| 摘要 | 第8-10页 |
| ABSTRACT | 第10-11页 |
| 第一章 绪论 | 第12-22页 |
| 1.1 课题来源 | 第12页 |
| 1.2 背景知识 | 第12-17页 |
| 1.2.1 基因组学与表观遗传学 | 第12-13页 |
| 1.2.2 基因表达关系分析的理论及方法 | 第13-15页 |
| 1.2.3 海量数据背景下的问题和挑战 | 第15-17页 |
| 1.3 相关工作 | 第17-20页 |
| 1.3.1 全基因组DNA甲基化研究的WGBS分析方法 | 第17-18页 |
| 1.3.2 WGBS分析软件的并行性 | 第18-19页 |
| 1.3.3 miRNA调控基因表达的分析方法 | 第19-20页 |
| 1.4 本文的主要工作 | 第20-21页 |
| 1.5 本文的组织结构 | 第21-22页 |
| 第二章 Hint-Hunt:新型WGBS检测和分析软件 | 第22-39页 |
| 2.1 WGBS分析的流程和问题 | 第22-24页 |
| 2.2 Hint-Hunt软件的文件格式及需求分析 | 第24-29页 |
| 2.2.1 文件格式 | 第24-27页 |
| 2.2.2 软件的功能需求 | 第27-29页 |
| 2.2.3 软件的效能需求 | 第29页 |
| 2.3 Hint-Hunt软件的设计和实现 | 第29-36页 |
| 2.3.1 总体思想 | 第29页 |
| 2.3.2 Smith-Waterman算法介绍及差异化实现 | 第29-31页 |
| 2.3.3 软件的实现流程 | 第31-34页 |
| 2.3.4 数据结构的优化 | 第34-36页 |
| 2.4 Hint-Hunt软件的正确性测试和性能评估 | 第36-38页 |
| 2.4.1 实验平台及设置 | 第36-37页 |
| 2.4.2 软件正确性和性能测试 | 第37-38页 |
| 2.5 本章小结 | 第38-39页 |
| 第三章 P-Hint-Hunt与BSMAPOS:WGBS检测和分析软件的并行优化 | 第39-48页 |
| 3.1 P-Hint-Hunt:Hint-Hunt软件的并行优化 | 第39-42页 |
| 3.1.1 多线程优化 | 第39-41页 |
| 3.1.2 多进程优化 | 第41-42页 |
| 3.2 BSMAPOS:BSMAP的多进程并行优化 | 第42-45页 |
| 3.2.1 BSMAP介绍和数据相关性分析 | 第42-43页 |
| 3.2.2 BSMAPOS的设计和实现 | 第43-45页 |
| 3.3 P-Hint-Hunt与BSMAPOS的性能测试 | 第45-47页 |
| 3.3.1 P-Hint-Hunt的性能测试 | 第45-46页 |
| 3.3.2 BSMAPOS的性能测试 | 第46-47页 |
| 3.4 本章总结 | 第47-48页 |
| 第四章 MEGEAM:miRNA正向调控基因表达的分析方法 | 第48-57页 |
| 4.1 数据来源及格式 | 第48-50页 |
| 4.2 MEGEAM的理论分析 | 第50-52页 |
| 4.2.1 数据筛选及预处理 | 第50页 |
| 4.2.2 模型构建及网络生成 | 第50-51页 |
| 4.2.3 高价值调控通路筛选 | 第51页 |
| 4.2.4 后续研究 | 第51-52页 |
| 4.3 MAGEAM的设计和实现 | 第52-53页 |
| 4.4 基于数据的发现及意义 | 第53-56页 |
| 4.5 本章小结 | 第56-57页 |
| 第五章 结束语 | 第57-59页 |
| 5.1 工作总结 | 第57-58页 |
| 5.2 研究展望 | 第58-59页 |
| 致谢 | 第59-61页 |
| 参考文献 | 第61-64页 |
| 作者在学期间取得的学术成果 | 第64页 |
