| ABSTRACT | 第3-5页 |
| 摘要 | 第6-18页 |
| List of abbreviations and Symbols | 第18-20页 |
| CHAPTER ONE:LITERATURE REVIEW | 第20-67页 |
| 1.1 INTRODUCTION | 第20页 |
| 1.2 Historical perspectives | 第20-21页 |
| 1.3 Biofilm | 第21-22页 |
| 1.4 Effect of biofilm formation on medicine | 第22-23页 |
| 1.5 Effect of biofilm formation on food industry | 第23-24页 |
| 1.6 Biofilm Lifecycle | 第24-26页 |
| 1.6.1 Reversible attachment | 第24页 |
| 1.6.2 Irreversible attachment | 第24-25页 |
| 1.6.3/4 Aggregation and Maturation | 第25页 |
| 1.6.5 Detachment | 第25-26页 |
| 1.7 The main components that affect the formation of biofilm | 第26-33页 |
| 1.7.1 Curli Biogenesis | 第26-29页 |
| 1.7.2 Cellulose production | 第29-30页 |
| 1.7.3 Importance of extracellular polysaccharides | 第30-33页 |
| 1.8 The regulation mechanism of the biofilm formation of Salmonella | 第33-38页 |
| 1.8.1 CsgD Regulates Salmonella Biofilm Formation | 第33-34页 |
| 1.8.2 The interaction. between CsgD and other regulators in Biofilm Formation | 第34-36页 |
| 1.8.3 Alternative sigma factor rpoS | 第36-38页 |
| 1.9 Infection diseases caused by biofilm formation | 第38-45页 |
| 1.9.1 Pathogenic Mechanisms | 第39-41页 |
| 1.9.2 Mechanisms of biofilm resistance to antimicrobial agents | 第41-42页 |
| 1.9.3 Virulence or resistance for biofilm | 第42-45页 |
| 1.10 Biofilm Formation by Salmonella spp | 第45-46页 |
| 1.10.1 Salmonella enterica serovar Pullorum (S. Pullorum) | 第45-46页 |
| 1.10.2 Salmonella enterica serovar Typhimurium (S. Typhimurium) | 第46页 |
| 1.11 The detection methods for biofilm | 第46-49页 |
| 1.11.1 Quantification of biofilm formation | 第46-47页 |
| 1.11.2 Biofilm formation in glass tube | 第47页 |
| 1.11.3 Congo red/Carbol fuchsine staining | 第47-48页 |
| 1.11.4 Field emission scanning electron microscopy | 第48页 |
| 1.11.5 Congo red and calcofluor plates | 第48-49页 |
| 1.11.6 Confocal laser microscopy | 第49页 |
| 1.12 The prevention and control of bacterial biofilm | 第49-51页 |
| 1.12.1 Research and development of new drugs | 第49-50页 |
| 1.12.2 New Methodologies for Biofilm Control | 第50-51页 |
| 1.12.2.1 Biofilm control with enzymes | 第50页 |
| 1.12.2.2 Biofilm control with phages | 第50-51页 |
| 1.12.2.3 Biofilm control by means of interspecies interactions bioregulation | 第51页 |
| 1.13 Significance and specific aims | 第51-52页 |
| REFERENCES | 第52-67页 |
| CHAPTER TWO CONTRIBUTION OF THE CSGA AND BCSA GENES TO SALMONELLA ENTERICASEROVAR PULLORUM BIOFILM FORMATION AND VIRULENCE | 第67-111页 |
| 2.1 INTRODUCTION | 第67页 |
| 2.2 MATERIAL AND METHODS | 第67-84页 |
| 2.2.1 Strains and plasmids | 第67-68页 |
| 2.2.2 The main reagent | 第68页 |
| 2.2.3 The main consumables and instruments | 第68页 |
| 2.2.4 Growth condition characteristics | 第68-69页 |
| 2.2.5 Determination of growth curves | 第69-70页 |
| 2.2.6 The PCR amplification of target fragments and PCR conditions | 第70-71页 |
| 2.2.7 Sequencing of target genes | 第71页 |
| 2.2.8 Ligation and Transformation into DH5a | 第71页 |
| 2.2.9 Construction recombinant expression vector | 第71-72页 |
| 2.2.10 Preparation of the competent cells for transformation | 第72-73页 |
| 2.2.11 Detection of csgA and bcsA genes by Real-Time fluorescent quantitativePCR | 第73-76页 |
| 2.2.12 Construction of knockout mutants | 第76-79页 |
| 2.2.12.1 Transformation by Electroporation | 第77页 |
| 2.2.12.2 Deletion of csgA and bcsA genes. | 第77-79页 |
| 2.2.13 Biofilm assays | 第79-80页 |
| 2.2.14 Detection of curli production | 第80页 |
| 2.2.15 Field emission scanning electron microscope (FESEM) | 第80页 |
| 2.2.16 Protein profiles | 第80-81页 |
| 2.2.17 Lipopolysaccharide (LPS) profiles | 第81页 |
| 2.2.18 Cell culture assay | 第81-83页 |
| 2.2.19 Determination of LD_(50) in chickens | 第83-84页 |
| 2.2.20 Distribution and Colonization of bacteria in organs | 第84页 |
| 2.2.21 Statistical analysis | 第84页 |
| 2.3 RESULTS | 第84-104页 |
| 2.3.1 Characterization of bcsA and csgA mutants | 第84-86页 |
| 2.3.2 Biofilm formation assays | 第86-89页 |
| 2.3.3 Morphologic observations in biofilm formation | 第89-90页 |
| 2.3.4 Identification of biofilm components | 第90-92页 |
| 2.3.5 Detection of expression of the csgA and bcsA genes | 第92-95页 |
| 2.3.6 Protein patterns and LPS profiles | 第95-97页 |
| 2.3.7 Cell culture assays | 第97-100页 |
| 2.3.8 Virulence assays in chickens | 第100-104页 |
| 2.4 DISCUSSION | 第104-107页 |
| REFERENCES | 第107-111页 |
| CHAPTER THREE THE ROLE OF CSGA AND BCSA GENES ON BIOFILM FORMATION ANDVIRULENCE IN SALMONELLA ENTERICA SEROVAR TYPHIMURIUM | 第111-138页 |
| 3.1 INTRODUCTION | 第111-112页 |
| 3.2 MATERIALS AND METHODS | 第112-119页 |
| 3.2.1 Strains, plasmids, and growth conditions | 第112-115页 |
| 3.2.2 Biofilm assays | 第115-116页 |
| 3.2.3 Detection of expression of the csgA and bcsA genes by RT-PCR | 第116页 |
| 3.2.4 Detection of curli protein | 第116-117页 |
| 3.2.5 Lipopolysaccharide (LPS) profiles | 第117页 |
| 3.2.6 Adhesion and invasion assay | 第117页 |
| 3.2.7 Determination of LD_(50) in chickens | 第117-118页 |
| 3.2.8 Distribution and Colonization of bacteria in organs | 第118页 |
| 3.2.9 Statistical analysis | 第118-119页 |
| 3.3 RESULTS | 第119-132页 |
| 3.3.1 Characterization of csgA and bcsA mutants of S. Typhimurium | 第119-121页 |
| 3.3.2 Biofilm formation | 第121-123页 |
| 3.3.3 Field emission scanning electron microscope (FESEM) | 第123-124页 |
| 3.3.4 Identification of biofilm components of S. Typhimurium mutants | 第124-125页 |
| 3.3.5 qTR-PCR analysis | 第125-126页 |
| 3.3.6 Protein patterns and LPS profiles of S. Typhimurium mutants | 第126-128页 |
| 3.3.7 Adhesion, invasion and proliferation of S. Typhimurium mutants | 第128-129页 |
| 3.3.8 Virulence assays in chickens after oral challenge by S. Typhimurium mutants | 第129-131页 |
| 3.3.9 Distribution of S. Typhimurium strains in liver and spleen | 第131-132页 |
| 3.4 DISCUSSION | 第132-134页 |
| REFERENCES | 第134-138页 |
| CHAPTER FOUR IDENTIFICATION AND CHARACTERISTICS OF AN RPOS DEPENDENT SALMONELLAENTERICA SEROVAR PULLORUM STRAIN IN BIOFILM FORMATION | 第138-170页 |
| 4.1 INTRODUCTION | 第138-140页 |
| 4.2 MATERIALS AND METHODS | 第140-148页 |
| 4.2.1 Strains, plasmids, and growth conditions | 第140页 |
| 4.2.2 Construction of rpoS; csgA and bcsA genes knockout mutants | 第140-143页 |
| 4.2.3 Biofilm formation assays | 第143-144页 |
| 4.2.4 Catalase tests | 第144页 |
| 4.2.5 Field emission scanning electron microscope (FESEM) | 第144页 |
| 4.2.6 Detection of expression of the csgA;bcsA and rpoS genes by RT-PCR | 第144-145页 |
| 4.2.7 Sodium Dodecyl Sulfate-Polyacrylamide Gel Electrophores(SDS-PAGE) | 第145页 |
| 4.2.8 Lipopolysaccharide (LPS) profiles | 第145页 |
| 4.2.9 Adhesion and invasion assay | 第145-146页 |
| 4.2.10 Pathogenicity to chickens | 第146页 |
| 4.2.11 colonization of bacteria in organs experiments | 第146-147页 |
| 4.2.12 Statistical analysis | 第147-148页 |
| 4.3 RESULTS | 第148-161页 |
| 4.3.1. Construction and identification of rpoS; csgA and bcsA mutants | 第148-149页 |
| 4.3.2 Catalase activity test | 第149-150页 |
| 4.3.3 Biofilm formation | 第150-152页 |
| 4.3.4 Determination of biofilm components | 第152-153页 |
| 4.3.5 qTR-PCR analysis | 第153-155页 |
| 4.3.6 Curli protein profiles and LPS patterns | 第155-156页 |
| 4.3.7 Cell culture experiments | 第156-158页 |
| 4.3.8 Pathogenicity assays in chickens | 第158-160页 |
| 4.3.9 Colonization experiments | 第160-161页 |
| 4.4 DISCUSSION | 第161-165页 |
| REFERENCES | 第165-170页 |
| CONCLUSIONS | 第170-171页 |
| LIST OF PUBLICATIONS | 第171-172页 |
| ACKNOWLEDGEMENTS | 第172-174页 |
