| 致谢 | 第5-10页 |
| 摘要 | 第10-12页 |
| 文献综述 | 第12-40页 |
| (一)环孢子虫的分子特性和流行病学研究进展 | 第12-28页 |
| 1 环孢子虫分类学 | 第12-14页 |
| 2 环孢子虫检测技术 | 第14-17页 |
| 2.1 环孢子虫卵囊常规检测 | 第14页 |
| 2.2 环孢子虫卵囊荧光显微镜检测 | 第14-15页 |
| 2.3 环孢子虫卵囊分子生物学检测 | 第15-17页 |
| 3 分子生物学特征 | 第17-20页 |
| 3.1 基因位点 | 第17-18页 |
| 3.2 细胞器基因组 | 第18-19页 |
| 3.3 核基因组 | 第19-20页 |
| 4 环孢子虫的流行病学 | 第20-26页 |
| 4.1 环孢子虫在世界范围内的暴发 | 第20-26页 |
| 4.2 世界范围内人体环孢子虫的流行 | 第26页 |
| 5 小结 | 第26-28页 |
| (二)果蔬表面肠道原虫的携带情况研究 | 第28-40页 |
| 1 果蔬表面原虫洗脱方法的比较 | 第28-31页 |
| 2 果蔬表面寄生性肠道原虫的检测 | 第31-38页 |
| 2.1 隐孢子虫感染 | 第31页 |
| 2.2 贾第虫感染 | 第31-33页 |
| 2.3 环孢子虫感染 | 第33-34页 |
| 2.4 阿米巴原虫感染 | 第34-36页 |
| 2.5 刚地弓形虫感染 | 第36页 |
| 2.6 微孢子虫和芽囊原虫感染 | 第36-38页 |
| 3 小结 | 第38-40页 |
| 第一部分：人体环孢子虫的分子流行病学调查 | 第40-58页 |
| 引言 | 第40页 |
| 1 材料与方法 | 第40-44页 |
| 1.1 样本来源 | 第40页 |
| 1.2 主要仪器和试剂 | 第40-41页 |
| 1.3 形态学观察 | 第41页 |
| 1.4 DNA提取 | 第41页 |
| 1.5 PCR扩增 | 第41-42页 |
| 1.6 电泳 | 第42页 |
| 1.7 测序 | 第42页 |
| 1.8 序列拼接校正与比对 | 第42-43页 |
| 1.9 种系发育进化分析 | 第43-44页 |
| 1.10 统计分析 | 第44页 |
| 2 结果与分析 | 第44-55页 |
| 2.1 卵囊形态大小 | 第44-46页 |
| 2.2 环孢子虫SSUrRNA基因扩增产物的检测 | 第46页 |
| 2.3 环孢子虫的分子流行病学 | 第46-47页 |
| 2.4 环孢子虫其它基因位点的扩增 | 第47-48页 |
| 2.5 环孢子虫基于不同基因位点的分子种系发育分析 | 第48-55页 |
| 3 结论与讨论 | 第55-58页 |
| 第二部分：卡耶塔环孢子虫的群体遗传结构分析 | 第58-72页 |
| 引言 | 第58页 |
| 1 材料与方法 | 第58-61页 |
| 1.1 样本来源 | 第58页 |
| 1.2 主要仪器和试剂 | 第58页 |
| 1.3 MLST和遗传结构分析用到的主要软件 | 第58页 |
| 1.4 PCR扩增 | 第58-60页 |
| 1.5 电泳 | 第60页 |
| 1.6 测序 | 第60页 |
| 1.7 序列拼接校正 | 第60页 |
| 1.8 MLST分析 | 第60页 |
| 1.9 连锁不平衡性(LD)分析 | 第60页 |
| 1.10 群体遗传机构分析 | 第60-61页 |
| 1.11 分子种系发育分析 | 第61页 |
| 1.12 STRUCTURE分析 | 第61页 |
| 1.13 核酸序列提交 | 第61页 |
| 2 结果与分析 | 第61-71页 |
| 2.1 环孢子虫5个微卫星位点的PCR扩增 | 第61-63页 |
| 2.2 多位点序列的基因型 | 第63页 |
| 2.3 多位点序列的序列多态性 | 第63-66页 |
| 2.4 多位点序列基因型 | 第66-67页 |
| 2.5 连锁不平衡性(LD)分析 | 第67-68页 |
| 2.6 分子系统发育分析 | 第68-69页 |
| 2.7 群体遗传结构分析 | 第69-71页 |
| 3 结论与讨论 | 第71-72页 |
| 第三部分：蔬菜/水果表面原虫卵囊洗脱方法的优化 | 第72-88页 |
| 引言 | 第72页 |
| 1 材料与方法 | 第72-76页 |
| 1.1 试验材料 | 第72-73页 |
| 1.2 主要仪器和试剂 | 第73页 |
| 1.3 卵囊的计数 | 第73页 |
| 1.4 卵囊的种植 | 第73页 |
| 1.5 卵囊的洗脱 | 第73-74页 |
| 1.6 洗脱方法的优化 | 第74-75页 |
| 1.7 生菜洗脱液的回收 | 第75页 |
| 1.8 脱液中卵囊的计数 | 第75页 |
| 1.9 洗脱液中卵囊DNA提取的比较 | 第75-76页 |
| 1.10 统计分析方法 | 第76页 |
| 2 结果与分析 | 第76-85页 |
| 2.1 卵囊原液的计数 | 第76页 |
| 2.2 洗脱方法的优化 | 第76-81页 |
| 2.3 洗脱液中卵囊DNA提取方式的优化 | 第81-85页 |
| 3 结论与讨论 | 第85-88页 |
| 第四部分：果蔬表面原虫携带情况的检测及风险评估 | 第88-100页 |
| 引言 | 第88页 |
| 1 材料和方法 | 第88-92页 |
| 1.1 样品采集 | 第88页 |
| 1.2 主要仪器和试剂 | 第88页 |
| 1.3 蔬菜/水果病原的洗脱 | 第88-89页 |
| 1.4 DNA提取 | 第89页 |
| 1.5 PCR扩增 | 第89页 |
| 1.6 电泳 | 第89页 |
| 1.7 测序 | 第89-90页 |
| 1.8 序列拼接校正与基因型 | 第90页 |
| 1.9 毕氏肠微孢子虫的分子种系发育分析 | 第90-91页 |
| 1.10 统计分析 | 第91-92页 |
| 2 结果与分析 | 第92-99页 |
| 2.1 三种原虫特异性基因的扩增产物的检测 | 第92页 |
| 2.2 电泳阳性样品测序鉴定 | 第92-93页 |
| 2.3 果蔬表面携带原虫的感染率 | 第93页 |
| 2.4 毕氏肠微孢子虫的流行及基因型鉴定 | 第93-95页 |
| 2.5 毕氏肠微孢子虫的分子种系发育分析 | 第95-96页 |
| 2.6 卡耶塔环孢子虫和微小隐孢子虫的鉴定 | 第96-99页 |
| 3 结论与讨论 | 第99-100页 |
| 第五部分：全文结论与创新点 | 第100-101页 |
| 附件 | 第101-105页 |
| 参考文献 | 第105-119页 |
| ABSTRACT | 第119-121页 |
| 个人简历 | 第122页 |
| 博士期间获得的奖励 | 第122页 |
| 博士期间发表的文章 | 第122-125页 |