| 中文摘要 | 第5-8页 |
| Abstract | 第8-10页 |
| 第1章 引言 | 第14-29页 |
| 1.1 表观遗传学简介 | 第14-16页 |
| 1.1.1 DNA甲基化 | 第14-15页 |
| 1.1.2 组蛋白修饰 | 第15页 |
| 1.1.3 非编码RNA | 第15-16页 |
| 1.2 基因表达的表观遗传调控 | 第16-19页 |
| 1.2.1 DNA甲基化和基因表达 | 第16-17页 |
| 1.2.2 组蛋白密码和基因表达 | 第17-18页 |
| 1.2.3 非编码RNA调控基因表达 | 第18-19页 |
| 1.2.4 非编码RNA表达的表观调控 | 第19页 |
| 1.3 表观遗传调控网络研究现状 | 第19-23页 |
| 1.3.1 DNA共甲基化网络 | 第20页 |
| 1.3.2 组蛋白修饰网络 | 第20-21页 |
| 1.3.3 非编码RNA调控网络 | 第21-23页 |
| 1.4 表观遗传学与恶性肿瘤 | 第23-26页 |
| 1.4.1 DNA甲基化和癌症 | 第23-24页 |
| 1.4.2 组蛋白修饰和癌症 | 第24页 |
| 1.4.3 非编码RNA和癌症 | 第24-25页 |
| 1.4.4 恶性肿瘤中非编码RNA的表观遗传学研究 | 第25-26页 |
| 1.5 论文的主要研究内容 | 第26-29页 |
| 第2章 基于网络探讨恶性肿瘤中DNA甲基化的作用机制 | 第29-54页 |
| 2.1 人类蛋白质互作网络和DNA甲基化数据 | 第29-30页 |
| 2.1.1 人类蛋白质互作数据 | 第29页 |
| 2.1.2 DNA甲基化数据 | 第29-30页 |
| 2.1.3 已知结肠癌相关基因 | 第30页 |
| 2.2 ICMAE方法识别异常甲基化基因 | 第30-37页 |
| 2.2.1 蛋白互作网络的拓扑特征 | 第30-31页 |
| 2.2.2 模块性和互作倾向性 | 第31页 |
| 2.2.3 互作组共甲基化异常富集分析方法 | 第31-34页 |
| 2.2.4 差异甲基化分析 | 第34页 |
| 2.2.5 分类算法和生存分析 | 第34页 |
| 2.2.6 细胞培养 | 第34-35页 |
| 2.2.7 甲基化特异的PCR和实时定量RT-PCR | 第35-36页 |
| 2.2.8 CTT和菌落形成实验 | 第36-37页 |
| 2.3 恶性肿瘤中异常甲基化基因及功能分析 | 第37-52页 |
| 2.3.1 DNA甲基化和拓扑特征相关 | 第37-41页 |
| 2.3.2 互作的基因倾向于共甲基化 | 第41-43页 |
| 2.3.3 ICMAE方法提高识别结肠癌基因的效能 | 第43-46页 |
| 2.3.4 具有高度异常共甲基化模式的基因位于网络热点区域 | 第46-48页 |
| 2.3.5 异常共甲基化基因具有较高的分类和生存预测效能 | 第48-50页 |
| 2.3.6 异常甲基化基因的功能证实 | 第50-52页 |
| 2.4 本章小结 | 第52-54页 |
| 第3章 系统分析miRNA在恶性肿瘤进展过程中的调控机制 | 第54-80页 |
| 3.1 恶性胶质瘤相关的表达和调控数据 | 第54-56页 |
| 3.1.1 胶质瘤临床样本 | 第54页 |
| 3.1.2 基因组范围的miRNA和mRNA表达谱 | 第54-55页 |
| 3.1.3 miRNA靶基因预测 | 第55-56页 |
| 3.2 miRNA-mRNA功能调控网络识别miRNA预后标记 | 第56-60页 |
| 3.2.1 识别胶质瘤恶性进展相关的miRNA和基因 | 第56页 |
| 3.2.2 通过整合的计算方法构建FMRN | 第56-57页 |
| 3.2.3 无监督层次聚类 | 第57页 |
| 3.2.4 开发并证实miRNA风险打分系统 | 第57-59页 |
| 3.2.5 随机检验 | 第59-60页 |
| 3.2.6 借助于FMRN网络中miRNA的靶基因分析miRNA的功能 | 第60页 |
| 3.3 基于FMRN网络识别胶质瘤恶性进展相关miRNA及其功能 | 第60-78页 |
| 3.3.1 FMRN的全局性质 | 第60-62页 |
| 3.3.2 胶质瘤进展过程中差异表达的miRNA控制广泛的生物学功能 | 第62-65页 |
| 3.3.3 FMRN中的hub miRNA能够区分不同风险的胶质瘤和高级胶质瘤 | 第65-69页 |
| 3.3.4 GBM病人生存相关的hub miRNA标记 | 第69-72页 |
| 3.3.5 基于网络的方法提高了识别预后生物标记的效能 | 第72-74页 |
| 3.3.6 与高级胶质瘤预后相关的miRNA标记的功能 | 第74-77页 |
| 3.3.7 GBM中预后miRNA标记的潜在生物学功能 | 第77-78页 |
| 3.4 本章小结 | 第78-80页 |
| 第4章 恶性肿瘤中非编码RNA的表观调控机制分析 | 第80-107页 |
| 4.1 基因组范围的非编码RNA甲基化谱 | 第80-82页 |
| 4.1.1 基因组范围的DNA甲基化谱 | 第80页 |
| 4.1.2 基因组范围的ncRNA的表达谱 | 第80-81页 |
| 4.1.3 基因组特征的注释 | 第81-82页 |
| 4.2 恶性肿瘤非编码RNA异常甲基化标记的识别 | 第82-84页 |
| 4.2.1 DMR识别 | 第82-83页 |
| 4.2.2 识别异常甲基化模式 | 第83页 |
| 4.2.3 DNA甲基化调控ncRNA的表达 | 第83-84页 |
| 4.2.4 乳腺癌中ncRNA的组蛋白修饰 | 第84页 |
| 4.2.5 ncRNA生物标记的分类算法和验证 | 第84页 |
| 4.2.6 功能富集分析 | 第84页 |
| 4.3 恶性肿瘤中异常甲基化的非编码RNA调控癌症相关的功能 | 第84-105页 |
| 4.3.1 乳腺癌中DNA甲基化的全局差异 | 第84-86页 |
| 4.3.2 乳腺癌中广泛的CGI超甲基化 | 第86-88页 |
| 4.3.3 乳腺癌中的异常甲基化与非编码RNA密切相关 | 第88-90页 |
| 4.3.4 乳腺癌中CGI背景下非编码RNA启动子的异常甲基化模式 | 第90-94页 |
| 4.3.5 DNA甲基化调控ncRNA的表达 | 第94-97页 |
| 4.3.6 异常甲基化的ncRNA影响乳腺癌相关的功能 | 第97-102页 |
| 4.3.7 编码和非编码RNA协同介导了乳腺癌中通路的失调 | 第102-105页 |
| 4.4 本章小结 | 第105-107页 |
| 讨论 | 第107-113页 |
| 结论 | 第113-115页 |
| 参考文献 | 第115-124页 |
| 致谢 | 第124-125页 |
| 附录 | 第125-129页 |
| 攻读博士学位期间发表论文 | 第129-132页 |
| 攻读博士学位期间参加课题工作 | 第132-133页 |
| 个人简历 | 第133页 |
