sox-4与DNA相互作用过程的动力学变化 | 第132-137页 |
| 参考文献 | 第137-138页 |
| 致谢 | 第138-139页 |
| 在读期间发表的学术论文与取得的研究成果 | 第139页 |
