| 摘要 | 第6-8页 |
| abstract | 第8-9页 |
| 第一章 引言 | 第17-31页 |
| 1.1 多杀性巴氏杆菌概述 | 第17-18页 |
| 1.1.1 多杀性巴氏杆菌的生物学特性 | 第17页 |
| 1.1.2 多杀性巴氏杆菌的分型 | 第17-18页 |
| 1.2 多杀性巴氏杆菌病 | 第18-19页 |
| 1.2.1 禽霍乱 | 第18-19页 |
| 1.2.2 萎缩性鼻炎 | 第19页 |
| 1.2.3 出血性败血症 | 第19页 |
| 1.3 多杀性巴氏杆菌致病机制研究进展 | 第19-22页 |
| 1.3.1 多杀性巴氏杆菌在宿主体内竞争营养 | 第19-20页 |
| 1.3.2 多杀性巴氏杆菌在宿主体内竞争铁离子 | 第20页 |
| 1.3.3 多杀性巴氏杆菌的表面结构 | 第20-21页 |
| 1.3.4 多杀性巴氏杆菌毒素(PMT) | 第21页 |
| 1.3.5 多杀性巴氏杆菌的DNA摄取 | 第21-22页 |
| 1.3.6 多杀性巴氏杆菌的抗生素抗性 | 第22页 |
| 1.4 多杀性巴氏杆菌比较基因组学研究进展 | 第22-24页 |
| 1.4.1 多杀性巴氏杆菌基因组测序概况 | 第22-23页 |
| 1.4.2 多杀性巴氏杆菌比较基因组学研究 | 第23-24页 |
| 1.5 噬菌体参与细菌致病性的研究概况 | 第24-28页 |
| 1.5.1 噬菌体编码毒力因子 | 第25页 |
| 1.5.2 噬菌体改变细菌毒力特性 | 第25-27页 |
| 1.5.3 噬菌体对毒力基因的调节 | 第27-28页 |
| 1.6 细菌RNA-seq转录组学研究概况 | 第28-29页 |
| 1.7 本研究的目的和意义 | 第29-31页 |
| 第二章 禽多杀性巴氏杆菌基因组测序及比较基因组学研究 | 第31-44页 |
| 2.1 材料与方法 | 第31-34页 |
| 2.1.1 实验菌株 | 第31-32页 |
| 2.1.2 主要试剂及分析软件 | 第32页 |
| 2.1.3 菌株的培养与鉴定 | 第32页 |
| 2.1.4 基因组提取 | 第32-33页 |
| 2.1.5 基因组测序 | 第33页 |
| 2.1.6 原始测序数据质控、质量剪切、统计 | 第33页 |
| 2.1.7 基因组组装 | 第33页 |
| 2.1.8 基因组rRNA和tRNA查找和基因预测 | 第33页 |
| 2.1.9 比较基因组学分析 | 第33-34页 |
| 2.1.10 噬菌体相关基因岛的预测 | 第34页 |
| 2.2 结果 | 第34-42页 |
| 2.2.1 菌种鉴定结果 | 第34页 |
| 2.2.2 基因组DNA提取结果 | 第34-35页 |
| 2.2.3 基因组原始测序数据的质量控制 | 第35-37页 |
| 2.2.4 质量剪切前后的原始测序数据统计 | 第37页 |
| 2.2.5 基因组序列组装结果 | 第37-38页 |
| 2.2.6 基因组注释结果 | 第38-39页 |
| 2.2.7 差异基因分析结果 | 第39页 |
| 2.2.8 基因组序列比对分析结果 | 第39-40页 |
| 2.2.9 噬菌体相关基因岛的PHAST预测 | 第40-41页 |
| 2.2.10 筛选构建PmC48-1突变株的差异基因 | 第41-42页 |
| 2.3 讨论 | 第42-44页 |
| 第三章 禽多杀性巴氏杆菌RNA-seq及转录组学分析 | 第44-59页 |
| 3.1 材料与方法 | 第44-50页 |
| 3.1.1 实验菌株 | 第44页 |
| 3.1.2 主要试剂及分析软件 | 第44-45页 |
| 3.1.3 菌株的培养和鉴定 | 第45页 |
| 3.1.4 总RNA提取 | 第45页 |
| 3.1.5 总RNA去除基因组DNA和rRNA | 第45-46页 |
| 3.1.6 cDNA文库的构建及文库质检 | 第46页 |
| 3.1.7 cDNA上机测序及原始数据处理 | 第46页 |
| 3.1.8 测序数据与参考基因组Pm70Mapping分析 | 第46-47页 |
| 3.1.9 强弱毒株差异表达基因分析 | 第47页 |
| 3.1.10 共同差异表达基因GO和KEGG富集分析 | 第47页 |
| 3.1.11 荧光定量PCR验证共同差异表达基因 | 第47-50页 |
| 3.2 结果 | 第50-56页 |
| 3.2.1 总RNA提取结果 | 第50页 |
| 3.2.2 Cleanreads的Mapping分析结果 | 第50-51页 |
| 3.2.3 强弱毒株差异表达基因分析结果 | 第51-52页 |
| 3.2.4 共同差异基因GO富集分析 | 第52-53页 |
| 3.2.5 共同差异表达基因KEGGPathway富集分析 | 第53-54页 |
| 3.2.6 共同差异表达基因实时荧光定量PCR验证 | 第54-56页 |
| 3.2.7 筛选构建PmC48-1突变株的差异表达基因 | 第56页 |
| 3.3 讨论 | 第56-59页 |
| 第四章 差异毒力基因的突变株构建和致病性研究 | 第59-71页 |
| 4.1 材料与方法 | 第59-65页 |
| 4.1.1 菌株、质粒和实验动物 | 第59页 |
| 4.1.2 主要试剂 | 第59页 |
| 4.1.3 引物设计 | 第59-61页 |
| 4.1.4 突变株构建原理 | 第61页 |
| 4.1.5 上下游同源臂在PmC48-1株基因组上的位置及长度 | 第61-62页 |
| 4.1.6 重组替代质粒的构建 | 第62-63页 |
| 4.1.7 感受态的制备、电转化和双交换突变株的筛选 | 第63-64页 |
| 4.1.8 RT-PCR检测 | 第64页 |
| 4.1.9 双交换突变株遗传稳定性和生长曲线测定 | 第64页 |
| 4.1.10 双交换突变株致病性试验 | 第64-65页 |
| 4.2 结果 | 第65-69页 |
| 4.2.1 重组替代质粒的酶切和测序鉴定 | 第65-66页 |
| 4.2.2 双交换突变株PCR鉴定 | 第66-67页 |
| 4.2.3 双交换突变株RT-PCR检测结果 | 第67页 |
| 4.2.4 双交换突变株遗传稳定性及生长曲线 | 第67-68页 |
| 4.2.5 双交换突变株的致病性 | 第68-69页 |
| 4.3 讨论 | 第69-71页 |
| 第五章 全文结论 | 第71-72页 |
| 参考文献 | 第72-83页 |
| 附录 | 第83-90页 |
| 致谢 | 第90-91页 |
| 个人简历 | 第91页 |
