| 摘要 | 第1-11页 |
| Abstract | 第11-14页 |
| 第一章 绪论 | 第14-25页 |
| ·本体研究的意义 | 第14页 |
| ·生物医学本体研究的现状 | 第14-20页 |
| ·领域本体构建方法 | 第14-15页 |
| ·生物医学领域本体 | 第15-16页 |
| ·生物医学领域本体的应用 | 第16-20页 |
| ·论文的研究内容和方法 | 第20-24页 |
| ·论文结构 | 第24-25页 |
| 第二章 人类肝脏疾病本体的构建与评估 | 第25-38页 |
| ·研究背景 | 第25-28页 |
| ·构建材料与方法 | 第28-30页 |
| ·资料来源 | 第28页 |
| ·构建方法 | 第28-30页 |
| ·人类肝脏疾病本体展示 | 第30-35页 |
| ·人类肝脏疾病本体简介 | 第30页 |
| ·人类肝脏疾病本体构建结果展示 | 第30-35页 |
| ·人类肝脏疾病本体的评估 | 第35-37页 |
| ·人类肝脏疾病本体结构性统计 | 第35-36页 |
| ·人类肝脏疾病本体与其它术语系统的词条覆盖面比较 | 第36-37页 |
| ·小结与展望 | 第37-38页 |
| 第三章 人类肝脏疾病本体在数据库数据构建中的应用 | 第38-55页 |
| ·人类肝脏疾病数据库简介 | 第38页 |
| ·肝脏疾病相关遗传学数据的收集 | 第38-42页 |
| ·数据整理 | 第42-47页 |
| ·数据格式的统一 | 第42-45页 |
| ·数据可信度评估规则 | 第45-47页 |
| ·利用人类肝脏疾病本体进行数据整合 | 第47-54页 |
| ·整合方法 | 第47页 |
| ·结果统计 | 第47-48页 |
| ·数据库数据结构设计 | 第48-49页 |
| ·数据库网页功能设计与展示 | 第49-54页 |
| ·本章小结 | 第54-55页 |
| 第四章 人类肝脏疾病本体在文本挖掘中的应用 | 第55-67页 |
| ·研究背景 | 第55-57页 |
| ·基于人类肝脏疾病本体字典的文本挖掘 | 第57-65页 |
| ·挖掘材料 | 第57页 |
| ·挖掘方法 | 第57-59页 |
| ·结果展示与评估 | 第59-65页 |
| ·讨论与展望 | 第65-67页 |
| 第五章 肝病数据库和肝病本体在肝病发展进程研究中的应用 | 第67-97页 |
| ·背景知识 | 第67-74页 |
| ·病毒性肝炎的病理学知识 | 第68-71页 |
| ·肝纤维化和肝硬化的病理学知识 | 第71-73页 |
| ·肝细胞癌的病理学知识 | 第73-74页 |
| ·材料与方法 | 第74-76页 |
| ·数据收集与整理 | 第74-75页 |
| ·分析方法 | 第75-76页 |
| ·三种肝病相关基因的生物信息学分析 | 第76-96页 |
| ·三种肝病相关基因的功能富集分析和hub基因分析 | 第76-93页 |
| ·三种肝病差异基因的功能富集分析和hub基因分析 | 第93-96页 |
| ·小结与展望 | 第96-97页 |
| 第六章 蛋白质相互作用本体的评估与应用 | 第97-105页 |
| ·蛋白质相互作用本体简介 | 第97-98页 |
| ·本体术语长度的选择 | 第98-99页 |
| ·蛋白质相互作用本体的评估 | 第99-101页 |
| ·结构统计 | 第99-100页 |
| ·建设目标和知识领域覆盖范围 | 第100-101页 |
| ·基于PPIO字典的文本挖掘性能评估 | 第101-104页 |
| ·基于PPIO字典的文本挖掘原理 | 第101页 |
| ·蛋白质相互作用注释标准数据集 | 第101-102页 |
| ·基于PPIO字典的蛋白质相互作用注释挖掘性能评估 | 第102-104页 |
| ·小结与展望 | 第104-105页 |
| 结束语 | 第105-107页 |
| 参考文献 | 第107-119页 |
| 附录A. 英文词汇缩写对照表 | 第119-120页 |
| 附录B. 肝脏疾病数据库数据表设计说明 | 第120-124页 |
| 附录C. 生物分子文本挖掘标准数据 | 第124-130页 |
| 附录D. 四种生物分子文本挖掘方法的结果统计 | 第130-146页 |
| 附录E. 论文所附光盘内容目录 | 第146-147页 |
| 致谢 | 第147-148页 |
| 作者在学期间取得的学术成果 | 第148-150页 |