| 致谢 | 第6-7页 |
| 摘要 | 第7-8页 |
| Abstract | 第8页 |
| 缩写 | 第9-13页 |
| 第一章 绪论 | 第13-23页 |
| 1.1 两种药用植物研究进展 | 第13-15页 |
| 1.1.1 无患子研究进展 | 第13-14页 |
| 1.1.2 三叶青研究进展 | 第14-15页 |
| 1.2 叶绿体基因组学研究进展 | 第15-23页 |
| 1.2.1 叶绿体基因组的结构及特点 | 第15-18页 |
| 1.2.2 叶绿体基因组测序技术进展 | 第18-19页 |
| 1.2.3 叶绿体基因组在药用植物研究中的应用 | 第19-23页 |
| 第二章 无患子叶绿体基因组研究 | 第23-37页 |
| 2.1 实验材料、试剂与设备 | 第23-25页 |
| 2.1.1 实验材料 | 第23页 |
| 2.1.2 试剂的配制 | 第23-25页 |
| 2.1.2.1 高盐-低PH法试剂的配制 | 第23-24页 |
| 2.1.2.2 Percoll法①试剂的配制 | 第24页 |
| 2.1.2.3 Percoll法②试剂的配制 | 第24-25页 |
| 2.1.2.4 叶绿体DNA提取试剂的配制 | 第25页 |
| 2.1.3 仪器设备 | 第25页 |
| 2.2 实验方法与分析流程 | 第25-29页 |
| 2.2.1 无患子叶绿体提取 | 第25-26页 |
| 2.2.1.1 高盐-低PH法 | 第25-26页 |
| 2.2.1.2 Percoll法① | 第26页 |
| 2.2.1.3 Percoll法② | 第26页 |
| 2.2.2 叶绿体DNA的提取 | 第26-27页 |
| 2.2.3 叶绿体测序文库的构建 | 第27页 |
| 2.2.4 叶绿体基因组序列组装及全长序列的获得 | 第27-29页 |
| 2.2.4.1 序列组装 | 第27-28页 |
| 2.2.4.2 序列补洞及拼接 | 第28-29页 |
| 2.2.5 无患子叶绿体基因组的注释和分析 | 第29页 |
| 2.2.6 无患子叶绿体重复序列和cpSSR的统计分析 | 第29页 |
| 2.3 结果与讨论 | 第29-36页 |
| 2.3.1 无患子叶绿体提取方法比较 | 第29-31页 |
| 2.3.1.1 叶绿体提取量比较 | 第29页 |
| 2.3.1.2 叶绿体完整性检测 | 第29-30页 |
| 2.3.1.3 叶绿体基因组组装结果比较 | 第30-31页 |
| 2.3.2 无患子叶绿体基因组的组装以及基本特征描述 | 第31-34页 |
| 2.3.3 重复序列及SSR分析 | 第34-36页 |
| 2.4 本章小结 | 第36-37页 |
| 第三章 三叶青叶绿体基因组研究 | 第37-43页 |
| 3.1 实验材料、试剂与设备 | 第37页 |
| 3.1.1 实验材料 | 第37页 |
| 3.1.2 试剂的配制 | 第37页 |
| 3.1.3 仪器设备 | 第37页 |
| 3.2 实验方法与分析流程 | 第37页 |
| 3.3 结果与讨论 | 第37-42页 |
| 3.3.1 三叶青叶绿体基因组序列的基本特征描述 | 第37-40页 |
| 3.3.2 重复序列及SSR分析 | 第40-42页 |
| 3.4 本章小结 | 第42-43页 |
| 第四章 两种药用植物及其他蔷薇分支植物叶绿体基因组研究 | 第43-55页 |
| 4.1 引言 | 第43页 |
| 4.2 实验方法与分析流程 | 第43-47页 |
| 4.2.1 IR区边界分析流程 | 第43-44页 |
| 4.2.2 基因组比较分析方法 | 第44页 |
| 4.2.3 系统进化分析方法 | 第44-47页 |
| 4.3 结果与分析 | 第47-54页 |
| 4.3.1 IR区边界分析 | 第47-48页 |
| 4.3.2 基因组比较分析 | 第48-49页 |
| 4.3.3 系统进化分析 | 第49-54页 |
| 4.4 本章小结 | 第54-55页 |
| 第五章 总结与展望 | 第55-57页 |
| 5.1 总结 | 第55页 |
| 5.2 展望 | 第55-57页 |
| 参考文献 | 第57-64页 |
| 附录 | 第64-68页 |
| 作者简介 | 第68页 |
