蛋白质/多肽在碳纳米管中输运行为的分子动力学研究
| 摘要 | 第1-7页 |
| Abstract | 第7-13页 |
| 第一章 研究背景与文献综述 | 第13-46页 |
| ·引言 | 第13-16页 |
| ·碳纳米管简介 | 第16-19页 |
| ·碳纳米管的结构 | 第16-18页 |
| ·碳纳米管的性质 | 第18-19页 |
| ·碳纳米管的修饰及应用 | 第19-24页 |
| ·碳纳米管的共价修饰 | 第19-20页 |
| ·碳纳米管的非共价修饰 | 第20-24页 |
| ·碳纳米管在生物分子输运领域的应用 | 第24-26页 |
| ·药物小分子的输运 | 第24-25页 |
| ·生物大分子的输运 | 第25-26页 |
| ·碳纳米管在生物传感器领域的应用 | 第26-30页 |
| ·酶传感器 | 第26-28页 |
| ·免疫传感器 | 第28-29页 |
| ·DNA生物传感器 | 第29-30页 |
| ·选题意义和本论文工作 | 第30-34页 |
| ·选题意义 | 第30-32页 |
| ·本论文工作 | 第32-34页 |
| 参考文献 | 第34-46页 |
| 第二章 分子动力学模拟方法 | 第46-79页 |
| ·分子模拟简介 | 第46-48页 |
| ·分子动力学模拟算法 | 第48-59页 |
| ·基本原理 | 第48-49页 |
| ·运动方程求解 | 第49-52页 |
| ·周期性边界条件 | 第52-53页 |
| ·统计系综 | 第53-55页 |
| ·温度和压力控制 | 第55-57页 |
| ·能量最小化 | 第57-58页 |
| ·分子动力学模拟基本流程 | 第58-59页 |
| ·势函数 | 第59-64页 |
| ·成键相互作用能 | 第59-61页 |
| ·非键相互作用能 | 第61-62页 |
| ·常见力场 | 第62-64页 |
| ·操控式分子动力学(SMD)模拟 | 第64-67页 |
| ·SMD模拟简介 | 第64-65页 |
| ·SMD模拟原理 | 第65-67页 |
| ·自由能计算方法 | 第67-73页 |
| ·自由能计算 | 第68-69页 |
| ·自由能微扰 | 第69-70页 |
| ·热力学积分 | 第70页 |
| ·伞形取样 | 第70-71页 |
| ·非平衡态做功 | 第71-73页 |
| 参考文献 | 第73-79页 |
| 第三章 类胶原多肽在碳纳米管内输运的动力学机理 | 第79-98页 |
| ·引言 | 第79-80页 |
| ·模拟方法与模型 | 第80-83页 |
| ·模型构建 | 第80-81页 |
| ·模拟细节 | 第81-83页 |
| ·多肽GPH自发进入CNT的MD模拟 | 第83-84页 |
| ·通过SMD模拟进行的机理研究 | 第84-92页 |
| ·封装过程中的有利因素 | 第85-87页 |
| ·封装过程中的不利因素 | 第87-92页 |
| ·本章小结 | 第92-93页 |
| 参考文献 | 第93-98页 |
| 第四章 金属硫蛋白在碳纳米管内的封装 | 第98-121页 |
| ·引言 | 第98-99页 |
| ·模拟方法与模型 | 第99-102页 |
| ·蛋白质自发进入碳纳米管的过程 | 第102-104页 |
| ·自由能分析 | 第104-107页 |
| ·蛋白质在受限条件下的构象变化 | 第107-114页 |
| ·本章小结 | 第114-116页 |
| 参考文献 | 第116-121页 |
| 第五章 碳纳米管封装蛋白质的管径选择性 | 第121-145页 |
| ·引言 | 第121-122页 |
| ·模拟方法及模型 | 第122-125页 |
| ·体系构建 | 第122-123页 |
| ·模拟细节 | 第123-125页 |
| ·CNT管径对体系范德华作用和溶液氢键网络的影响 | 第125-128页 |
| ·CNT管径对多肽输运过程驱动力的影响 | 第125-126页 |
| ·CNT管径对多肽输运过程阻碍作用的影响 | 第126-128页 |
| ·CNT管径对体系能量贡献的影响 | 第128-138页 |
| ·CNT管径对蛋白质封装过程的影响 | 第128-134页 |
| ·不同CNT管径下体系自由能分析 | 第134-138页 |
| ·本章小结 | 第138-141页 |
| 参考文献 | 第141-145页 |
| 第六章 碳纳米管封装多肽分子的手性选择性 | 第145-165页 |
| ·引言 | 第145-146页 |
| ·模拟方法及模型 | 第146-148页 |
| ·体系构建 | 第146-147页 |
| ·模拟细节 | 第147-148页 |
| ·不同手性CNT封装多肽的过程 | 第148-153页 |
| ·多肽在受限条件下的构象变化 | 第153-156页 |
| ·溶剂的作用 | 第156-158页 |
| ·本章小结 | 第158-160页 |
| 参考文献 | 第160-165页 |
| 第七章 总结与展望 | 第165-169页 |
| ·工作小结 | 第165-167页 |
| ·展望 | 第167-169页 |
| 致谢 | 第169-170页 |
| 博士期间发表论文 | 第170-171页 |
