| 摘要 | 第16-18页 |
| Abstract | 第18-19页 |
| 第一章 文献综述 | 第20-38页 |
| 1.1 计算机分子模拟 | 第20-23页 |
| 1.1.1 系综 | 第21页 |
| 1.1.2 分子力场 | 第21-23页 |
| 1.2 分子动力学模拟 | 第23-26页 |
| 1.2.1 分子动力学模拟简介 | 第23-25页 |
| 1.2.2 分子动力学模拟的应用 | 第25-26页 |
| 1.3 蛋白质结构及三维结构预测 | 第26-29页 |
| 1.4 嗜盐微生物及嗜盐酶简述 | 第29-34页 |
| 1.4.1 嗜盐菌简介 | 第29-31页 |
| 1.4.2 嗜盐菌盐适应性机制 | 第31页 |
| 1.4.3 嗜盐酶简介 | 第31-32页 |
| 1.4.4 嗜盐酶盐适应性机理 | 第32-33页 |
| 1.4.5 嗜盐微生物应用 | 第33-34页 |
| 1.5 海洋酶 | 第34页 |
| 1.6 亮氨酸脱氢酶 | 第34-36页 |
| 1.7 本课题研究目的及研究内容 | 第36-38页 |
| 第二章 psLeuDH耐盐性质研究及理性设计方案 | 第38-61页 |
| 2.1 实验材料 | 第38-41页 |
| 2.1.1 菌种及质粒载体 | 第38页 |
| 2.1.2 实验仪器 | 第38-39页 |
| 2.1.3 主要实验试剂及缓冲液 | 第39-41页 |
| 2.2 实验方法 | 第41-44页 |
| 2.2.1 菌株培养 | 第41页 |
| 2.2.2 酶的表达与纯化 | 第41-42页 |
| 2.2.3 蛋白总浓度的测定-考马斯亮蓝法 | 第42-43页 |
| 2.2.4 酶活力的测定 | 第43页 |
| 2.2.5 动力学参数的确定 | 第43页 |
| 2.2.6 盐浓度对酶活影响 | 第43-44页 |
| 2.2.7 盐浓度对psLeuDH热稳定性影响 | 第44页 |
| 2.3 实验结果与讨论 | 第44-48页 |
| 2.3.1 psLeuDH的表达与纯化 | 第44-45页 |
| 2.3.2 psLeuDH的耐盐性质研究 | 第45-47页 |
| 2.3.3 盐浓度对psLeuDH动力学参数的影响 | 第47-48页 |
| 2.3.4 盐浓度对psLeuDH热稳定性的影响 | 第48页 |
| 2.4 psLeuDH结构 | 第48-52页 |
| 2.4.1 psLeuDH结构同源建模 | 第48-50页 |
| 2.4.2 psLeuDH结构分析 | 第50-52页 |
| 2.5 理性设计 | 第52-55页 |
| 2.5.1 理性设计一 | 第52-54页 |
| 2.5.2 理性设计二 | 第54-55页 |
| 2.6 突变体M1、M2、M3、M4蛋白结构 | 第55-60页 |
| 2.6.1 突变体蛋白结构同源建模 | 第55-58页 |
| 2.6.2 突变体结构的分析 | 第58-59页 |
| 2.6.3 psLeuDH及突变体M1、M2、M3、M4表面静电势图 | 第59-60页 |
| 2.7 本章小结 | 第60-61页 |
| 第三章 突变体M1、M2实验验证及与psLeuDH的分子动力学模拟 | 第61-91页 |
| 3.1 实验材料 | 第61页 |
| 3.1.1 突变酶的全基因合成 | 第61页 |
| 3.1.2 实验仪器 | 第61页 |
| 3.1.3 主要试剂及缓冲液 | 第61页 |
| 3.2 实验方法 | 第61-63页 |
| 3.2.1 菌株培养 | 第61-62页 |
| 3.2.2 酶的表达与纯化 | 第62页 |
| 3.2.3 蛋白总浓度的测定考马斯亮蓝法 | 第62页 |
| 3.2.4 酶活力的测定 | 第62页 |
| 3.2.5 盐浓度对M1、M2酶活影响 | 第62页 |
| 3.2.6 盐浓度对M1、M2热稳定性影响 | 第62页 |
| 3.2.7 分子动力学模拟方法及主要步骤 | 第62-63页 |
| 3.3 实验结果与讨论 | 第63-89页 |
| 3.3.1 M1、M2的表达与纯化 | 第63-64页 |
| 3.3.2 盐浓度对突变酶酶活的影响 | 第64-65页 |
| 3.3.3 psLeuDH、M1、M2比酶活 | 第65页 |
| 3.3.4 盐浓度对psLeuDH、M1、M2热稳定性的影响 | 第65-66页 |
| 3.3.5 RMSD分析 | 第66-69页 |
| 3.3.6 RMSF分析 | 第69-71页 |
| 3.3.7 回旋半径R(g)分析 | 第71-74页 |
| 3.3.8 活性中心位点分析 | 第74-79页 |
| 3.3.9 溶剂可及性表面积SASA分析 | 第79-84页 |
| 3.3.10 氢键分析 | 第84-85页 |
| 3.3.11 盐桥分析 | 第85-86页 |
| 3.3.12 表面离子分析 | 第86-88页 |
| 3.3.13 活性中心离子分析 | 第88-89页 |
| 3.4 本章小结 | 第89-91页 |
| 第四章 突变体M3、M4实验验证及M3的分子动力学模拟 | 第91-107页 |
| 4.1 实验材料 | 第91页 |
| 4.1.1 突变酶的全基因合成 | 第91页 |
| 4.1.2 实验仪器 | 第91页 |
| 4.1.3 主要试剂及缓冲液 | 第91页 |
| 4.2 实验方法 | 第91-92页 |
| 4.2.1 菌株培养 | 第91-92页 |
| 4.2.2 酶的表达与纯化 | 第92页 |
| 4.2.3 蛋白总浓度的测定-考马斯亮蓝法 | 第92页 |
| 4.2.4 酶活力的测定 | 第92页 |
| 4.2.5 盐浓度对M3、M4酶活影响 | 第92页 |
| 4.2.6 盐浓度对酶动力学参数的影响 | 第92页 |
| 4.2.7 分子动力学模拟方法及主要步骤 | 第92页 |
| 4.3 实验结果与讨论 | 第92-105页 |
| 4.3.1 M3的表达与纯化 | 第92-93页 |
| 4.3.2 盐浓度对M3酶活的影响 | 第93-94页 |
| 4.3.3 盐浓度对M3动力学参数的影响 | 第94-95页 |
| 4.3.4 RMSD分析 | 第95-96页 |
| 4.3.5 回旋半径分析 | 第96-97页 |
| 4.3.6 RMSF分析 | 第97-99页 |
| 4.3.7 SASA溶剂可及性表面分析 | 第99-100页 |
| 4.3.8 氢键分析 | 第100-102页 |
| 4.3.9 盐桥分析 | 第102-103页 |
| 4.3.10 表面离子分析 | 第103-104页 |
| 4.3.11 活性中心离子分析 | 第104-105页 |
| 4.4 本章小结 | 第105-107页 |
| 第五章 总结与展望 | 第107-109页 |
| 参考文献 | 第109-117页 |
| 附录Ⅰ | 第117页 |
| 附录Ⅱ | 第117-118页 |
| 附录Ⅲ | 第118页 |
| 附录Ⅳ | 第118-119页 |
| 附录Ⅴ | 第119-120页 |
| 硕士在读期间发表论文 | 第120-121页 |
| 致谢 | 第121页 |
