| 摘要 | 第11-13页 |
| 英文摘要 | 第13-15页 |
| 1 前言 | 第16-31页 |
| 1.1 低温胁迫在植物中的研究进展 | 第16-19页 |
| 1.1.1 低温胁迫对植物生理的影响 | 第17页 |
| 1.1.2 低温胁迫信号的感应和信号转导 | 第17-18页 |
| 1.1.3 冷胁迫相关基因和转录因子 | 第18-19页 |
| 1.2 玉米低温胁迫相关的研究进展 | 第19-22页 |
| 1.2.1 低温胁迫对玉米生长发育的影响 | 第20页 |
| 1.2.2 玉米耐冷相关QTL、基因定位与发掘 | 第20-22页 |
| 1.3 全基因组关联分析和基因组预测 | 第22-28页 |
| 1.3.1 全基因组关联分析 | 第22-24页 |
| 1.3.2 基因组选择和基因组预测 | 第24-28页 |
| 1.4 研究的目的和意义 | 第28-30页 |
| 1.5 技术路线 | 第30-31页 |
| 2 材料与方法 | 第31-39页 |
| 2.1 试验材料 | 第31页 |
| 2.2 表型数据的获取、整理及分析 | 第31-34页 |
| 2.2.1 表型数据的获取 | 第31-34页 |
| 2.2.2 表型数据的拟合验证 | 第34页 |
| 2.2.3 关联分析性状的估计育种值计算 | 第34页 |
| 2.3 基因型数据的收集与整理 | 第34-35页 |
| 2.4 全基因组关联分析及模型 | 第35-36页 |
| 2.5 关联基因的分析方法 | 第36-37页 |
| 2.5.1 确定邻近关联SNP位点 | 第36页 |
| 2.5.2 关联基因定位 | 第36页 |
| 2.5.3 关联基因分析及候选基因挖掘 | 第36-37页 |
| 2.6 基因组选择预测分析 | 第37-38页 |
| 2.6.1 数据来源 | 第37页 |
| 2.6.2 基因组预测方法 | 第37页 |
| 2.6.3 基因组预测研究方案 | 第37-38页 |
| 2.7 使用软件 | 第38-39页 |
| 3 结果与分析 | 第39-101页 |
| 3.1 玉米关联群体耐寒性评价及关联性状育种值估计 | 第39-51页 |
| 3.1.1 玉米耐寒性状多样性分析 | 第39-46页 |
| 3.1.2 关联分析性状评价 | 第46-49页 |
| 3.1.3 应用最佳无偏线性预测(BLUP)估计关联分析性状育种值及分析 | 第49-51页 |
| 3.2 基因型数据分析 | 第51-55页 |
| 3.2.1 标记分布及标记密度分析 | 第51-52页 |
| 3.2.2 连锁不平衡分析 | 第52-53页 |
| 3.2.3 个体杂合情况分析 | 第53-54页 |
| 3.2.4 主成分及个体亲缘关系分析 | 第54-55页 |
| 3.3 玉米耐寒性全基因组关联分析结果 | 第55-63页 |
| 3.3.1 种子百粒重的全基因组关联分析结果 | 第56-57页 |
| 3.3.2 玉米萌发期耐寒性状的全基因组关联分析 | 第57-59页 |
| 3.3.3 玉米幼苗期耐寒性状的全基因组关联分析 | 第59-63页 |
| 3.4 显著关联SNP与已知相关耐冷性QTL标记结果的比较分析 | 第63-68页 |
| 3.5 显著关联SNP扩展标记筛选及候选基因的挖掘 | 第68-87页 |
| 3.5.1 显著关联SNP邻近位点筛选及分析 | 第68-76页 |
| 3.5.2 关联基因的挖掘与评价 | 第76-87页 |
| 3.6 玉米萌发及幼苗期关联分析性状的基因组选择研究 | 第87-101页 |
| 3.6.1 基于真实观测值的关联分析性状的基因组预测 | 第87-91页 |
| 3.6.2 基于估计育种值的关联分析性状的基因组预测 | 第91-97页 |
| 3.6.3 真实观测值和估计育种值的关联分析性状基因组预测比较 | 第97-99页 |
| 3.6.4 GWAS结果对基因组预测的影响 | 第99-101页 |
| 4 讨论 | 第101-114页 |
| 4.1 低温胁迫条件下玉米种质资源评价 | 第101-102页 |
| 4.1.1 低温胁迫条件下玉米表型特征与耐寒性的关系 | 第101-102页 |
| 4.1.2 关联分析性状与种质来源的关系 | 第102页 |
| 4.2 显著关联SNP的检测及分析 | 第102-103页 |
| 4.2.1 估计育种值(EBV)在基因组研究中应用 | 第102-103页 |
| 4.2.2 FarmCPU对p值膨胀的控制 | 第103页 |
| 4.2.3 全基因组关联分析结果与已知QTL定位结果比较 | 第103页 |
| 4.3 关联基因的定位、分析及候选基因筛选 | 第103-111页 |
| 4.3.1 关联基因的定位 | 第103-104页 |
| 4.3.2 关联基因及其同源基因分析 | 第104-110页 |
| 4.3.3 候选基因的确定 | 第110-111页 |
| 4.4 基因组选择及GWAS结果对基因组选择的影响 | 第111-112页 |
| 4.5 玉米耐寒性种质改良策略 | 第112-113页 |
| 4.5.1 玉米耐寒性种质改良目标的确立 | 第112-113页 |
| 4.5.2 玉米耐寒性种质资源的筛选及应用 | 第113页 |
| 4.5.3 玉米耐寒性种质改良的方法 | 第113页 |
| 4.6 本研究的创新点 | 第113-114页 |
| 5 结论 | 第114-115页 |
| 致谢 | 第115-116页 |
| 参考文献 | 第116-138页 |
| 附录 | 第138-165页 |
| 攻读博士学位期间发表的学术论文 | 第165页 |
