| 摘要 | 第8-10页 |
| 中英文对照及缩写表 | 第10-12页 |
| 第一章 文献综述 | 第12-30页 |
| 1 鱼类的性别决定与分化 | 第12页 |
| 2 转录组测序(RNA-seq)在水产动物的应用 | 第12-14页 |
| 3 microRNA的研究进展 | 第14-18页 |
| 3.1 miRNA的生物学合成和作用机制 | 第14-15页 |
| 3.2 microRNA的调节机制 | 第15页 |
| 3.3 miRNA的修饰 | 第15-16页 |
| 3.4 鱼类microRNA的研究概述 | 第16-18页 |
| 4 动物miRNA-mRNA联合分析研究进展 | 第18-19页 |
| 5 尼罗罗非鱼性别相关的研究和本研究的意义 | 第19-22页 |
| 参考文献 | 第22-30页 |
| 第二章 尼罗罗非鱼性腺组织mRNA表达谱的性别二态性研究 | 第30-47页 |
| 1 材料与方法 | 第30-33页 |
| 1.1 试验样本 | 第30页 |
| 1.2 试验试剂、耗材及仪器 | 第30页 |
| 1.3 试验前的准备工作 | 第30-31页 |
| 1.4 总RNA提取及质量鉴定 | 第31页 |
| 1.5 高通量测序与数据分析 | 第31-33页 |
| 2 结果 | 第33-40页 |
| 2.1 总RNA的提取结果 | 第33-34页 |
| 2.2 测序评估 | 第34-36页 |
| 2.3 基因表达量统计结果 | 第36-37页 |
| 2.4 差异表达基因的筛选 | 第37-38页 |
| 2.5 差异表达基因GO分析 | 第38-39页 |
| 2.6 差异表达基因KEGG分析 | 第39-40页 |
| 3 讨论 | 第40-43页 |
| 4 小结 | 第43-44页 |
| 参考文献 | 第44-47页 |
| 第三章 尼罗罗非鱼性腺组织miRNA组性别二态性研究 | 第47-63页 |
| 1 材料与方法 | 第47-50页 |
| 1.1 试验样本 | 第47页 |
| 1.2 试验试剂、耗材及仪器 | 第47-48页 |
| 1.3 溶液配制 | 第48页 |
| 1.4 试验方法 | 第48-49页 |
| 1.5 生物信息学分析 | 第49-50页 |
| 2 结果与分析 | 第50-56页 |
| 2.1 总RNA的提取结果 | 第50页 |
| 2.2 小RNA测序原始数据的统计和长度分布 | 第50-51页 |
| 2.3 小RNA测序数据注释结果 | 第51-52页 |
| 2.4 已知miRNAs的鉴定与分析 | 第52-53页 |
| 2.5 已知miRNA的表达和差异分析 | 第53-55页 |
| 2.6 已知miRNAs的碱基编辑 | 第55-56页 |
| 3 讨论 | 第56-57页 |
| 4 小结 | 第57-59页 |
| 参考文献 | 第59-63页 |
| 第四章 尼罗罗非鱼性腺组织miRNA与mRNA表达谱联合分析 | 第63-78页 |
| 1 材料与方法 | 第64-67页 |
| 1.1 实验动物 | 第64页 |
| 1.2 试验试剂、耗材及仪器 | 第64页 |
| 1.3 mRNA和miRNA表达谱 | 第64页 |
| 1.4 生物信息学分析 | 第64页 |
| 1.5 miRNA和mRNA关系的验证 | 第64-67页 |
| 1.6 统计分析 | 第67页 |
| 2 结果 | 第67-73页 |
| 2.1 miRNA和mRNA的差异表达 | 第67页 |
| 2.2 差异表达miRNA的靶基因识别 | 第67-68页 |
| 2.3 类固醇激素通路上差异表达的基因和调控这些基因的差异表达的miRNA的筛选 | 第68页 |
| 2.4 差异基因表达量的验证和基因间关系的分析 | 第68-71页 |
| 2.5 miRNA荧光定量的验证和miRNA靶基因的验证 | 第71-73页 |
| 3 讨论 | 第73-75页 |
| 4 小结 | 第75-76页 |
| 参考文献 | 第76-78页 |
| 第五章 雌二醇和甲基睾酮对尼罗罗非鱼性腺miRNA表达的影响 | 第78-89页 |
| 1 材料与方法 | 第79-80页 |
| 1.1 实验动物 | 第79页 |
| 1.2 实验试剂与主要仪器 | 第79页 |
| 1.3 RNA的提取 | 第79页 |
| 1.4 miRNA与mRNA引物 | 第79页 |
| 1.5 miRNA和基因的反转录与荧光定量 | 第79页 |
| 1.6 数据统计 | 第79-80页 |
| 2 结果 | 第80-83页 |
| 2.1 E2和MT处理后尼罗罗非鱼不同性腺中miRNA表达变化 | 第80-81页 |
| 2.2 E2和MT处理后对尼罗罗非鱼性腺Cyp19a1a、Foxl2和Dmrt1表达变化 | 第81-83页 |
| 3 讨论 | 第83-86页 |
| 4 小结 | 第86-87页 |
| 参考文献 | 第87-89页 |
| 全文结论 | 第89-90页 |
| 特色与创新 | 第90-92页 |
| Abstract | 第92-93页 |
| 附录1 在读期间发表论文 | 第94-95页 |
| 附录2 精巢和卵巢中发生碱基编辑的miRNAs | 第95-96页 |
| 附录3 类固醇激素通路上差异表达的基因和调控这些基因的差异的miRNA | 第96-102页 |
| 致谢 | 第102页 |
