| 摘要 | 第3-5页 |
| Abstract | 第5-6页 |
| 第一章 脊椎动物中的小型化现象 | 第9-19页 |
| 1. 小型化及相关研究 | 第9-11页 |
| 1.1 小型化在脊椎动物中广泛发生 | 第9-11页 |
| 1.2 小型化的演化意义 | 第11页 |
| 2. 硬骨鱼中的小型鱼类研究 | 第11-16页 |
| 2.1 硬骨鱼类是研究环境基因组学理想模型 | 第11-12页 |
| 2.2 硬骨鱼中的小型鱼类研究及进展 | 第12-13页 |
| 2.3 婴鲤是研究脊椎动物小型化极佳模型 | 第13-16页 |
| 3. 婴鲤小型化演化过程中的骨骼形成和幼态发育现象转录组学研究 | 第16-19页 |
| 3.1 婴鲤小型化演化过程中的骨骼形成和幼态发育现象 | 第16-17页 |
| 3.2 新一代高通量测序为小型化转录组学研究提供便利 | 第17-19页 |
| 第二章 婴鲤小型化演化过程中的骨骼形成和幼态发育现象转录组学研究 | 第19-47页 |
| 1. 研究背景和意义 | 第19-20页 |
| 2. 材料和方法 | 第20-27页 |
| 2.1 材料 | 第20页 |
| 2.2 实验方法 | 第20-23页 |
| 2.2.1 总RNA的提取 | 第20-22页 |
| 2.2.2 文库构建、质控和上机测序 | 第22-23页 |
| 2.3 转录组数据分析 | 第23-27页 |
| 2.3.1 转录组原始数据的信息统计 | 第23页 |
| 2.3.2 转录本原始数据的接头去除和质量控制 | 第23页 |
| 2.3.3 原始数据的De Novo拼装 | 第23页 |
| 2.3.4 转录本拼装结果统计 | 第23-24页 |
| 2.3.5 转录本的注释 | 第24页 |
| 2.3.6 Blast结果统计 | 第24-25页 |
| 2.3.7 基因的GO注释 | 第25页 |
| 2.3.8 转录本基因表达量计算 | 第25页 |
| 2.3.9 R计算环境的构建和婴鲤高表达基因序列的提取 | 第25-26页 |
| 2.3.10 高表达基因的GO注释及代谢通路分析 | 第26-27页 |
| 3. 结果 | 第27-38页 |
| 3.1 转录本拼装结果 | 第27-31页 |
| 3.1.1 转录本原始数据的信息统计 | 第27-28页 |
| 3.1.2 去除接头和质控后数据量统计 | 第28-29页 |
| 3.1.3 婴鲤转录本拼装结果统计 | 第29页 |
| 3.1.4 Contig表达量计算和文库均一性分析 | 第29-31页 |
| 3.2 基因注释结果 | 第31-34页 |
| 3.2.1 注释结果统计 | 第31-32页 |
| 3.2.2 婴鲤基因GO注释结果 | 第32-33页 |
| 3.2.3 骨骼形成相关基因/基因家族数目统计 | 第33-34页 |
| 3.3 高表达基因分析 | 第34-38页 |
| 3.3.1 前300位高表达基因序列提取 | 第34-35页 |
| 3.3.2 前300位高表达基因功能分析 | 第35-37页 |
| 3.3.3 高表达基因的KEGG通路 | 第37-38页 |
| 4. 讨论 | 第38-45页 |
| 4.1 转录组拼装结果分析 | 第38-39页 |
| 4.1.1 原始数据分析 | 第38页 |
| 4.1.2 去除接头和质控后数据量分析 | 第38-39页 |
| 4.1.3 拼装结果和文库均一性分析 | 第39页 |
| 4.2 注释结果分析 | 第39-42页 |
| 4.2.1 基因结果分析 | 第39-40页 |
| 4.2.2 GO注释结果分析 | 第40-41页 |
| 4.2.3 骨骼形成相关基因/基因家族表达分析 | 第41-42页 |
| 4.3 高表达基因分析 | 第42-45页 |
| 4.3.1 高表达基因序列的提取 | 第42-43页 |
| 4.3.2 前300位高表达基因功能分析 | 第43-44页 |
| 4.3.3 前300位高表达基因KEGG通路分析 | 第44-45页 |
| 5. 总结 | 第45-46页 |
| 6. 展望 | 第46-47页 |
| 附录 | 第47-64页 |
| 参考文献 | 第64-73页 |
| 在学期间待发表论文情况 | 第73-74页 |
| 致谢 | 第74-75页 |
