| 摘要 | 第6-7页 |
| Abstract | 第7页 |
| 缩略语索引 | 第10-11页 |
| 第一章 引言 | 第11-23页 |
| 1.1 测序技术的飞速发展 | 第11-13页 |
| 1.1.1 第一代测序技术 | 第11页 |
| 1.1.2 第二代测序技术 | 第11-12页 |
| 1.1.3 第三代测序技术 | 第12-13页 |
| 1.2 微生物基因组学研究进展 | 第13-16页 |
| 1.2.1 微生物基因组学的研究背景与内容 | 第13页 |
| 1.2.2 微生物基因组学的应用 | 第13-16页 |
| 1.2.2.1 微生物的分类鉴定及系统进化关系分析 | 第13-15页 |
| 1.2.2.2 新颖活性产物的勘探 | 第15页 |
| 1.2.2.3 具有应用价值的酶基因的挖掘 | 第15页 |
| 1.2.2.4 微生物生态学研究 | 第15-16页 |
| 1.2.3 比较基因组学的研究背景与内容 | 第16页 |
| 1.3 姜氏菌的研究现状 | 第16-21页 |
| 1.3.1 姜氏菌系统发育学研究 | 第16-21页 |
| 1.3.2 姜氏菌天然活性产物研究 | 第21页 |
| 1.4 本文研究目的及意义 | 第21-23页 |
| 第二章 姜氏菌属菌株全基因组测序 | 第23-35页 |
| 2.1 材料和方法 | 第23-28页 |
| 2.1.1 材料 | 第23-24页 |
| 2.1.1.1 实验菌株 | 第23页 |
| 2.1.1.2 培养基及配方 | 第23-24页 |
| 2.1.2 方法 | 第24-28页 |
| 2.1.2.1 菌株活化及其验证 | 第24-25页 |
| 2.1.2.2 菌体收集及全基因组测序 | 第25-26页 |
| 2.1.2.3 基因组组装 | 第26-28页 |
| 2.2 结果与分析 | 第28-34页 |
| 2.2.1 菌株验证结果 | 第28-29页 |
| 2.2.2 基因组DNA的提取 | 第29页 |
| 2.2.3 基因组测序与拼接 | 第29-34页 |
| 2.2.3.1 测序结果 | 第29-30页 |
| 2.2.3.2 基因组组装结果及评价 | 第30-34页 |
| 2.3 本章小结 | 第34-35页 |
| 第三章 姜氏菌属菌株基因组学及比较基因组学分析 | 第35-62页 |
| 3.1 材料和方法 | 第35-36页 |
| 3.1.1 材料 | 第35页 |
| 3.1.1.1 实验材料 | 第35页 |
| 3.1.2 方法 | 第35-36页 |
| 3.1.2.1 基于姜氏菌16S rRNA基因序列的系统发育分析 | 第35-36页 |
| 3.1.2.2 基因组ORF的预测和注释 | 第36页 |
| 3.1.2.3 同源基因分析 | 第36页 |
| 3.2 结果与分析 | 第36-60页 |
| 3.2.1 基于16S rRNA基因序列的系统发育分析 | 第36-40页 |
| 3.2.2 姜氏菌基因组基因预测与非编码RNA预测 | 第40-43页 |
| 3.2.2.1 基因预测结果 | 第40-43页 |
| 3.2.2.2 非编码RNA(ncRNA)预测 | 第43页 |
| 3.2.3 基因功能注释 | 第43-52页 |
| 3.2.3.1 COG功能注释 | 第44-47页 |
| 3.2.3.2 KEGG功能注释 | 第47-49页 |
| 3.2.3.3 基因组圈图 | 第49-52页 |
| 3.2.4 姜氏菌属菌株基因组及比较基因组分析 | 第52-60页 |
| 3.2.4.1 姜氏菌属基因组信息统计分析 | 第52页 |
| 3.2.4.2 同源基因分析 | 第52-53页 |
| 3.2.4.3 转运蛋白分析 | 第53-54页 |
| 3.2.4.4 磷酸转移酶系统(PTS)分析 | 第54页 |
| 3.2.4.5 生长素的合成 | 第54-56页 |
| 3.2.4.6 耐盐机理的研究 | 第56-57页 |
| 3.2.4.7 姜氏菌次级代谢产物研究 | 第57-60页 |
| 3.3 本章小结 | 第60-62页 |
| 第四章 总结与展望 | 第62-65页 |
| 致谢 | 第65-66页 |
| 参考文献 | 第66-75页 |
| 附录A (攻读硕士期间发表的论文目录) | 第75页 |
