| 摘要 | 第1-5页 |
| ABSTRACT | 第5-8页 |
| 缩略词 | 第8-13页 |
| 引言 | 第13-15页 |
| 1 文献综述 | 第15-27页 |
| ·发育阶段影响不定根发生的机制研究 | 第15页 |
| ·不定根发生的组织学研究进展 | 第15-17页 |
| ·不定根发生的激素调控研究进展 | 第17-18页 |
| ·不定根发生分子机理研究进展 | 第18-21页 |
| ·生长素调控不定根发生的分子机理 | 第18-19页 |
| ·转录因子调控不定根发生的分子机制 | 第19-20页 |
| ·不定根发生阶段特异表达基因 | 第20页 |
| ·不定根发生的蛋白质组学及转录组学研究 | 第20-21页 |
| ·转录组测序技术及其在功能基因挖掘中的应用 | 第21-22页 |
| ·转录组测序技术 | 第22页 |
| ·转录组测序技术在功能基因发掘中的应用 | 第22页 |
| ·核桃属植物扦插繁殖技术及不定根发生机理研究进展 | 第22-24页 |
| ·核桃属植物不定根诱导技术研究进展 | 第23页 |
| ·核桃属植物不定根发生机理研究进展 | 第23-24页 |
| ·研究的目的和意义 | 第24-25页 |
| ·主要研究内容 | 第25-27页 |
| 2 核桃嫩枝扦插不定根高频、同步诱导体系的建立 | 第27-37页 |
| ·材料和方法 | 第27-29页 |
| ·试验材料及试剂 | 第27-28页 |
| ·试验材料 | 第27页 |
| ·试剂 | 第27-28页 |
| ·试验方法 | 第28-29页 |
| ·成龄材料复幼 | 第28页 |
| ·插穗表型特征分类 | 第28页 |
| ·扦插试验设施及扦插后管理 | 第28页 |
| ·生根率统计及数据处理 | 第28页 |
| ·嫩枝插穗表型特征观察 | 第28页 |
| ·组织学观察 | 第28-29页 |
| ·结果与分析 | 第29-32页 |
| ·复幼措施对嫩枝插穗生根的影响 | 第29-30页 |
| ·生长调节剂处理对嫩枝插穗生根的影响 | 第30-31页 |
| ·插穗表型特征对生根效果的影响 | 第31页 |
| ·核桃嫩枝扦插过程中插穗表型特征观察 | 第31页 |
| ·核桃嫩枝扦插过程中组织学观察 | 第31-32页 |
| ·讨论 | 第32-33页 |
| ·本章小结 | 第33-37页 |
| 3 不定根发生、发育过程的转录组测序及初步分析 | 第37-55页 |
| ·材料与方法 | 第37-41页 |
| ·试验材料 | 第37页 |
| ·核桃嫩枝扦插试验及样品采集 | 第37页 |
| ·总RNA提取及质量检测 | 第37-38页 |
| ·测序文库的构建及质量检测 | 第38-39页 |
| ·上机测序 | 第39页 |
| ·测序数据质控评估 | 第39-40页 |
| ·“参考转录组”的de novo组装及基本信息统计 | 第40页 |
| ·组装质量的评估 | 第40页 |
| ·基因功能注释 | 第40-41页 |
| ·基因表达水平计算 | 第41页 |
| ·结果与分析 | 第41-53页 |
| ·嫩枝扦插生根试验 | 第41页 |
| ·总RNA质量检测及浓度测定 | 第41-42页 |
| ·测序文库质量检测 | 第42页 |
| ·测序数据质量汇总 | 第42-45页 |
| ·参考转录组的de novo组装 | 第45-47页 |
| ·De novo组装质量评估 | 第47-48页 |
| ·基因功能注释 | 第48-51页 |
| ·基因表达水平计算 | 第51-53页 |
| ·讨论 | 第53-54页 |
| ·本章小结 | 第54-55页 |
| 4 不定根发生过程中基因转录调控网络差异分析 | 第55-75页 |
| ·材料与方法 | 第55-56页 |
| ·材料 | 第55页 |
| ·基因差异表达分析 | 第55页 |
| ·GO功能富集和KEGG代谢通路分析 | 第55页 |
| ·共表达网络的构建及功能模块的获得 | 第55-56页 |
| ·模块内共表达网络的定向 | 第56页 |
| ·结果及分析 | 第56-73页 |
| ·基因差异表达分析 | 第56-58页 |
| ·差异基因的GO功能富集 | 第58页 |
| ·KEGG代谢通路分析 | 第58-59页 |
| ·功能模块的识别 | 第59-67页 |
| ·转录调控网络的构建 | 第67-69页 |
| ·转录调控网络的整体差异分析 | 第69-70页 |
| ·关键转录因子及其靶基因调控关系的差异分析 | 第70-73页 |
| ·讨论 | 第73-74页 |
| ·本章小结 | 第74-75页 |
| 5 不定根发生、发育过程中基因差异表达分析 | 第75-81页 |
| ·材料与方法 | 第75-76页 |
| ·材料 | 第75页 |
| ·差异表达基因筛选 | 第75页 |
| ·差异表达基因聚类分析 | 第75-76页 |
| ·GO功能富集和KEGG代谢通路分析 | 第76页 |
| ·结果与分析 | 第76-79页 |
| ·差异表达基因筛选及功能分析 | 第76-78页 |
| ·差异基因表达模式聚类分析 | 第78-79页 |
| ·讨论 | 第79-80页 |
| ·本章小结 | 第80-81页 |
| 6 不定根发生过程中内参基因的筛选及测序结果验证 | 第81-87页 |
| ·材料与方法 | 第81-84页 |
| ·植物材料 | 第81页 |
| ·总RNA提取、质量检测及cDNA合成 | 第81页 |
| ·qRT-PCR引物设计 | 第81页 |
| ·qRT-PCR扩增 | 第81-83页 |
| ·数据处理 | 第83-84页 |
| ·结果及分析 | 第84-86页 |
| ·内参基因的qRT-PCR分析 | 第84页 |
| ·内参基因稳定性分析 | 第84-85页 |
| ·RNA-seq数据分析结果验证 | 第85-86页 |
| ·讨论 | 第86页 |
| ·本章小结 | 第86-87页 |
| 7 RNA-SEQ数据中LNCRNA的鉴定及功能预测分析流程的建立 | 第87-95页 |
| ·材料与方法 | 第87-90页 |
| ·试验材料 | 第87-88页 |
| ·试验方法 | 第88-90页 |
| ·结果与分析 | 第90-93页 |
| ·转录本组装及lncRNA鉴定 | 第90-91页 |
| ·lncRNA的保守性分析 | 第91-92页 |
| ·组织特异性表达分析及功能预测 | 第92-93页 |
| ·lncRNAs的qRT-PCR分析 | 第93页 |
| ·讨论 | 第93-94页 |
| ·本章小结 | 第94-95页 |
| 8 结论及创新点 | 第95-97页 |
| ·结论 | 第95页 |
| ·创新点 | 第95-97页 |
| 9 附件一‘辽宁2号’核桃品种矮化机制初探 | 第97-103页 |
| ·材料与方法 | 第98-99页 |
| ·试验材料 | 第98页 |
| ·试验方法 | 第98-99页 |
| ·基因组位点的SSR分析 | 第99页 |
| ·数据分析 | 第99页 |
| ·结果与分析 | 第99-101页 |
| ·物候期及生长特性的比较研究 | 第99-100页 |
| ·生长负调控基因JrGAI在枝条发育过程中的表达模式 | 第100页 |
| ·基因组纯合度的SSR鉴定 | 第100-101页 |
| ·讨论及小结 | 第101-103页 |
| 参考文献 | 第103-121页 |
| 个人简介 | 第121-123页 |
| 导师简介 | 第123-125页 |
| 获得成果目录 | 第125-127页 |
| 致谢 | 第127页 |
