| 摘要 | 第1-4页 |
| Abstract | 第4-14页 |
| 縮略词 | 第14-15页 |
| 第一章 前言 | 第15-29页 |
| ·引言 | 第15-16页 |
| ·棉纤维转录组学研究进展 | 第16-20页 |
| ·棉纤维的发育进程 | 第17页 |
| ·转录组学研究方法 | 第17-19页 |
| ·棉花纤维转录组测序研究进展 | 第19-20页 |
| ·棉纤维差异基因表达谱研究 | 第20-24页 |
| ·基因差异表达谱的主要研究技术 | 第21-22页 |
| ·棉花纤维发育相关基因表达谱研究 | 第22-24页 |
| ·棉花纤维品质基因克隆研究进展 | 第24-27页 |
| ·棉纤维基因克隆技术 | 第25页 |
| ·棉纤维不同发育阶段的基因克隆 | 第25-27页 |
| ·本研究的目的和意义 | 第27-29页 |
| 第二章 棉花纤维Solexa高通量测序的转录组分析 | 第29-54页 |
| ·实验材料与方法 | 第29-33页 |
| ·实验材料 | 第29页 |
| ·方法与步骤 | 第29-33页 |
| ·结果与分析 | 第33-52页 |
| ·新海21号与新陆中36号的纤维品质性状比较 | 第33页 |
| ·RNA质量分析 | 第33-34页 |
| ·新海21号与新陆中36号转录组组装结果与分析 | 第34-39页 |
| ·All-unigene的功能注释 | 第39-44页 |
| ·预测编码蛋白框(CDS) | 第44-46页 |
| ·Unigene表达差异分析(DEG) | 第46-49页 |
| ·陆地棉和海岛棉纤维发育基因的单核苷酸多态性分析 | 第49-52页 |
| ·小结与讨论 | 第52-54页 |
| ·陆地棉和海岛棉胚珠unigene差异分析：棉花纤维品质特异基因 | 第52-53页 |
| ·陆地棉和海岛棉胚珠基因SNP富集于纤维发育 | 第53页 |
| ·转录组SNP分析证实了陆地棉和海岛棉的物种形成路径 | 第53-54页 |
| 第三章 棉花纤维不同发育时期表达谱分析 | 第54-84页 |
| ·实验材料 | 第54页 |
| ·方法与步骤 | 第54-57页 |
| ·棉花纤维RNA提取 | 第54-55页 |
| ·棉花纤维RNA质量检测 | 第55页 |
| ·样品制备和测序 | 第55页 |
| ·数字化基因表达谱实验流程 | 第55-56页 |
| ·Solexa数字基因表达谱的生物信息学分析 | 第56-57页 |
| ·结果与分析 | 第57-82页 |
| ·RNA提取质量检测 | 第57-59页 |
| ·测序质量评估 | 第59-67页 |
| ·基因表达注释 | 第67-70页 |
| ·差异表达基因的筛选与分析 | 第70-77页 |
| ·差异基因的深度分析 | 第77-82页 |
| ·小结与讨论 | 第82-84页 |
| 第四章 海岛棉GbMYB25基因的克隆及表达分析 | 第84-92页 |
| ·植物材料 | 第84页 |
| ·方法 | 第84-86页 |
| ·RNA的提取与cDNA第一链的合成 | 第84页 |
| ·GbMYB25基因cDNA序列克隆和同源性分析 | 第84-85页 |
| ·GbMYB25基因的DNA序列克隆 | 第85页 |
| ·实时定量PCR分析 | 第85-86页 |
| ·GbMYB25植物表达载体的构建和在洋葱表皮的亚细胞定位分析 | 第86页 |
| ·结果与分析 | 第86-90页 |
| ·GbMYB25基因ORF序列克隆及分析 | 第86-89页 |
| ·GbMYB25基因DNA序列分析 | 第89页 |
| ·GbMYB25基因的表达特性 | 第89-90页 |
| ·GbMYB25蛋白的亚细胞定位分析 | 第90页 |
| ·讨论 | 第90-91页 |
| ·结论 | 第91-92页 |
| 第五章 海岛棉GbDET2基因的克隆及表达分析 | 第92-98页 |
| ·材料和方法 | 第92-93页 |
| ·实验材料 | 第92页 |
| ·RNA的提取和cDNA的制备 | 第92页 |
| ·基因的克隆 | 第92-93页 |
| ·基因的生物信息学分析 | 第93页 |
| ·基因的表达分析 | 第93页 |
| ·结果与分析 | 第93-96页 |
| ·GbDET2基因的克隆与序列分析 | 第93-95页 |
| ·GbDET2基因在不同海岛棉品种(系)的序列分析 | 第95页 |
| ·GbDET2基因的表达特征分析 | 第95-96页 |
| ·讨论 | 第96-97页 |
| ·小结 | 第97-98页 |
| 第六章 全文结论 | 第98-100页 |
| ·建立了海岛棉、陆地棉开花当天胚珠转录组特征数据平台 | 第98页 |
| ·海岛棉和陆地棉转录组特异基因组装 | 第98页 |
| ·陆地棉和海岛棉纤维发育基因的单核苷酸多态性分析 | 第98页 |
| ·海岛棉和陆地棉纤维不同发育阶段数字表达谱分析 | 第98-99页 |
| ·海岛棉纤维发育相关基因的克隆与表达分析 | 第99-100页 |
| 参考文献 | 第100-108页 |
| 致谢 | 第108-109页 |
| 附录 | 第109-115页 |
| 个人简介 | 第115页 |
