| 摘要 | 第1-6页 |
| Abstract | 第6-12页 |
| 1 绪论 | 第12-29页 |
| ·研究意义 | 第12-13页 |
| ·基于蛋白质网络的蛋白质复合物挖掘算法研究 | 第13-19页 |
| ·蛋白质网络 | 第13-15页 |
| ·基于蛋白质网络的蛋白质复合物挖掘算法研究 | 第15-19页 |
| ·基于多元数据的蛋白质复合物挖掘算法研究 | 第19-21页 |
| ·结合基因表达数据与蛋白质网络的复合物挖掘算法研究 | 第19-20页 |
| ·结合功能注释与蛋白质网络的复合物挖掘算法研究 | 第20页 |
| ·结合蛋白质结构域和蛋白质网络的复合物挖掘算法研究 | 第20-21页 |
| ·蛋白质复合物的应用研究 | 第21-22页 |
| ·关键蛋白质预测算法研究 | 第22-25页 |
| ·关键蛋白质预测算法研究 | 第23-24页 |
| ·应用蛋白质复合物预测关键蛋白质 | 第24-25页 |
| ·本文的主要研究内容 | 第25-27页 |
| ·论文结构 | 第27-29页 |
| 2 基于加权网络和局部适应的复合物挖掘算法 | 第29-50页 |
| ·基于局部适应的蛋白质复合物模型 | 第30-31页 |
| ·构造加权网络和选择种子边 | 第31-33页 |
| ·算法LF-PN | 第33-36页 |
| ·实验结果与分析 | 第36-49页 |
| ·评估方法介绍 | 第37-39页 |
| ·参数设置对聚类结果的影响 | 第39-40页 |
| ·与已知蛋白质复合物的比较 | 第40-42页 |
| ·识别低密度和低模块性的已知蛋白质复合物的性能 | 第42-46页 |
| ·功能富集性分析 | 第46-47页 |
| ·种子有效性验证 | 第47-49页 |
| ·本章小结 | 第49-50页 |
| 3 基于重叠初始簇的层次聚类算法 | 第50-68页 |
| ·初始簇 | 第50-51页 |
| ·簇聚集值 | 第51-53页 |
| ·λ模块 | 第53-54页 |
| ·算法OH-PIN | 第54-56页 |
| ·实验结果与分析 | 第56-67页 |
| ·参数设置对聚类结果的影响以及层次性分析 | 第57-61页 |
| ·与已知蛋白质复合物的比较 | 第61-66页 |
| ·功能富集性分析 | 第66-67页 |
| ·本章小结 | 第67-68页 |
| 4 基于λ模块和“种子-扩展”的复合物识别算法 | 第68-83页 |
| ·算法MCSE | 第68-72页 |
| ·实验结果与分析 | 第72-82页 |
| ·参数设置对聚类结果的影响以及层次性分析 | 第73-76页 |
| ·MCSE算法与OH-PIN算法的比较 | 第76-78页 |
| ·与已知复合物的比较 | 第78-81页 |
| ·功能富集性分析 | 第81-82页 |
| ·本章小结 | 第82-83页 |
| 5 基于多元数据的复合物识别算法 | 第83-93页 |
| ·基于多元数据的加权蛋白质网络的构建 | 第83-87页 |
| ·相互作用的关键性对该相互作用位于蛋白质复合物的影响 | 第84-85页 |
| ·相互作用上的蛋白质是否位于相同亚细胞定位对该相互作用位于蛋白质复合物的影响 | 第85-86页 |
| ·一种基于多元数据的加权蛋白质网络构建方法MD-WPIN | 第86-87页 |
| ·实验结果与分析 | 第87-91页 |
| ·比较不同算法在三种蛋白质网络中识别已知复合物的有效性 | 第88-89页 |
| ·比较不同算法在三种蛋白质网络中识别复合物的功能富集性 | 第89-91页 |
| ·本章小结 | 第91-93页 |
| 6 基于蛋白质复合物的关键蛋白质识别算法 | 第93-111页 |
| ·统计数据来源与评估方法 | 第93-95页 |
| ·基于蛋白质复合物的关键蛋白质识别策略 | 第95-98页 |
| ·基于蛋白质复合物与网络中心性的关键蛋白质识别策略 | 第98-104页 |
| ·基于多元数据的关键蛋白质识别策略 | 第104-109页 |
| ·本章小结 | 第109-111页 |
| 7 总结 | 第111-116页 |
| ·研究贡献与创新点 | 第111-114页 |
| ·研究展望 | 第114-116页 |
| 参考文献 | 第116-128页 |
| 攻读博士学位期间主要研究成果目录 | 第128-129页 |
| 致谢 | 第129页 |
