甘蔗杆状病毒群体的分子遗传变异及进化机制
| 摘要 | 第1-9页 |
| Abstract | 第9-11页 |
| 缩略词表 | 第11-13页 |
| 第一章 文献综述 | 第13-20页 |
| ·杆状DNA病毒属的概述 | 第13-16页 |
| ·生物学特征 | 第13-14页 |
| ·基因组结构及其功能 | 第14页 |
| ·启动子的研究应用 | 第14-15页 |
| ·整合入寄主基因组的研究 | 第15-16页 |
| ·甘蔗杆状病毒的研究进展 | 第16-19页 |
| ·甘蔗杆状病毒生物学特征 | 第16-17页 |
| ·甘蔗杆状病毒对甘蔗的危害 | 第17页 |
| ·甘蔗杆状病毒基因组结构及其功能 | 第17-18页 |
| ·甘蔗杆状病毒遗传多样性 | 第18-19页 |
| ·本实验的研究目的及意义 | 第19-20页 |
| 第二章 甘蔗杆状病毒PCR分子检测 | 第20-28页 |
| ·材料与方法 | 第20-23页 |
| ·甘蔗叶片的采集 | 第20页 |
| ·叶片总DNA提取 | 第20-21页 |
| ·引物设计 | 第21页 |
| ·PCR扩增 | 第21-22页 |
| ·目的片段克隆和测序 | 第22-23页 |
| ·序列分析 | 第23页 |
| ·结果与分析 | 第23-24页 |
| ·田间样品PCR检测 | 第23页 |
| ·蔗区SCBV分布 | 第23-24页 |
| ·讨论与小结 | 第24-26页 |
| 附图表 | 第26-28页 |
| 第三章 甘蔗杆状病毒的遗传多样性分析 | 第28-41页 |
| ·材料与方法 | 第28-29页 |
| ·实验材料 | 第28页 |
| ·系统发育网和重组分析 | 第28页 |
| ·系统进化树构建 | 第28-29页 |
| ·序列一致性及遗传距离计算 | 第29页 |
| ·群体遗传参数估算 | 第29页 |
| ·结果与分析 | 第29-33页 |
| ·SCBV系统发育网和重组分析 | 第29-30页 |
| ·SCBV系统进化分析 | 第30页 |
| ·SCBV序列一致性及遗传距离分析 | 第30-31页 |
| ·SCBV遗传分化和基因流分析 | 第31-32页 |
| ·SCBV基因型分布频率 | 第32-33页 |
| ·讨论与小结 | 第33-35页 |
| 附图表 | 第35-41页 |
| 第四章 SCBV基因组克隆及序列分析 | 第41-54页 |
| ·材料与方法 | 第41-43页 |
| ·实验材料 | 第41页 |
| ·叶片总DNA提取 | 第41页 |
| ·引物设计 | 第41-42页 |
| ·PCR克隆及测序 | 第42页 |
| ·序列分析 | 第42-43页 |
| ·结果与分析 | 第43-48页 |
| ·SCBV全基因组克隆 | 第43页 |
| ·SCBV基因组组成与结构 | 第43-44页 |
| ·全基因组序列一致性及遗传距离分析 | 第44页 |
| ·RT/RNase H序列一致性及遗传距离分析 | 第44-45页 |
| ·全基因组水平SCBV系统进化分析 | 第45-47页 |
| ·全基因组水平SCBV重组分析 | 第47-48页 |
| ·小结与讨论 | 第48-50页 |
| 附表 | 第50-54页 |
| 第五章 总结与展望 | 第54-56页 |
| ·总结 | 第54页 |
| ·建立了SCBV病毒PCR检测技术 | 第54页 |
| ·我国蔗区存在丰富的SCBV株系(基因型) | 第54页 |
| ·SCBV病毒基因组序列及结构特征差异明显 | 第54页 |
| ·遗传重组是SCBV病毒进化的主要动力之一 | 第54页 |
| ·后续工作设想 | 第54-56页 |
| 参考文献 | 第56-65页 |
| 附录 | 第65-71页 |
| 致谢 | 第71页 |
