| 摘要 | 第6-8页 |
| ABSTRACT | 第8-10页 |
| 目录 | 第11-15页 |
| 第一章 文献综述 | 第15-34页 |
| 1.1 引言 | 第15页 |
| 1.2 我国肉牛品种资源 | 第15-16页 |
| 1.3 秦川牛 | 第16页 |
| 1.4 分子遗传标记 | 第16-19页 |
| 1.4.1 限制性片段长度多态性 | 第16-17页 |
| 1.4.2 随机引物扩增多态性DNA | 第17页 |
| 1.4.3 可变数目串联重复序列 | 第17-18页 |
| 1.4.4 mtDNA标记 | 第18页 |
| 1.4.5 MALDI-TOF-MS(基质辅助激光解析电离飞行时间质谱) | 第18-19页 |
| 1.4.6 其它分子标记 | 第19页 |
| 1.5 AMPK基因研究进展 | 第19-32页 |
| 1.5.1 AMPK的分子结构特征 | 第19-21页 |
| 1.5.2 AMPK的作用机制 | 第21页 |
| 1.5.3 AMPK的组织分布 | 第21-22页 |
| 1.5.4 牛AMPK基因在染色体上的定位 | 第22-23页 |
| 1.5.5 AMPK活性调节 | 第23-25页 |
| 1.5.6 与AMPK有关的两个重要信号转导通路 | 第25-28页 |
| 1.5.7 AMPK对各种代谢的调节作用 | 第28-29页 |
| 1.5.8 AMPK基因作为影响肉质性状候选基因的提出和多态性研究 | 第29-30页 |
| 1.5.9 AMPK基因多态性研究 | 第30-32页 |
| 1.6 AMPK对肉类生产的意义 | 第32-33页 |
| 1.7 本研究的目的与意义 | 第33-34页 |
| 第二章 牛AMPK家族七个基因的生物信息学分析 | 第34-63页 |
| 2.1 生物信息学分析软件 | 第34-35页 |
| 2.1.1 设计引物软件 | 第34页 |
| 2.1.2 基因序列分析软件 | 第34页 |
| 2.1.3 基因测序分析软件 | 第34页 |
| 2.1.4 同源序列比对和构建系统进化树软件 | 第34页 |
| 2.1.5 蛋白质组成分析软件 | 第34页 |
| 2.1.6 蛋白质二级结构预测软件 | 第34页 |
| 2.1.7 基因、蛋白质生物信息学分析网上工具 | 第34-35页 |
| 2.2 基因生物信息学分析 | 第35-39页 |
| 2.2.1 牛PRKAA1基因生物信息学分析 | 第35页 |
| 2.2.2 牛PRKAA1基因编码蛋白生物学特性 | 第35-39页 |
| 2.3 牛PRKAA2基因生物信息学分析 | 第39-43页 |
| 2.3.1 牛PRKAA2基因序列结构 | 第39页 |
| 2.3.2 牛PRKAA2基因组织表达情况 | 第39页 |
| 2.3.3 牛PRKAA2基因编码蛋白质特性分析 | 第39-43页 |
| 2.4 牛PRKAB1基因生物信息学分析 | 第43-47页 |
| 2.4.1 牛PRKAB1基因序列结构分析 | 第43-44页 |
| 2.4.2 牛PRKAB1基因不同组织表达差异分析 | 第44页 |
| 2.4.3 牛PRKAB1基因蛋白质特性分析 | 第44-47页 |
| 2.5 牛PRKAB2基因生物信息学分析 | 第47-51页 |
| 2.5.1 牛PRKAB2基因序列结构与分析 | 第47页 |
| 2.5.2 牛PRKAB2基因不同组织表达差异 | 第47-48页 |
| 2.5.3 牛PRKAB2基因编码蛋白质特性 | 第48-51页 |
| 2.6 牛PRKAG1基因生物信息学分析 | 第51-55页 |
| 2.6.1 牛PRKAG1基因序列及结构分析 | 第51页 |
| 2.6.2 牛PRKAG1基因不同组织表达特征分析 | 第51页 |
| 2.6.3 牛PRKAG1基因编码蛋白特征分析 | 第51-55页 |
| 2.7 牛PRKAG2基因生物信息学分析 | 第55-58页 |
| 2.7.1 牛PRKAG2基因序列结构与分析 | 第55页 |
| 2.7.2 牛PRKAG2基因不同组织表达差异 | 第55页 |
| 2.7.3 牛PRKAG2基因编码蛋白特性分析 | 第55-58页 |
| 2.8 牛PRKAG3基因生物信息学分析 | 第58-62页 |
| 2.8.1 牛PRKAG3基因序列结构与分析 | 第58-59页 |
| 2.8.2 牛PRKAG3基因不同组织表达差异比较 | 第59页 |
| 2.8.3 牛PRKAG3基因编码蛋白特性分析 | 第59-62页 |
| 2.9 小结 | 第62-63页 |
| 第三章 牛PRKAA基因遗传变异及其与秦川牛生长和肉质性状的关联分析 | 第63-89页 |
| 3.1 试验材料 | 第63-64页 |
| 3.1.1 试验动物 | 第63页 |
| 3.1.2 用于试验研究的牛主要性状指标 | 第63页 |
| 3.1.3 主要试剂 | 第63页 |
| 3.1.4 主要仪器设备 | 第63-64页 |
| 3.1.5 主要试剂和溶液的配制 | 第64页 |
| 3.2 试验方法 | 第64-67页 |
| 3.2.1 血液DNA提取 | 第64页 |
| 3.2.2 DNA质量检测 | 第64页 |
| 3.2.3 DNA浓度检测及稀释 | 第64页 |
| 3.2.4 牛PRKAA基因引物设计 | 第64-65页 |
| 3.2.5 PCR反应 | 第65页 |
| 3.2.6 聚丙烯酰胺凝胶电泳 | 第65页 |
| 3.2.7 PCR扩增产物回收及纯化 | 第65页 |
| 3.2.8 飞行质谱(MALDI-TOF MS) | 第65-67页 |
| 3.3 统计分析 | 第67-69页 |
| 3.3.1 遗传变异分析 | 第67-68页 |
| 3.3.2 统计分析模型 | 第68-69页 |
| 3.3.3 生物信息学分析 | 第69页 |
| 3.4 结果与分析 | 第69-88页 |
| 3.4.1 牛血样DNA提取 | 第69页 |
| 3.4.2 PRKAA1基因exon 5多态位点检测 | 第69-70页 |
| 3.4.3 PRKAA1基因exon 7多态位点检测 | 第70-75页 |
| 3.4.4 PRKAA1基因exon 8～9多态位点检测 | 第75页 |
| 3.4.5 PRKAA1基因exon 10多态位点检测 | 第75-76页 |
| 3.4.6 PRKAA2基因exon 2、exon 6、exon 7、exon 8多态位点检测 | 第76-77页 |
| 3.4.7 PRKAA2基因exon 4、exon 9多态位点检测 | 第77-88页 |
| 3.5 小结 | 第88-89页 |
| 第四章 秦川牛PRKAB基因SNPS检测及其与生长和肉质性状的相关性分析 | 第89-120页 |
| 4.1 实验材料 | 第89页 |
| 4.2 试验方法 | 第89页 |
| 4.3 生物信息学分析 | 第89页 |
| 4.4 牛PRKAB基因引物设计 | 第89-90页 |
| 4.5 结果与分析 | 第90-118页 |
| 4.5.1 DNA 捉収 | 第90页 |
| 4.5.2 PRKABl 糊 exon, SNI)检测 | 第90-92页 |
| 4.5.3 PRKABI 他W exon〗 SNP 检测 | 第92-94页 |
| 4.5.4 PRKAB1基因exon_(3-4) SNP检测 | 第94-104页 |
| 4.5.5 PRKAB1基因exon5 SNP检测 | 第104-106页 |
| 4.5.6 PRKAB2基因exon1、exon2 SNP检测 | 第106-107页 |
| 4.5.7 PRKAB2基因exon3～4 SNP检测 | 第107-110页 |
| 4.5.8 PRKAB2基因exon5～6 SNP检测 | 第110-118页 |
| 4.6 小结 | 第118-120页 |
| 第五章 肉牛PRKAG基因SNPS位点检测及其与秦川牛生长、肉质性状的相关性分析 | 第120-167页 |
| 5.1 实验材料 | 第120页 |
| 5.2 试验方法 | 第120页 |
| 5.3 生物信息学分析 | 第120页 |
| 5.4 牛PRKAG基因引物设计 | 第120-121页 |
| 5.5 结果与分析 | 第121-166页 |
| 5.5.1 DNA提取 | 第121页 |
| 5.5.2 PRKAG1基因exon3/4 SNP检测 | 第121-124页 |
| 5.5.3 PRKAG1基因exon 5/6/7 SNP检测 | 第124-127页 |
| 5.5.4 PRKAG1基因Exon 8/9/10与Exon 11/12 SNP检测 | 第127页 |
| 5.5.5 PRKAG2基因Exon 3 SNP检测 | 第127-134页 |
| 5.5.6 PRKAG2基因exon5 SNPs检测 | 第134-137页 |
| 5.5.7 PRKAG2基因exon13 SNP检测 | 第137-140页 |
| 5.5.8 PRKAG2基因exon15 SNP检测 | 第140-142页 |
| 5.5.9 基因exonl-14 SNP检測 | 第142-166页 |
| 5.6 小结 | 第166-167页 |
| 第六章 讨论和结论 | 第167-176页 |
| 6.1 讨论 | 第167-174页 |
| 6.1.1 AMPK基因的特征分析 | 第167-168页 |
| 6.1.2 AMPIC7个基因SNP筛査方法 | 第168-169页 |
| 6.1.3 AMPK7个基因SNPs分塑方法 | 第169-170页 |
| 6.1.4 PRKAA基因多态性及与秦川牛体尺及肉质性状关联分析 | 第170-171页 |
| 6.1.5 PRKAB基因多态性及与秦川牛体尺及肉质性状关联分析 | 第171页 |
| 6.1.6 PRKAG3恶因多态性及与秦川牛体尺及肉质性状关联分析 | 第171-173页 |
| 6.1.7 合并基因型与秦川牛体尺和肉质性状关联分析 | 第173-174页 |
| 6.1.8 基于SNP连锁不報分析 | 第174页 |
| 6.2 结论 | 第174-175页 |
| 6.3 创新点 | 第175-176页 |
| 参考文献 | 第176-188页 |
| 附录 | 第188-210页 |
| 致谢 | 第210-211页 |
| 作者简介 | 第211页 |
