| 摘要 | 第1-9页 |
| Abstract | 第9-11页 |
| 缩略词表 | 第11-12页 |
| 第1章 文献综述 | 第12-28页 |
| ·基因组学发展历史 | 第12-14页 |
| ·基因组时代 | 第12-13页 |
| ·后基因组时代 | 第13-14页 |
| ·微生物基因组学研究背景 | 第14页 |
| ·微生物基因组学研究技术 | 第14-19页 |
| ·单分子测序技术 | 第15-16页 |
| ·基因组结构变异检测 | 第16-17页 |
| ·三维基因组学 | 第17-19页 |
| ·微生物基因组研究的应用 | 第19-20页 |
| ·揭示病原菌致病机理 | 第19页 |
| ·发现病原体及其诊断学 | 第19页 |
| ·治疗方法以及药物、疫苗开发 | 第19-20页 |
| ·工农业生产中的应用 | 第20页 |
| ·根瘤菌基因组学 | 第20-25页 |
| ·根瘤菌基因组学研究现状 | 第20-21页 |
| ·根瘤菌基因组学研究内容 | 第21-25页 |
| ·华癸中慢生根瘤菌 | 第25-26页 |
| ·华癸中慢生根瘤菌的特点 | 第25-26页 |
| ·华癸中慢生根瘤菌7653R的特性 | 第26页 |
| ·研究目的与意义 | 第26-28页 |
| 第2章 Mesorhizobium huakuii 7653R基因组测序与组装 | 第28-36页 |
| ·材料和方法 | 第28-31页 |
| ·菌株 | 第28页 |
| ·基因组DNA的制备 | 第28页 |
| ·基因组测序和组装 | 第28-29页 |
| ·质控统计 | 第29-30页 |
| ·染色体与质粒序列区分 | 第30页 |
| ·序列拼接 | 第30-31页 |
| ·结果与分析 | 第31-36页 |
| ·基因组组装 | 第31-32页 |
| ·质控统计 | 第32-34页 |
| ·序列拼接 | 第34-35页 |
| ·数据格式化及GenBank数据库提交 | 第35-36页 |
| 第3章 Mesorhizobium huakuii 7653R基因组的初步分析 | 第36-47页 |
| ·材料与方法 | 第36-37页 |
| ·主要分析软件 | 第36页 |
| ·基因预测 | 第36页 |
| ·tRNA和rRNA预测 | 第36页 |
| ·重复序列预测 | 第36页 |
| ·功能注释 | 第36-37页 |
| ·结果和分析 | 第37-47页 |
| ·7653R基因组基本概况 | 第37-39页 |
| ·RNA预测与分析 | 第39-40页 |
| ·重复序列预测与分析 | 第40-41页 |
| ·基因功能预测与分析 | 第41-44页 |
| ·代谢途径分析 | 第44-47页 |
| 第4章 Mesorhizobium比较基因组学分析 | 第47-79页 |
| ·研究对象与方法 | 第47-49页 |
| ·研究对象 | 第47-48页 |
| ·直系同源分析 | 第48页 |
| ·层次聚类分析 | 第48页 |
| ·共线性分析 | 第48-49页 |
| ·结果与讨论 | 第49-76页 |
| ·基因组基本特征比较 | 第49-50页 |
| ·MAFF303099与M huakuii系统发育关系 | 第50-55页 |
| ·宿主特异性 | 第55-70页 |
| ·共生岛动力学与共生质粒起源 | 第70-76页 |
| ·结论 | 第76-78页 |
| ·展望 | 第78-79页 |
| 参考文献 | 第79-93页 |
| 附件 | 第93-118页 |
| 论文发表情况 | 第118-119页 |
| 致谢 | 第119页 |
