| Abstract | 第7-8页 |
| 摘要 | 第9-11页 |
| Chapter 1 literature review | 第11-32页 |
| 1.1 Overview of fish immune system | 第11页 |
| 1.2 Fish immune organs and tissues | 第11-12页 |
| 1.2.1 Thymus | 第11-12页 |
| 1.2.2 Kidney | 第12页 |
| 1.2.3 Spleen | 第12页 |
| 1.2.4 Mucosa associated lymphoid tissue | 第12页 |
| 1.3 Overview of non-specific immunity in fish | 第12-14页 |
| 1.3.1 The importance of non-specific immunity in fish | 第13-14页 |
| 1.3.2 Non-specific immune factors against bacteria in fish | 第14页 |
| 1.4 PAMPs and PRRs | 第14-15页 |
| 1.5 Immune receptor for non-specific immunity in fish | 第15-19页 |
| 1.5.1 Toll like Receptor (TLR) | 第15-17页 |
| 1.5.2 Nod like receptor (NLRs) | 第17-19页 |
| 1.6 Histopathology | 第19-21页 |
| 1.7 A review of transcriptome studies | 第21-23页 |
| 1.7.1 Progress in transcriptomic study | 第21-22页 |
| 1.7.2 High throughput transcriptome sequencing technique | 第22-23页 |
| 1.7.2.1 Illumina/Solexa sequencing technology | 第22页 |
| 1.7.2.2 Roche 454 sequencing technology | 第22页 |
| 1.7.2.3 ABI/SOLiD sequencing technology | 第22-23页 |
| 1.7.3 Application of transcriptome technology in aquatic animal immunology | 第23页 |
| 1.8 Overview of research in Nocardia sp | 第23-28页 |
| 1.8.1 Progress study of Nocardia seriolae | 第24-25页 |
| 1.8.2 Biochemical profile of Nocardia seriolae | 第25-26页 |
| 1.8.3 Pathogenicity and histopathological study of Nocardia seriolae | 第26-28页 |
| 1.8.4 Prevention research of Nocardia seriolae | 第28页 |
| 1.9 Overview of snakehead fish (Channa argus) | 第28-30页 |
| 1.9.1 Disease of snakehead fish | 第29-30页 |
| 1.9.2 Snakehead fish infected by Nocardia seriolae | 第30页 |
| 1.10 The purpose and significance of the study | 第30-32页 |
| Chapter 2 Histopathology Analysis | 第32-40页 |
| 2.1 Materials and methods | 第32-34页 |
| 2.1.1 Preparation of experimental animals and bacterial | 第32页 |
| 2.1.2 Artificial infection test and preparation of samples | 第32-33页 |
| 2.1.3 Histopathology analysis | 第33-34页 |
| 2.2 Results | 第34-37页 |
| 2.3 Discussion | 第37-40页 |
| Chapter 3 Transcriptomic Analysis | 第40-61页 |
| 3.1 Experimental animals and bacterial | 第40-46页 |
| 3.1.1 Preparation of experimental animals and bacterial | 第40页 |
| 3.1.2 Artificial infection test and preparation of samples | 第40-41页 |
| 3.1.3 RNA Sequencing | 第41-42页 |
| 3.1.3.1 Nucleotide recognition | 第41页 |
| 3.1.3.2 Raw data | 第41页 |
| 3.1.3.3 Mass quality value data removing | 第41-42页 |
| 3.1.4 Transcriptome data analysis | 第42-46页 |
| 3.1.4.1 Sequence assembly | 第42-43页 |
| 3.1.4.2 Simple Sequence Repeat (SSR) annotation | 第43页 |
| 3.1.4.3 Coding sequence (CDS) | 第43-44页 |
| 3.1.4.4 Unigene database annotation | 第44页 |
| 3.1.4.5 KEGG analysis of Unigene | 第44页 |
| 3.1.4.6 KOG/COG analysis of Unigene | 第44-45页 |
| 3.1.4.7 GO analysis of Unigene | 第45页 |
| 3.1.4.8 Differential expression analysis of Unigene | 第45-46页 |
| 3.2 Results | 第46-57页 |
| 3.2.1 Statistical sequencing and quality analysis | 第46-47页 |
| 3.2.2 Sequence assembly | 第47-48页 |
| 3.2.3 SSR repeat sequence annotation | 第48-50页 |
| 3.2.4 Coding sequence (CDS) | 第50页 |
| 3.2.5 Unigene database annotation | 第50-51页 |
| 3.2.6 KEGG analysis of Unigenes | 第51页 |
| 3.2.7 KOG/COG analysis of Unigenes | 第51-54页 |
| 3.2.8 GO analysis of Unigenes | 第54-56页 |
| 3.2.9 Analysis of differential expression of Unigene | 第56-57页 |
| 3.3 Discussion | 第57-61页 |
| Chapter 4 Determination of Non-specific immune receptors (TLR, NLR) based on transcriptomicdata | 第61-74页 |
| 4.1 qRT-PCR determination of DEGs from TLR and NLR pathway | 第61-62页 |
| 4.2 Results | 第62-71页 |
| 4.2.1 Toll like receptors (TLRs) analysis | 第62-66页 |
| 4.2.2 Nod like Receptors (NLRs) analysis | 第66-69页 |
| 4.2.3 qRT-PCR determination of DEGs from TLR and NLR pathway | 第69-71页 |
| 4.3 Discussion | 第71-74页 |
| References | 第74-83页 |
| Appendix Ⅰ: Quality evaluation of Raw Data | 第83-85页 |
| Appendix Ⅱ: Mass quality value data removing | 第85-88页 |
| Acknowledgement | 第88页 |
