新疆长尾旱獭病毒组学及其新病毒的鉴定
| 摘要 | 第6-7页 |
| Abstract | 第7-8页 |
| 英文缩略词表 | 第12-13页 |
| 引言 | 第13-14页 |
| 第一章 文献综述 | 第14-18页 |
| 1 病毒宏基因组学的研究进展 | 第14-16页 |
| 1.1 病毒宏基因组学的概念 | 第14-15页 |
| 1.2 病毒宏基因组学的研究方法 | 第15页 |
| 1.3 病毒宏基因组学的应用 | 第15-16页 |
| 1.3.1 环境病毒宏基因组学的应用 | 第15页 |
| 1.3.2 肠道及组织病毒宏基因组学 | 第15-16页 |
| 2 啮齿动物病毒宏基因组学研究 | 第16-17页 |
| 2.1 啮齿动物与传染病 | 第16页 |
| 2.2 啮齿动物病毒宏基因组学研究 | 第16-17页 |
| 3 长尾旱獭人兽共患病的研究 | 第17-18页 |
| 第二章 新疆长尾旱獭病毒宏基因组学研究 | 第18-30页 |
| 1 材料 | 第18-20页 |
| 1.1 主要试剂及耗材 | 第18-20页 |
| 1.2 实验仪器 | 第20页 |
| 1.3 生物信息学软件 | 第20页 |
| 2 方法 | 第20-23页 |
| 2.1 长尾旱獭种类鉴定及解剖 | 第20-21页 |
| 2.1.1 提取DNA | 第20页 |
| 2.1.2 聚合酶链式反应检测 | 第20-21页 |
| 2.2 长尾旱獭样品的研磨 | 第21页 |
| 2.3 病毒宏基因组学处理 | 第21-23页 |
| 2.3.1 上清过滤除菌 | 第21页 |
| 2.3.2 核酸酶消化 | 第21页 |
| 2.3.3 旱獭样品RNA提取及反转录 | 第21-22页 |
| 2.3.4 双链cDNA合成 | 第22页 |
| 2.3.5 单引物扩增 | 第22-23页 |
| 2.3.6 非特异性单引物扩增产物电泳及纯化 | 第23页 |
| 3 病毒宏基因组学测序 | 第23-24页 |
| 3.1 高通量测序 | 第23-24页 |
| 3.2 宏基因组学注释 | 第24页 |
| 4 宏基因组结果PCR验证 | 第24-25页 |
| 4.1 宏基因组结果病毒引物设计及引物制备 | 第24页 |
| 4.2 旱獭组织核酸提取 | 第24页 |
| 4.3 病毒RNA反转录 | 第24-25页 |
| 4.4 病毒核酸PCR扩增 | 第25页 |
| 4.5 扩增片段进化分析 | 第25页 |
| 5 结果 | 第25-30页 |
| 5.1 旱獭种类鉴定及样品采集信息 | 第25页 |
| 5.2 病毒宏基因组学结果分析 | 第25-30页 |
| 第三章 新疆长尾旱獭宏基因结果验证 | 第30-49页 |
| 1 病毒序列分析及检测结果 | 第30-47页 |
| 1.1 腺病毒检测结果 | 第30-31页 |
| 1.2 指环病毒检测结果 | 第31-32页 |
| 1.3 轮状病毒检测结果 | 第32-33页 |
| 1.4 星状病毒检测结果 | 第33-34页 |
| 1.5 圆环病毒检测结果 | 第34-36页 |
| 1.6 疱疹病毒检测结果 | 第36-37页 |
| 1.7 细小病毒检测结果 | 第37-39页 |
| 1.8 小双节RNA病毒检测结果 | 第39-40页 |
| 1.9 小RNA病毒目检测结果 | 第40-41页 |
| 1.10 多头瘤病毒检测结果 | 第41-42页 |
| 1.11 其他病毒及混样宏基因组验证结果 | 第42-47页 |
| 1.11.1 昆虫、植物及噬病毒体检测结果 | 第42-43页 |
| 1.11.2 混样宏基因组验证结果 | 第43-47页 |
| 2 结论 | 第47-49页 |
| 第四章 新型旱獭病毒的鉴定 | 第49-71页 |
| 1 材料 | 第49-50页 |
| 1.1 旱獭样品 | 第49页 |
| 1.2 试剂及耗材 | 第49页 |
| 1.3 实验仪器 | 第49页 |
| 1.4 生物信息学软件 | 第49-50页 |
| 2 方法 | 第50-52页 |
| 2.1 病毒核酸提取 | 第50页 |
| 2.1.1 病毒DNA提取 | 第50页 |
| 2.1.2 病毒RNA提取及反转录 | 第50页 |
| 2.2 引物设计 | 第50页 |
| 2.3 旱獭样品检测 | 第50-51页 |
| 2.4 病毒全基因组扩增及检测 | 第51-52页 |
| 2.4.1 普通PCR扩增方法 | 第51页 |
| 2.4.2 载体连接、转化及克隆培养 | 第51-52页 |
| 3 结果 | 第52-69页 |
| 3.1 腺病毒鉴定结果 | 第52-57页 |
| 3.2 星状病毒鉴定结果 | 第57-58页 |
| 3.3 疱疹病毒鉴定结果 | 第58-62页 |
| 3.4 圆环病毒鉴定结果 | 第62-65页 |
| 3.5 多头瘤病毒鉴定结果 | 第65-69页 |
| 3.6 病毒单样检测结果 | 第69页 |
| 4 结论 | 第69-71页 |
| 全文结论 | 第71-72页 |
| 主要创新点 | 第72-73页 |
| 参考文献 | 第73-78页 |
| 附录 | 第78-83页 |
| 致谢 | 第83-84页 |
| 作者简介 | 第84-85页 |
| 石河子大学硕士研究生学位论文导师评阅表 | 第85页 |
