密码子使用偏性分析算法的图形卡并行加速和应用
| 摘要 | 第1-7页 |
| ABSTRACT | 第7-9页 |
| 第1章 绪论 | 第9-14页 |
| ·研究背景及意义 | 第9页 |
| ·研究现状 | 第9-12页 |
| ·生物信息学并行加速的研究现状 | 第9-10页 |
| ·密码子使用偏性指数的研究现状 | 第10-11页 |
| ·生物信息学平台现状 | 第11-12页 |
| ·主要研究内容 | 第12-13页 |
| ·论文组织结构 | 第13-14页 |
| 第2章 相关理论及技术概述 | 第14-24页 |
| ·生物信息学和生物信息学数据库 | 第14-15页 |
| ·生物信息学 | 第14页 |
| ·生物信息学数据库 | 第14-15页 |
| ·生物信息序列介绍 | 第15-16页 |
| ·DNA及DNA序列 | 第15页 |
| ·RNA及RNA序列 | 第15-16页 |
| ·蛋白质及蛋白质序列 | 第16页 |
| ·密码子及密码子使用偏性 | 第16-18页 |
| ·密码子 | 第16-17页 |
| ·密码子特性 | 第17-18页 |
| ·密码子使用偏性 | 第18页 |
| ·并行计算及CUDA编程模型 | 第18-23页 |
| ·并行计算 | 第18-19页 |
| ·CUDA编程模型概述 | 第19-23页 |
| ·本章小结 | 第23-24页 |
| 第3章 密码子使用偏性分析算法的并行加速 | 第24-48页 |
| ·CUB指数及其适用范围分析 | 第24-26页 |
| ·密码子使用偏性指数 | 第24-26页 |
| ·偏性指数适用范围分析 | 第26页 |
| ·密码子偏差系数模型 | 第26-28页 |
| ·模型使用的偏性度量 | 第27-28页 |
| ·bootstrap方法 | 第28页 |
| ·基于GPU的密码子偏差系数模型加速 | 第28-37页 |
| ·算法并行化分析 | 第29-32页 |
| ·并行化任务划分和线程分配 | 第32-33页 |
| ·并行化中数据结构差异处理 | 第33-35页 |
| ·并行化中随机数API的使用 | 第35-36页 |
| ·并行化方案 | 第36-37页 |
| ·并行加速结果正确性验证和加速效果分析 | 第37-47页 |
| ·模块加速效果分析 | 第37-39页 |
| ·并行加速结果正确性验证 | 第39-40页 |
| ·加速效果比对 | 第40-42页 |
| ·加速比增长分析 | 第42-46页 |
| ·加速比分析 | 第46-47页 |
| ·本章小结 | 第47-48页 |
| 第4章 生物信息学平台搭建 | 第48-58页 |
| ·生物信息学平台的搭建 | 第48-52页 |
| ·环境准备 | 第49页 |
| ·数据库配置 | 第49-50页 |
| ·平台的搭建配置及本地化 | 第50-52页 |
| ·并行化工具的集成 | 第52-54页 |
| ·平台使用介绍和工作流介绍 | 第54-57页 |
| ·本章小结 | 第57-58页 |
| 第5章 总结与展望 | 第58-60页 |
| ·总结 | 第58页 |
| ·展望 | 第58-60页 |
| 参考文献 | 第60-65页 |
| 附录 | 第65-74页 |
| 致谢 | 第74-75页 |
| 研究生期间发表论文 | 第75页 |
