| 摘要 | 第1-12页 |
| Abstract | 第12-14页 |
| 1 前言 | 第14-42页 |
| ·微生物生态学概论 | 第14-18页 |
| ·微生物生态学发展简史 | 第15-16页 |
| ·微生物多样性 | 第16-18页 |
| ·土壤微生物的物种多样性 | 第17页 |
| ·土壤微生物的遗传多样性 | 第17-18页 |
| ·土壤微生物的结构多样性 | 第18页 |
| ·土壤微生物的功能多样性 | 第18页 |
| ·微生物多样性的研究方法 | 第18-31页 |
| ·传统方法 | 第18-20页 |
| ·传统的微生物纯培养方法 | 第18-19页 |
| ·BIOLOG 微平板方法 | 第19页 |
| ·磷脂脂肪酸方法 | 第19-20页 |
| ·分子生物学方法 | 第20-31页 |
| ·微生物系统发育多样性研究的基本策略 | 第20-21页 |
| ·16SrDNA 的结构及性质 | 第21-23页 |
| ·从环境样品中提取核酸 | 第23页 |
| ·总基因组DNA 分析 | 第23-24页 |
| ·聚合酶链式反应(PCR) | 第24页 |
| ·基于PCR 技术的研究方法 | 第24-31页 |
| ·根际微生物研究进展 | 第31-39页 |
| ·根际的定义 | 第31-32页 |
| ·植物-微生物相互作用 | 第32-34页 |
| ·根际微生物对植物的影响 | 第34-38页 |
| ·对植物的致病作用 | 第34-35页 |
| ·对植物的促生作用 | 第35-38页 |
| ·棉花根际微生物的研究进展 | 第38-39页 |
| ·本研究的立题背景和研究意义 | 第39-40页 |
| ·研究内容、技术路线及方法 | 第40-42页 |
| ·研究内容 | 第40页 |
| ·技术路线 | 第40-42页 |
| ·研究方法 | 第42页 |
| 2 材料与方法 | 第42-55页 |
| ·实验材料 | 第42-46页 |
| ·样品 | 第42页 |
| ·仪器和设备 | 第42-43页 |
| ·菌株和载体 | 第43页 |
| ·PCR 引物 | 第43-44页 |
| ·分析软件 | 第44页 |
| ·生化试剂 | 第44-45页 |
| ·主要溶液的配置 | 第45-46页 |
| ·实验方法 | 第46-55页 |
| ·样品的采集 | 第46-47页 |
| ·根际土壤DNA 的提取 | 第47页 |
| ·根际土壤宏基因组DNA 的检测和纯化 | 第47-48页 |
| ·T-RFLP 分析 | 第48-49页 |
| ·用于T-RFLP 的PCR | 第48页 |
| ·PCR 产物的纯化 | 第48-49页 |
| ·PCR 产物的限制性内切酶酶切 | 第49页 |
| ·酶切产物的基因扫描 | 第49页 |
| ·16SrDNA 文库的构建与分析 | 第49-53页 |
| ·用于16SrDNA 文库的PCR | 第49页 |
| ·PCR 产物的纯化 | 第49-50页 |
| ·连接反应 | 第50页 |
| ·感受态细胞E. coli DH5α的制备 | 第50页 |
| ·转化 | 第50页 |
| ·阳性克隆的检测 | 第50-51页 |
| ·16SrDNA 文库的构建 | 第51页 |
| ·16SrDNA 克隆文库的RFLP 分析 | 第51-52页 |
| ·DNA 序列测定 | 第52页 |
| ·16SrDNA 的系统发育分析 | 第52-53页 |
| ·核苷酸序列登录号 | 第53页 |
| ·DGGE 分析 | 第53-55页 |
| ·用于DGGE 的PCR 扩增 | 第53-54页 |
| ·DGGE 电泳分析 | 第54页 |
| ·DGGE 条带的切割和DNA 回收测序 | 第54页 |
| ·PCR 产物切胶回收 | 第54-55页 |
| ·回收DGGE 条带测序 | 第55页 |
| ·核苷酸序列登录号 | 第55页 |
| 3 结果与分析 | 第55-81页 |
| ·根际土壤总DNA 提取 | 第55-56页 |
| ·细菌T-RFLP 分析 | 第56-62页 |
| ·用于 T-RFLP 的细菌 16S rDNA 扩增 | 第56-57页 |
| ·Bst UⅠ酶切得到的T-RF 图谱 | 第57-58页 |
| ·根际细菌种群结构变化分析 | 第58-60页 |
| ·健康棉花不同生育期根际细菌群落比较 | 第59页 |
| ·生病棉花不同生育期根际细菌群落比较 | 第59-60页 |
| ·同一生育期健康和生病棉花根际细菌群落比较 | 第60页 |
| ·根际细菌种群的多样性比较 | 第60-62页 |
| ·细菌16SrDNA 多样性及其系统发育分析 | 第62-74页 |
| ·细菌16SrDNA 序列扩增 | 第62-63页 |
| ·细菌16SrDNA 克隆文库构建 | 第63-64页 |
| ·细菌16SrDNA 扩增片段的限制性酶切分析 | 第64-65页 |
| ·根际土壤中细菌多样性及系统发育分析 | 第65-74页 |
| ·每个根际土壤细菌群落的构成 | 第65-67页 |
| ·序列分析的结果 | 第67-73页 |
| ·根际土壤的多样性比较 | 第73-74页 |
| ·根际土壤细菌群落的DGGE 分析 | 第74-80页 |
| ·用于DGGE 的PCR 扩增 | 第74-75页 |
| ·根际土壤中细菌 16S rDNA 多态性分析 | 第75-76页 |
| ·棉花不同生育期根际土壤的聚类分析 | 第76-77页 |
| ·DGGE 条带的序列分析 | 第77-80页 |
| ·根际土壤中细菌的多样性分析 | 第80页 |
| ·不同分子生物学方法对棉花根际土壤细菌多样性分析的比较 | 第80-81页 |
| 4 讨论 | 第81-89页 |
| ·T-RFLP 分析 | 第81-83页 |
| ·16SrDNA 克隆文库的分析 | 第83-88页 |
| ·DGGE 分析 | 第88-89页 |
| ·三种分子生物学方法之间的比较 | 第89页 |
| 5 结论 | 第89-90页 |
| 6 尚待完成的工作 | 第90-91页 |
| 参考文献 | 第91-106页 |
| 附录 | 第106-121页 |
| 致谢 | 第121-122页 |
| 攻读学位期间发表论文情况 | 第122页 |