| 中文部分 | 第1-105页 |
| 摘要 | 第3-4页 |
| ABSTRACT | 第4-10页 |
| 缩略语 | 第10-11页 |
| 1 引言 | 第11-21页 |
| ·同源异型盒 | 第11-13页 |
| ·MADS | 第13-14页 |
| ·SBP-box | 第14-15页 |
| ·对成熟突变体的研究表明MADS 和SBP 参与成熟过程 | 第15-17页 |
| ·葡萄 | 第17-18页 |
| ·辣椒 | 第18-19页 |
| ·研究目标 | 第19-21页 |
| 2 使用美国基因组研究所（TIGR）番茄基因索引中的信息对果实成熟进行比较分析 | 第21-30页 |
| ·摘要 | 第21页 |
| ·引言 | 第21-22页 |
| ·材料与方法 | 第22-23页 |
| ·数据集采集与数据分析 | 第22页 |
| ·实验方法 | 第22-23页 |
| ·结果 | 第23-28页 |
| ·讨论 | 第28-30页 |
| 3 葡萄中同源异型盒基因的基因组调查 | 第30-48页 |
| ·摘要 | 第30页 |
| ·引言 | 第30-31页 |
| ·材料与方法 | 第31-33页 |
| ·对同源异型盒基因的数据库检索 | 第31页 |
| ·序列分析 | 第31-32页 |
| ·同源异型盒基因的表达分析 | 第32页 |
| ·拟南芥和葡萄同源异型盒蛋白质网络的构建 | 第32-33页 |
| ·结果 | 第33-44页 |
| ·葡萄中同源异型盒基因的鉴定 | 第33-34页 |
| ·VvHB 基因的基因结构 | 第34-38页 |
| ·保守基序的分布 | 第38-39页 |
| ·VvHB 基因的染色体分布 | 第39-40页 |
| ·葡萄中VvHB 基因的表达分析 | 第40-41页 |
| ·对拟南芥、番茄和葡萄中VvHB 家族的系统发生分析 | 第41-43页 |
| ·葡萄同源异型盒蛋白间的可能相互作用 | 第43-44页 |
| ·讨论 | 第44-48页 |
| ·葡萄同源异型盒基因家族的注释 | 第44-45页 |
| ·葡萄HD-ZIP 基因 | 第45页 |
| ·葡萄中其它同源异型盒基因组 | 第45-46页 |
| ·VvHB 基因的差异表达模式和功能趋异 | 第46页 |
| ·同源异型盒基因和葡萄果实发育 | 第46-47页 |
| ·同源异型盒蛋白中的蛋白相互作用 | 第47-48页 |
| 4 葡萄中的MADS-BOX 基因家族 | 第48-65页 |
| ·摘要 | 第48页 |
| ·引言 | 第48-50页 |
| ·材料与方法 | 第50-51页 |
| ·对MADS-BOX 基因的数据库检索 | 第50页 |
| ·序列分析 | 第50页 |
| ·MADS-BOX 基因的表达分析 | 第50-51页 |
| ·拟南芥和葡萄MADS-BOX 蛋白质网络的构建 | 第51页 |
| ·结果 | 第51-62页 |
| ·葡萄MADS-BOX 基因的鉴定和染色体分布 | 第51-52页 |
| ·拟南芥和葡萄中MADS-BOX 家族的系统发生分析 | 第52-54页 |
| ·葡萄MADS-BOX 蛋白的基序组成 | 第54-56页 |
| ·葡萄中MADS-BOX 基因的表达分析 | 第56-59页 |
| ·葡萄MADS-BOX 蛋白间的可能相互作用 | 第59-60页 |
| ·葡萄和番茄MADS-BOX 基因的比较分析 | 第60-62页 |
| ·讨论 | 第62-65页 |
| 5 葡萄中SBP-BOX 基因家族的基因组范围鉴定、系统发生和表达分析 | 第65-76页 |
| ·摘要 | 第65页 |
| ·引言 | 第65-66页 |
| ·材料与方法 | 第66-67页 |
| ·对SBP-BOX 基因的数据库检索 | 第66页 |
| ·序列分析 | 第66-67页 |
| ·SBP-BOX 基因的表达分析 | 第67页 |
| ·结果 | 第67-74页 |
| ·VvSBP 基因的蛋白结构域分析 | 第67-68页 |
| ·葡萄SBP-BOX 基因的系统发生和序列分析 | 第68-70页 |
| ·拟南芥和葡萄中SBP-BOX 家族的系统发生分析 | 第70-71页 |
| ·葡萄中SBP-BOX 基因的表达分析 | 第71-73页 |
| ·葡萄和番茄SBP-BOX 基因的比较分析 | 第73-74页 |
| ·讨论 | 第74-76页 |
| 6 辣椒（capsicum annuum）果实中两个转录因子的鉴定 | 第76-90页 |
| ·摘要 | 第76页 |
| ·引言 | 第76-77页 |
| ·材料与方法 | 第77-80页 |
| ·引物 | 第77页 |
| ·RNA 的提取和cDNA 的合成 | 第77-78页 |
| ·CaRIN 基因的3’RACE | 第78页 |
| ·PVX/CaSPL::GFP 表达载体的构建 | 第78-80页 |
| ·PVX/CaSPL::GFP 表达载体侵染辣椒 | 第80页 |
| ·结果与讨论 | 第80-88页 |
| ·CaRIN 和CaSPL 全长cDNA 的克隆和鉴定 | 第80-81页 |
| ·CaRIN 和CaSPL 的系统发生分析 | 第81-83页 |
| ·Ka/Ks 分析 | 第83-84页 |
| ·DNA 结合位点预测和分析 | 第84-85页 |
| ·裂殖酵母（S. pombe）中融合蛋白的表达和纯化 | 第85-86页 |
| ·EMSA 分析 | 第86-87页 |
| ·CaRIN 和CaSPL 的器官特异表达 | 第87页 |
| ·辣椒果实成熟中CaRIN 和CaSPL 的表达分析 | 第87-88页 |
| ·今后的工作 | 第88-90页 |
| 致谢 | 第90-91页 |
| 参考文献 | 第91-104页 |
| 附录 | 第104-105页 |
| 英文部分 | 第105-230页 |
| 摘要 | 第107-108页 |
| ABSTRACT | 第108-110页 |
| ABBREVIATIONS | 第110-115页 |
| 中文概要 | 第115-121页 |
| CHAPTER ONE INTRODUCTION | 第121-133页 |
| ·Homeobox | 第122-124页 |
| ·MADS | 第124-125页 |
| ·SBP-box | 第125-126页 |
| ·MADS and SBP are involved in ripening by ripening mutants | 第126-128页 |
| ·Grapevine | 第128-130页 |
| ·Pepper | 第130-131页 |
| ·Goals for the research | 第131-133页 |
| CHAPTER TWO COMPARATIVE ANALYSES OF FRUIT RIPENING BY USING INFORMATION IN THE TIGR TOMATO GENE INDEX | 第133-144页 |
| ·Abstract | 第133页 |
| ·Introduction | 第133-134页 |
| ·Materials and Methods | 第134-135页 |
| ·Datasets acquisition and data analyses | 第134-135页 |
| ·Experiment method | 第135页 |
| ·Results | 第135-142页 |
| ·Discussion | 第142-144页 |
| CHAPTER THREE GENOMIC SURVEY OF HOMEOBOX GENES IN THE GRAPEVINE | 第144-166页 |
| ·Abstract | 第144页 |
| ·Introduction | 第144-146页 |
| ·Materials and methods | 第146-148页 |
| ·Database search for homeobox genes | 第146页 |
| ·Sequence analysis | 第146-147页 |
| ·Expression analysis of homeobox genes | 第147页 |
| ·Construction of Arabidopsis and grape homeobox protein network | 第147-148页 |
| ·Results | 第148-161页 |
| ·Identification of homeobox genes in the grapevine | 第148-152页 |
| ·Gene structure of VvHB Genes | 第152-153页 |
| ·Distribution of conserved motifs | 第153-154页 |
| ·Chromosomal distribution of VvHB genes | 第154-156页 |
| ·Expression analysis of VvHB genes in grapevine | 第156-157页 |
| ·Phylogenetic analysis of the VvHB family in Arabidopsis, tomato and grapevine | 第157-160页 |
| ·Putative interaction of grapevine homeobox proteins | 第160-161页 |
| ·Discussion | 第161-166页 |
| ·Annotation of the grapevine homeobox gene family | 第161页 |
| ·Grapevine HD-ZIP genes | 第161-162页 |
| ·Other homeobox gene groups in the grapevine | 第162-163页 |
| ·Differential expression patterns and functional divergence of VvHB Genes | 第163页 |
| ·Homeobox genes and grapevine fruit development | 第163-164页 |
| ·The protein interactions in homeobox proteins | 第164-166页 |
| CHAPTER FOUR MADS-BOX GENE FAMILY IN GRAPE | 第166-185页 |
| ·Abstract | 第166页 |
| ·Introduction | 第166-168页 |
| ·Methods and materials | 第168-170页 |
| ·Database Search for grape MADS-box Transcription Factors | 第168页 |
| ·Sequence analysis | 第168-169页 |
| ·Expression analysis of MADS-box genes | 第169页 |
| ·Construction of Arabidopsis and grape MADS-box protein network | 第169页 |
| ·Interolog analysis | 第169-170页 |
| ·Results | 第170-182页 |
| ·Identification and chromosomal distribution of grape MADS-box genes | 第170页 |
| ·Phylogenetic analysis of the MADS-box family in Arabidopsis and grape | 第170-173页 |
| ·Motif composition in grape MADS-box protein | 第173-174页 |
| ·Expression analysis of MADS-box genes in grape | 第174-178页 |
| ·Putative interaction of grape MADS-box proteins | 第178-179页 |
| ·Comparative analyses of grape and tomato MADS-box genes | 第179-182页 |
| ·Discussion | 第182-185页 |
| CHAPTER FIVE GENOME-WIDE IDENTIFICATION, PHYLOGENY AND EXPRESSION ANALYSIS OF THE SBP-BOX GENE FAMILY IN GRAPE | 第185-198页 |
| ·Abstract | 第185页 |
| ·Introduction | 第185-187页 |
| ·Materials and methods | 第187-188页 |
| ·Database Search for SBP-box TFs | 第187页 |
| ·Sequence and phylogenetic analysis | 第187页 |
| ·Expression analysis of SBP-box genes | 第187-188页 |
| ·Results | 第188-195页 |
| ·Protein domain analysis of VvSBP genes | 第188-189页 |
| ·Phylogeny and sequence analysis of grape SBP-box genes | 第189-191页 |
| ·Phylogenetic analysis of the SBP-box family in Arabidopsis and grape | 第191-192页 |
| ·Expression analysis of SBP-box genes in grape | 第192-194页 |
| ·Comparative analyses of grape and tomato SBP-box genes | 第194-195页 |
| ·Discussion | 第195-198页 |
| CHAPTER SIX CHARACTERIZATION OF TWO TRANSCRIPTION FACTORS FROM PEPPER (CAPSICUM ANNUUM) FRUIT | 第198-213页 |
| ·Abstract | 第198页 |
| ·Introduction | 第198-199页 |
| ·Materials and Methods | 第199-204页 |
| ·Primers | 第199-200页 |
| ·RNA extraction and cDNA synthesis | 第200页 |
| ·3' RACE of CaRIN | 第200页 |
| ·Full-length cDNA amplification of CaRIN | 第200-201页 |
| ·Cloning of CaSPL cDNA | 第201页 |
| ·Multiple amino acid sequence alignment, phylogenetic analysis and Ka/Ks calculations | 第201页 |
| ·Prediction and analysis of DNA-binding sites | 第201页 |
| ·Construction of expression plasmids | 第201-202页 |
| ·Expression of the fusion proteins | 第202页 |
| ·Cell lysis and protein extraction | 第202页 |
| ·Purification of fusion proteins | 第202-203页 |
| ·Electrophoretic mobility shift assay | 第203页 |
| ·Expression analysis of CaRIN and CaSPL in pepper | 第203页 |
| ·Virus-induced gene silencing assay | 第203-204页 |
| ·Results and Discussion | 第204-211页 |
| ·Cloning and characterization of the full-length cDNA of CaRIN and CaSPL | 第204-205页 |
| ·Phylogenetic analysis of CaRIN and CaSPL | 第205-207页 |
| ·Ka/Ks analysis | 第207-208页 |
| ·DNA-binding site prediction and analysis | 第208-209页 |
| ·Expression and purification of the fusion protein in S. pombe | 第209页 |
| ·EMSA analysis | 第209-210页 |
| ·Organ-specific expression of CaRIN and CaSPL | 第210-211页 |
| ·Expression analysis of CaRIN and CaSPL in pepper fruit ripening | 第211页 |
| ·Further work | 第211-213页 |
| CONCLUSION AND FURTHER WORK | 第213-215页 |
| Conclusion | 第213-214页 |
| Further work | 第214-215页 |
| ACKNOWLEDGMENTS | 第215-216页 |
| REFERENCES | 第216-229页 |
| APPENDIX SUPPLEMENTARY DATA | 第229-230页 |
| 附录 | 第230页 |
