必需基因理论预测的多种算法研究
| 摘要 | 第4-6页 |
| abstract | 第6-7页 |
| 第一章 绪论 | 第10-14页 |
| 1.1 必需基因简介 | 第10-11页 |
| 1.2 必需基因研究背景和现状 | 第11-12页 |
| 1.3 论文内容提要 | 第12-14页 |
| 第二章 病原菌必需基因识别 | 第14-34页 |
| 2.1 引言 | 第14-16页 |
| 2.2 必需基因数据集构建 | 第16-19页 |
| 2.3 特征提取 | 第19-22页 |
| 2.3.1 同源必需性比对 | 第19-20页 |
| 2.3.2 构建特征矩阵 | 第20-21页 |
| 2.3.3 进化距离的计算 | 第21-22页 |
| 2.4 分类算法的选择和使用 | 第22-23页 |
| 2.5 分类器设计和性能评估 | 第23-26页 |
| 2.5.1 N-折交叉验证 | 第23-24页 |
| 2.5.2 跨物种必需基因预测 | 第24-25页 |
| 2.5.3 分类器性能评估 | 第25-26页 |
| 2.6 预测结果与分析 | 第26-34页 |
| 2.6.1 基因同源数目与物种间进化距离的分析 | 第26-28页 |
| 2.6.2 交叉验证预测结果 | 第28-30页 |
| 2.6.3 跨物种预测结果 | 第30-34页 |
| 第三章 人类必需基因识别 | 第34-49页 |
| 3.1 引言 | 第34-36页 |
| 3.2 必需基因数据集构建 | 第36-37页 |
| 3.3 标准基因名确定 | 第37页 |
| 3.4 特征提取和特征评价 | 第37-40页 |
| 3.4.1 蛋白质-蛋白质互作网络的拓扑属性 | 第38-39页 |
| 3.4.2 基因表达水平 | 第39页 |
| 3.4.3 GO功能注释信息 | 第39-40页 |
| 3.4.4 特征评价 | 第40页 |
| 3.5 分类算法和性能评估 | 第40页 |
| 3.6 预测结果与分析 | 第40-49页 |
| 3.6.1 蛋白质互作网络拓扑属性预测结果 | 第40-43页 |
| 3.6.2 基因表达水平预测结果 | 第43-44页 |
| 3.6.3 GO功能注释预测结果 | 第44页 |
| 3.6.4 特征集合预测结果 | 第44-45页 |
| 3.6.5 特征评估和分析 | 第45-49页 |
| 第四章 总结和展望 | 第49-51页 |
| 4.1 全文总结 | 第49-50页 |
| 4.2 工作展望 | 第50-51页 |
| 致谢 | 第51-52页 |
| 参考文献 | 第52-56页 |
| 附录 | 第56-60页 |
| 攻读硕士学位期间取得的成果 | 第60页 |
