| 摘要 | 第1-8页 |
| Abstract | 第8-11页 |
| 缩写名词表 | 第11-12页 |
| 1 前言 | 第12-33页 |
| ·反转录转座形成嵌合基因是一种重要的新基因产生机制 | 第12-16页 |
| ·新基因产生后的命运及演化模型 | 第16-21页 |
| ·研究新基因演化模型的方法与手段 | 第21-31页 |
| ·分子演化学理论与方法 | 第21-29页 |
| ·自然选择理论与中性演化理论 | 第21-23页 |
| ·中性检验与替换模型 | 第23-25页 |
| ·最大似然法与CODEML | 第25-27页 |
| ·CODEML的参数 | 第27-29页 |
| ·分子演化学研究常用软件 | 第29-31页 |
| ·本研究的目的和意义 | 第31-33页 |
| 2 材料与方法 | 第33-53页 |
| ·反转录转座嵌合基因序列及序列分析 | 第33-41页 |
| ·使用的水稻物种及来源 | 第33页 |
| ·序列核对及引物设计 | 第33-37页 |
| ·基因组DNA提取、PCR反应及测序结果 | 第37-38页 |
| ·序列比对、重建系统发生树 | 第38-41页 |
| ·分支策略模型方法改进 | 第41-52页 |
| ·分支模型总量计算公式推导 | 第42-45页 |
| ·类似动态规划算法查找优化分支模型 | 第45-52页 |
| ·OBSM方法1 | 第46-48页 |
| ·OBSM方法2 | 第48页 |
| ·OBSM方法3 | 第48-52页 |
| ·利用OBSM方法查找反转录转座嵌合基因优化分支模型 | 第52-53页 |
| 3 结果与分析 | 第53-79页 |
| ·OBSM新方法评估 | 第53-63页 |
| ·基于全部计算的评估 | 第53-57页 |
| ·基于先验知识假设模型与基于OBSM方法优化模型的比较 | 第57-58页 |
| ·OBSM方法的应用实现 | 第58-63页 |
| ·反转录转座嵌合基因分子演化研究 | 第63-79页 |
| ·七个反转录转座嵌合基因对存在快速演化 | 第63-72页 |
| ·RCG1 | 第63-65页 |
| ·RCG2 | 第65-66页 |
| ·RCG3 | 第66-68页 |
| ·RCG4 | 第68-69页 |
| ·RCG5 | 第69-70页 |
| ·RCG6 | 第70-71页 |
| ·RCG7 | 第71-72页 |
| ·反转录转座嵌合基因对的演化模式 | 第72-74页 |
| ·Tajima'D检验 | 第74页 |
| ·RCG3基因可能具有抗病相关性 | 第74-77页 |
| ·RCG1基因是一个年轻基因 | 第77-79页 |
| 4 讨论 | 第79-90页 |
| ·OBSM新方法的探讨 | 第79-85页 |
| ·水稻反转录转座嵌合基因演化模式多样化的探讨 | 第85-89页 |
| ·进一步工作与展望 | 第89-90页 |
| 参考文献 | 第90-100页 |
| 附录1 | 第100-106页 |
| 附录1.1 反转录转座嵌合基因的复杂序列结构 | 第100-101页 |
| 附录1.2 未检测到正选择的反转录转座基因的引物 | 第101-104页 |
| 附录1.3 DNA抽提及PCR扩增步骤 | 第104-106页 |
| 附录2 | 第106-108页 |
| 附录2.1 作者简介 | 第106页 |
| 附录2.2 在读期间发表论文 | 第106-107页 |
| 附录2.3 会议摘要 | 第107-108页 |
| 致谢 | 第108页 |
