| 摘要 | 第5-7页 |
| Abstract | 第7-8页 |
| 一、文献综述 | 第11-20页 |
| 1 大叶藻的生物学特性 | 第11页 |
| 2 大叶藻的研究进展 | 第11-13页 |
| 3 海洋植物的抗逆性研究进展 | 第13-18页 |
| 3.1 海洋植物响应渗透胁迫和盐胁迫分子机制的研究进展 | 第13-15页 |
| 3.1.1 离子区域化和主动运输 | 第14-15页 |
| 3.1.2 有机渗透调节物质的调节 | 第15页 |
| 3.2 植物光受体的研究现状 | 第15-18页 |
| 3.2.1 红光/远红光受体-光敏色素 | 第16页 |
| 3.2.2 蓝光受体-隐花色素 | 第16-18页 |
| 4 第二代高通量测序技术在功能基因组中的研究进展 | 第18-19页 |
| 5 本研究的目的和意义 | 第19-20页 |
| 二、大叶藻转录组特性及分析 | 第20-52页 |
| 1. 材料 | 第20-24页 |
| 1.1 样品来源 | 第20页 |
| 1.2 样品驯养 | 第20页 |
| 1.3 样品处理 | 第20-22页 |
| 1.3.1 温度梯度处理 | 第21页 |
| 1.3.2 盐度梯度处理 | 第21-22页 |
| 1.3.3 pH值梯度处理 | 第22页 |
| 1.3.4 光照强度梯度处理 | 第22页 |
| 1.3.5 光质处理 | 第22页 |
| 1.4 主要试剂 | 第22-23页 |
| 1.5 主要设备仪器 | 第23-24页 |
| 2. 方法 | 第24-30页 |
| 2.1 RNA提取及质量检测 | 第24-25页 |
| 2.1.1 总RNA的提取 | 第24-25页 |
| 2.1.2 总RNA的质量检测 | 第25页 |
| 2.1.3 不同样品总RNA的等量混合 | 第25页 |
| 2.2 cDNA文库构建及测序 | 第25-26页 |
| 2.3 测序数据的标准化分析 | 第26-29页 |
| 2.3.1 测序数据质量评估 | 第26-27页 |
| 2.3.1.1 测序错误率分布检查 | 第26页 |
| 2.3.1.2 A/T/G/C含量分布检查及测序数据过滤 | 第26-27页 |
| 2.3.2 转录本的拼接 | 第27-28页 |
| 2.3.3 基因功能注释 | 第28页 |
| 2.3.4 CDS预测 | 第28-29页 |
| 2.4 Illumina测序数据与大叶藻现有数据库数据及其他物种直系同源性对比分析 | 第29页 |
| 2.5 大叶藻简单重复序列(SSR)分析 | 第29-30页 |
| 3. 结果 | 第30-49页 |
| 3.1 提取的实验样品RNA的质量检测 | 第30-31页 |
| 3.2 数据质量评估汇总 | 第31-34页 |
| 3.2.1 测序错误率分布检查 | 第31-32页 |
| 3.2.2 A/T/G/C含量分布检查 | 第32-33页 |
| 3.2.3 测序数据过滤及质量情况汇总 | 第33-34页 |
| 3.3 转录本的拼接 | 第34-36页 |
| 3.4 基因的功能注释 | 第36-41页 |
| 3.5 大叶藻Illumina测序与现有数据库对比分析 | 第41-42页 |
| 3.6 直系同源基因家族的对比分析 | 第42-45页 |
| 3.7 大叶藻简单重复序列(SSR)分析 | 第45-47页 |
| 3.8 离子通道及转运蛋白的相关基因 | 第47页 |
| 3.9 大叶藻感光受体相关基因 | 第47-49页 |
| 4 讨论 | 第49-52页 |
| 4.1 多种类型离子通道蛋白参与响应耐盐机制 | 第49-51页 |
| 4.2 大叶藻响应光胁迫相关基因 | 第51-52页 |
| 三、小结及后续工作 | 第52-53页 |
| 1 小结 | 第52页 |
| 2 后续工作 | 第52-53页 |
| 参考文献 | 第53-67页 |
| 附录 | 第67-81页 |
| 学术成果 | 第81-82页 |
| 致谢 | 第82-83页 |
| 个人简历 | 第83页 |
