| 摘要 | 第1-7页 |
| ABSTRACT | 第7-14页 |
| 第一章 前言 | 第14-26页 |
| ·鞘氨醇单胞菌的系统分类 | 第14-16页 |
| ·鞘氨醇单胞菌代谢多样性 | 第16页 |
| ·微生物多糖 | 第16页 |
| ·降解环境污染物 | 第16页 |
| ·鞘氨醇单胞菌降解基因的组织形式 | 第16-17页 |
| ·代谢质粒、质粒穿梭及插入序列的多样性 | 第17-19页 |
| ·咔唑的微生物降解 | 第19-25页 |
| ·上游途径 | 第19-21页 |
| ·下游途径 | 第21-22页 |
| ·咔唑降解基因簇 | 第22-24页 |
| ·咔唑降解基因的调控 | 第24-25页 |
| ·本课题的研究意义 | 第25-26页 |
| 第二章 一株咔唑降解菌XLDN2-5 的分类鉴定 | 第26-32页 |
| ·材料与方法 | 第26-27页 |
| ·主要仪器和试剂 | 第26-27页 |
| ·菌株鉴定 | 第27页 |
| ·结果与讨论 | 第27-31页 |
| ·表型分析 | 第27-28页 |
| ·脂肪酸分析 | 第28-29页 |
| ·生理生化分析 | 第29-30页 |
| ·进化树构建 | 第30-31页 |
| ·本章小结 | 第31-32页 |
| 第三章 鞘氨醇杆菌XLDN2-5 代谢咔唑及苯并噻吩类化合物产物及途径分析 | 第32-48页 |
| ·材料与方法 | 第32-35页 |
| ·主要仪器和试剂 | 第32-33页 |
| ·XLDN2-5 代谢咔唑和苯并噻吩类化合物产物分析 | 第33-34页 |
| ·分析方法 | 第34-35页 |
| ·结果与讨论 | 第35-46页 |
| ·咔唑降解产物分析 | 第35-37页 |
| ·苯并噻吩类化合物产物分析 | 第37-46页 |
| ·本章小结 | 第46-48页 |
| 第四章 咔唑降解基因的克隆及功能验证 | 第48-72页 |
| ·材料与方法 | 第48-56页 |
| ·主要仪器和试剂 | 第48-53页 |
| ·XLDN2-5 基因组文库构建 | 第53页 |
| ·DIG 探针标记 | 第53页 |
| ·菌落杂交 | 第53-54页 |
| ·杂交 | 第54-55页 |
| ·染色体步移 | 第55页 |
| ·基于IS6100 的PCR | 第55页 |
| ·RT-PCR | 第55-56页 |
| ·结果与讨论 | 第56-68页 |
| ·菌落杂交结果 | 第56页 |
| ·染色体步移 | 第56-57页 |
| ·基于插入序列的PCR | 第57-59页 |
| ·car 和ant 基因簇以及fdr 基因位置关系的确定 | 第59-60页 |
| ·咔唑的上游降解基因簇分散在插入序列组成的复合转座子上 | 第60-65页 |
| ·car 和ant 基因簇的RT-PCR 转录数据分析 | 第65页 |
| ·验证含有XLDN2-5 咔唑双加氧酶和邻氨基苯甲酸序列的转化子活性 | 第65-66页 |
| ·产物鉴定 | 第66-67页 |
| ·XLDN2-5 与已报道的car 和ant 基因簇的对比 | 第67-68页 |
| ·本章小结 | 第68-72页 |
| 第五章 新的邻苯二酚降解基因簇的克隆及分析 | 第72-96页 |
| ·材料与方法 | 第74-79页 |
| ·菌株和质粒 | 第74页 |
| ·基因组文库构建和筛选 | 第74页 |
| ·生物信息学分析 | 第74-79页 |
| ·RT-PCR | 第79页 |
| ·启动子预测 | 第79页 |
| ·结果与讨论 | 第79-93页 |
| ·基因组文库的筛选和序列分析 | 第79-83页 |
| ·RT-PCR | 第83页 |
| ·carD 和carE 基因的功能分析 | 第83-85页 |
| ·CarF, CarL, CarC: 三个催化底物或功能相近的蛋白 | 第85-87页 |
| ·基因carG 和carH：重复基因的一个例子 | 第87-90页 |
| ·CarJ 和CarK 蛋白的共表达 | 第90-91页 |
| ·CarM：一个新的醛缩酶 | 第91-92页 |
| ·CarY 和CarX:两个假定的信号蛋白 | 第92-93页 |
| ·新的邻苯二酚间位裂解途径基因组织形式 | 第93页 |
| ·本章小结 | 第93-96页 |
| 第六章 咔唑降解基因的稳定性分析及有角度双加氧酶电子传递链的可替代性研究 | 第96-106页 |
| ·材料与方法 | 第96-99页 |
| ·咔唑降解突变株的获得及咔唑降解基因丢失情况考察 | 第96页 |
| ·分子克隆 | 第96页 |
| ·重组PCR | 第96-99页 |
| ·结果与讨论 | 第99-105页 |
| ·咔唑降解突变株的筛选及检测 | 第99-100页 |
| ·重组PCR | 第100-105页 |
| ·本章小结 | 第105-106页 |
| 第七章 鞘氨醇杆菌XLDN2-5 的全基因组测序及组学分析 | 第106-132页 |
| ·材料与方法 | 第106-109页 |
| ·测序方法 | 第106页 |
| ·基因组拼接 | 第106-107页 |
| ·蛋白质组分析 | 第107-108页 |
| ·蛋白组聚类分析 | 第108-109页 |
| ·结果与讨论 | 第109-130页 |
| ·454 拼接结果 | 第109页 |
| ·覆盖倍数的确定 | 第109-110页 |
| ·插入片段长度的确定 | 第110-111页 |
| ·菌株XLDN2-5 与四株已经测序的鞘氨醇单胞菌的比对分析 | 第111-112页 |
| ·菌株XLDN2-5 基因组拼接结果 | 第112-119页 |
| ·XLDN2-5 基因组中苯甲酸降解基因分析 | 第119页 |
| ·XLDN2-5 基因组中类胡萝卜素合成基因分析 | 第119-121页 |
| ·蛋白质组分析结果 | 第121-130页 |
| ·本章小结 | 第130-132页 |
| 结束语 | 第132-136页 |
| 参考文献 | 第136-150页 |
| 附录 | 第150-162页 |
| 攻读博士期间论文发表及专利申请情况 | 第162-164页 |
| 致谢 | 第164页 |
