高度相似基因组序列数据集的压缩算法研究
| 摘要 | 第5-6页 |
| ABSTRACT | 第6-7页 |
| 符号对照表 | 第10-11页 |
| 缩略语对照表 | 第11-14页 |
| 第一章 绪论 | 第14-18页 |
| 1.1 研究背景及意义 | 第14页 |
| 1.2 研究现状 | 第14-17页 |
| 1.3 本文工作 | 第17-18页 |
| 第二章 预备知识 | 第18-28页 |
| 2.1 基因组序列数据 | 第18-20页 |
| 2.2 FM-index索引 | 第20-23页 |
| 2.2.1 BWT变换 | 第21-22页 |
| 2.2.2 小波树 | 第22-23页 |
| 2.2.3 混合编码 | 第23页 |
| 2.3 rank/select操作 | 第23-26页 |
| 2.4 哈希表 | 第26页 |
| 2.5 本章小结 | 第26-28页 |
| 第三章 一种基于参考序列的压缩索引算法 | 第28-50页 |
| 3.1 算法框架 | 第28-29页 |
| 3.2 差异信息的获取 | 第29-34页 |
| 3.2.1 差异信息 | 第29-30页 |
| 3.2.2 差异信息计算 | 第30-34页 |
| 3.3 压缩数据结构设计 | 第34-40页 |
| 3.3.1 差异信息的压缩存储 | 第35-39页 |
| 3.3.2 空间复杂度分析 | 第39-40页 |
| 3.4 搜索算法 | 第40-49页 |
| 3.4.1 子串提取算法 | 第41-44页 |
| 3.4.2 模式定位算法 | 第44-48页 |
| 3.4.3 时间复杂度分析 | 第48-49页 |
| 3.5 本章小结 | 第49-50页 |
| 第四章 实验结果与分析 | 第50-62页 |
| 4.1 实验环境 | 第50-51页 |
| 4.2 GetDiff算法性能 | 第51-53页 |
| 4.3 参数选择 | 第53-57页 |
| 4.3.1 块大小b的影响 | 第53-56页 |
| 4.3.2 上下文长度q的影响 | 第56-57页 |
| 4.4 性能比较 | 第57-60页 |
| 4.4.1 索引构建 | 第57-58页 |
| 4.4.2 查询性能比较 | 第58-60页 |
| 4.5 本章小结 | 第60-62页 |
| 第五章 总结与展望 | 第62-64页 |
| 5.1 总结 | 第62页 |
| 5.2 展望 | 第62-64页 |
| 参考文献 | 第64-68页 |
| 致谢 | 第68-70页 |
| 作者简介 | 第70-71页 |
